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- EMDB-44552: Septin Hexameric Complex SEPT2/SEPT6/SEPT7 of Ciona intestinalis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44552
タイトルSeptin Hexameric Complex SEPT2/SEPT6/SEPT7 of Ciona intestinalis by Cryo-EM
マップデータ
試料
  • 複合体: Ciona intestinalis Septin Hexameric Complex SEPT2/SEPT6/SEPT7
    • タンパク質・ペプチド: CiSeptin-2
    • タンパク質・ペプチド: CiSeptin-6
    • タンパク質・ペプチド: CiSeptin-7
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードComplex / SPA / Cytoskeleton / Septin / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell division site / cleavage furrow / cilium assembly / cilium / kinetochore / microtubule cytoskeleton / protein localization ...septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell division site / cleavage furrow / cilium assembly / cilium / kinetochore / microtubule cytoskeleton / protein localization / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Septin 7 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Mendonca DC / Pereira HM / Garratt RC
資金援助 ブラジル, 3件
OrganizationGrant number国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2021/10247-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2023/06866-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2020/02897-1 ブラジル
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into Ciona intestinalis Septins: Complexes Suggest a Mechanism for Nucleotide-dependent Interfacial Cross-talk.
著者: Deborah C Mendonça / Sinara T B Morais / Heloísa Ciol / Andressa P A Pinto / Diego A Leonardo / Humberto D'Muniz Pereira / Napoleão F Valadares / Rodrigo V Portugal / Bruno P Klaholz / ...著者: Deborah C Mendonça / Sinara T B Morais / Heloísa Ciol / Andressa P A Pinto / Diego A Leonardo / Humberto D'Muniz Pereira / Napoleão F Valadares / Rodrigo V Portugal / Bruno P Klaholz / Richard C Garratt / Ana P U Araujo /
要旨: Septins are filamentous nucleotide-binding proteins which can associate with membranes in a curvature-dependent manner leading to structural remodelling and barrier formation. Ciona intestinalis, a ...Septins are filamentous nucleotide-binding proteins which can associate with membranes in a curvature-dependent manner leading to structural remodelling and barrier formation. Ciona intestinalis, a model for exploring the development and evolution of the chordate lineage, has only four septin-coding genes within its genome. These represent orthologues of the four classical mammalian subgroups, making it a minimalist non-redundant model for studying the modular assembly of septins into linear oligomers and thereby filamentous polymers. Here, we show that C. intestinalis septins present a similar biochemistry to their human orthologues and also provide the cryo-EM structures of an octamer, a hexamer and a tetrameric sub-complex. The octamer, which has the canonical arrangement (2-6-7-9-9-7-6-2) clearly shows an exposed NC-interface at its termini enabling copolymerization with hexamers into mixed filaments. Indeed, only combinations of septins which had CiSEPT2 occupying the terminal position were able to assemble into filaments via NC-interface association. The CiSEPT7-CiSEPT9 tetramer is the smallest septin particle to be solved by Cryo-EM to date and its good resolution (2.7 Å) provides a well-defined view of the central NC-interface. On the other hand, the CiSEPT7-CiSEPT9 G-interface shows signs of fragility permitting toggling between hexamers and octamers, similar to that seen in human septins but not in yeast. The new structures provide insights concerning the molecular mechanism for cross-talk between adjacent interfaces. This indicates that C. intestinalis may represent a valuable tool for future studies, fulfilling the requirements of a complete but simpler system to understand the mechanisms behind the assembly and dynamics of septin filaments.
履歴
登録2024年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44552.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44552.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.862 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-0.7119012 - 2.5311239
平均 (標準偏差)-0.0023685794 (±0.044186153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 441.344 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44552_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharppened map

ファイルemd_44552_additional_1.map
注釈Sharppened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer map

ファイルemd_44552_additional_2.map
注釈DeepEMhancer map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44552_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44552_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ciona intestinalis Septin Hexameric Complex SEPT2/SEPT6/SEPT7

全体名称: Ciona intestinalis Septin Hexameric Complex SEPT2/SEPT6/SEPT7
要素
  • 複合体: Ciona intestinalis Septin Hexameric Complex SEPT2/SEPT6/SEPT7
    • タンパク質・ペプチド: CiSeptin-2
    • タンパク質・ペプチド: CiSeptin-6
    • タンパク質・ペプチド: CiSeptin-7
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Ciona intestinalis Septin Hexameric Complex SEPT2/SEPT6/SEPT7

超分子名称: Ciona intestinalis Septin Hexameric Complex SEPT2/SEPT6/SEPT7
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)

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分子 #1: CiSeptin-2

分子名称: CiSeptin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
分子量理論値: 50.766543 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSMEKHQL ERHRSIRKNA RIVSHFSPDP KYNPSEIRKK YEGYTSPASK EREEQVKFK FTNPETPGYV GFANLPNQVH RKSVKKGFEF TLMVAGESGL GKSTLVNSLF LTDLYPERCI PPAADKITQT V KIDASTVE ...文字列:
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分子 #2: CiSeptin-6

分子名称: CiSeptin-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
分子量理論値: 49.661637 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVKMEKDEAA GDYNGSVDEG MRTLNLSGHV GFDSLPDQLV NKATNQGFCF NILCIGETGL GKSTLMNTLF NTNFENEPQH HNMPGVKLK ANTYELQESN VRLKLTIVDS VGFGDQINKE ESFKPVVEYI NQQFENYLQE ELKICRSLFS YHDTRIHACL Y FISPTGHG ...文字列:
MVKMEKDEAA GDYNGSVDEG MRTLNLSGHV GFDSLPDQLV NKATNQGFCF NILCIGETGL GKSTLMNTLF NTNFENEPQH HNMPGVKLK ANTYELQESN VRLKLTIVDS VGFGDQINKE ESFKPVVEYI NQQFENYLQE ELKICRSLFS YHDTRIHACL Y FISPTGHG LKSLDLKTMK NLDNKVNIIP VIAKADIVSK GELHKFKIKI MNELVTNGVQ IYQFPTDDET VAEVNASMNT HL PFAVVGS TEEIKLGNKM VKARQYPWGT VQVENENHCD FVKLREMLVR VNMEDLREKT HTKHYELYRR SKLTEMGFID DND GGKNFS LQEVYESKRN DHLNELQRKE DEMRQMFVLR VKDKEGELKK SEKELHDKFD KLKKMHMEEK KKLEEKKKSL QDEI TGFEK KRQQAETLGK EHLAMSQNKT GKKK

UniProtKB: Septin

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分子 #3: CiSeptin-7

分子名称: CiSeptin-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
分子量理論値: 48.769039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVLLNQDMAQ QPKALDSYVG FANLPNQLYR KSVKQGFEFT LMVVGESGLG KSTLINSLFL SDLYSNEYPG PSLRIKKTVK VETTKVLIK ENGVTLRLTI DDTPGFGDAV DNSNCWQAVI NHIEKKFEDY LNAESMVTRS KLADNRVHCC LYFIAPTGHG L KPLDVEFM ...文字列:
MVLLNQDMAQ QPKALDSYVG FANLPNQLYR KSVKQGFEFT LMVVGESGLG KSTLINSLFL SDLYSNEYPG PSLRIKKTVK VETTKVLIK ENGVTLRLTI DDTPGFGDAV DNSNCWQAVI NHIEKKFEDY LNAESMVTRS KLADNRVHCC LYFIAPTGHG L KPLDVEFM KNLHDKVNII PLIAKADTMT PEECLRFKKQ IMKEIHEHKI QLYEFPECED EEENRLNRKL KSRVPFAVVG SN TVLEIGG RRVRGRQYPW GVAEVENIDH CDFTVLRNML VRTHMQDLKD VTNNVHYENY RSKKLSSVTT TTMDGRSKAQ TKS PLAQME EEKSEHMQKM KKMEMEEVFR MKVHEKKQKL QESEADLSRR HEAMKKKLEA EYAALDEKQR QYEKDKQDFE ALQL KLMED RKSDNRTLGR KKKW

UniProtKB: Septin

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分子 #4: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 304274
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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