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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the mammalian peptide transporter PepT2 bound to cefadroxil | |||||||||||||||
![]() | unsharpened map | |||||||||||||||
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![]() | protein-coupled peptide transporter / peptide transport / antibiotics / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() high-affinity oligopeptide transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / tripeptide import across plasma membrane / peptidoglycan transport / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide transport / metanephric proximal tubule development / dipeptide import across plasma membrane / oligopeptide transport / peptide:proton symporter activity ...high-affinity oligopeptide transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / tripeptide import across plasma membrane / peptidoglycan transport / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide transport / metanephric proximal tubule development / dipeptide import across plasma membrane / oligopeptide transport / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / antibacterial innate immune response / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / xenobiotic transport / peptide transport / renal absorption / phagocytic vesicle membrane / protein transport / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
![]() | Parker JL / Deme JC / Lea SM / Newstead S | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for antibiotic transport and inhibition in the mammalian proton-coupled peptide transporter, PepT2 著者: Parker JL / Deme JC / Lichtinger SM / Kuteyi G / Biggin PC / Lea SM / Newstead S | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 307.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 129 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 325 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 161.7 MB 2.2 MB 301.6 MB 301.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.693 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_44599_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_44599_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unsharpened map
ファイル | emd_44599_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unsharpened map
ファイル | emd_44599_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of the mammalian peptide transporter PepT2 with nanobody ...
全体 | 名称: Complex of the mammalian peptide transporter PepT2 with nanobody and bound cefadroxil |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of the mammalian peptide transporter PepT2 with nanobody ...
超分子 | 名称: Complex of the mammalian peptide transporter PepT2 with nanobody and bound cefadroxil タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #2: PepT2
超分子 | 名称: PepT2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: nanobody
超分子 | 名称: nanobody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Solute carrier family 15 member 2
分子 | 名称: Solute carrier family 15 member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 82.477766 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MNPFQKNESK ETLFSPVSTE EMLPRPPSPP KKSPPKIFGS SYPVSIAFIV VNEFCERFSY YGMKAVLTLY FLYFLHWNED TSTSVYHAF SSLCYFTPIL GAAIADSWLG KFKTIIYLSL VYVLGHVFKS LGAIPILGGK MLHTILSLVG LSLIALGTGG I KPCVAAFG ...文字列: MNPFQKNESK ETLFSPVSTE EMLPRPPSPP KKSPPKIFGS SYPVSIAFIV VNEFCERFSY YGMKAVLTLY FLYFLHWNED TSTSVYHAF SSLCYFTPIL GAAIADSWLG KFKTIIYLSL VYVLGHVFKS LGAIPILGGK MLHTILSLVG LSLIALGTGG I KPCVAAFG GDQFEEEHAE ARTRYFSVFY LAINAGSLIS TFITPMLRGD VKCFGQDCYA LAFGVPGLLM VLALVVFAMG SK MYRKPPP EGNIVAQVIK CIWFALCNRF RNRSGDLPKR QHWLDWAAEK YPKHLIADVK ALTRVLFLYI PLPMFWALLD QQG SRWTLQ ANKMNGDLGF FVLQPDQMQV LNPFLVLIFI PLFDLVIYRL ISKCRINFSS LRKMAVGMIL ACLAFAVAAL VETK INGMI HPQPASQEIF LQVLNLADGD VKVTVLGSRN NSLLVESVSS FQNTTHYSKL HLEAKSQDLH FHLKYNSLSV HNDHS VEEK NCYQLLIHQD GESISSMLVK DTGIKPANGM AAIRFINTLH KDLNISLDTD APLSVGKDYG VSAYRTVLRG KYPAVH CET EDKVFSLDLG QLDFGTTYLF VITNITSQGL QAWKAEDIPV NKLSIAWQLP QYVLVTAAEV MFSVTGLEFS YSQAPSS MK SVLQAAWLLT VAVGNIIVLV VAQFSGLAQW AEFVLFSCLL LVVCLIFSVM AYYYVPLKSE DTREATDKQI PAVQGNMI N LETKNTRLVE GENLYFQ UniProtKB: Solute carrier family 15 member 2 |
-分子 #2: nanobody
分子 | 名称: nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 14.494183 KDa |
配列 | 文字列: GPSQVQLVES GGGLVQPGGS LRLLCVASGR PFNDYDMGWF RQAPGKEREF VASISWSGRV TDYSDSMKGR CTVSRDNAKG TMFLQMSNL VPRDTAVYYC AAARRRWTFK ATNTEEFYET WGQGTQVTVS SA |
-分子 #3: Cefadroxil
分子 | 名称: Cefadroxil / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: A1APP |
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分子量 | 理論値: 363.388 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 54.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |