[日本語] English
万見
- EMDB-44438: Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent tra... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44438
タイトルCryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 44 nt RNA
マップデータcomposite map
試料
  • 複合体: FttA-dependent transcription termination complex
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードRNA polymerase / pre-termination complex / FttA / archaea / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II activity / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding ...exonuclease activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II activity / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcription termination factor CPSF1, archaea / KH domain, archaeal / KH domain / Archaeal transcription elongation factor Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, archaeal / Archaeal transcription elongation factor Spt4 superfamily / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 ...: / Transcription termination factor CPSF1, archaea / KH domain, archaeal / KH domain / Archaeal transcription elongation factor Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, archaeal / Archaeal transcription elongation factor Spt4 superfamily / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / Transcription termination factor FttA / Transcription elongation factor Spt5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / Transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者You L / Ebright RH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of archaeal FttA-dependent transcription termination
著者: You L / Ebright RH
履歴
登録2024年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_44438.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.088
最小 - 最大-0.13506201 - 0.65739036
平均 (標準偏差)0.0039956286 (±0.020103984)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : FttA-dependent transcription termination complex

全体名称: FttA-dependent transcription termination complex
要素
  • 複合体: FttA-dependent transcription termination complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit B
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit A"
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit K
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit L
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit N
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit P
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor Spt5
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor Spt4
    • タンパク質・ペプチド: Transcription termination factor FttA
    • DNA: non-template strand DNA
    • DNA: template strand DNA
    • RNA: RNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: FttA-dependent transcription termination complex

超分子名称: FttA-dependent transcription termination complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 556 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit A'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit A' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 103.038633 KDa
配列文字列: MQSMKKVIGS IEFGILSPQE IRKMSAAEIT VPDTYDDDGY PIEGGLMDKR LGVIDPGLRC ETCGARAGEC PGHFGHIELA RPVIHVGFA KTIHRVLEST CRECGRIKLT DEEIEEYMQK FEVMGDRKGA VDKLIKEIHK KAKERMVCPH CGAPQFPIKF E RPTIYWEL ...文字列:
MQSMKKVIGS IEFGILSPQE IRKMSAAEIT VPDTYDDDGY PIEGGLMDKR LGVIDPGLRC ETCGARAGEC PGHFGHIELA RPVIHVGFA KTIHRVLEST CRECGRIKLT DEEIEEYMQK FEVMGDRKGA VDKLIKEIHK KAKERMVCPH CGAPQFPIKF E RPTIYWEL RKDEEGNEYK HRMMPSEVRD RLEKIPDKDL PLLGLHPEKS RPEWMVLTVL PVPPVTMRPS ITLESGIRAE DD LTHKLVD IIRINNRLKS NIEAGAPQLI IEDLWDLLQY HVTTYINNET SGVPPAKHKS GRPLKTLAQR LKGKEGRFRG NLS GKRVNF SARTVISPDP MISINEVGVP LAVAMELTVP EKVTEFNYEK LKQRVLNGPE KYPGANYVID PEGRRIRLME SNRE LIAEK LDIGWTVERH LEDGDVVLFN RQPSLHRMSI MAHRVRVMPY RTFRLNLPVC PPYNADFDGD EMNLHVPQTE EAQAE AKIL MEVQNHIISP RYGGPLIAGI QDHISGGYLL TREGAYFTRY EVEQMLMFAG MDVNELPEPD KYENGEPLWS GKTIFS LLL PDDLTIWYRN KLCDEPERCE ALEKLIEEKL IPDPEEVRKL AYDGFVYIQN GKLLSGAVDK KAYGREDGKL LDIIVRE YG VERARQFLDQ VTKLTIWVIT HKGFTTAIDD EDLPQEAIDR IHEIIREAEE KVQRLIEAYK RGELEPLPGK TLEETLES K IMAVLAEARD NAGKVAERYL GMNNHAVIMA KTGARGKILN ITQMAAMLGQ QSIRGKRLYR GYRGRVLTHF KPGDLGARA RGFVTNSYKS GLTPQEYFFH AMGGREGLVD TAVRTAQSGY MQRRLINALQ DLKVDYDGTV RDPTGIIVQF KYGEDGVDPM KSWQGKTVD VDRVIVRTLL KMRGGGE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit B

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 127.468039 KDa
配列文字列: MSRGVTVTEP TLTPDELWLV MESYWKEKGF VRQHLDSYNA FIDHGLQDVV NEFGEVVPDI PNFKVKFGKI RIGQPEFQEA QGQRRPLYP MDARIRNLTY SAPLYLEMIP VVNGIEQEPV EVRIGELPIM LKSKACRLYG LSDEELIKLG EDPKDPGGYF I INGSERVI ...文字列:
MSRGVTVTEP TLTPDELWLV MESYWKEKGF VRQHLDSYNA FIDHGLQDVV NEFGEVVPDI PNFKVKFGKI RIGQPEFQEA QGQRRPLYP MDARIRNLTY SAPLYLEMIP VVNGIEQEPV EVRIGELPIM LKSKACRLYG LSDEELIKLG EDPKDPGGYF I INGSERVI VSIEDLAPNK TLVERDERQN KVVAKVFSYR HGYRALITVE RKKDGILYVT IPNVPKPVKF VYVMRALGLL TD KEIVEAV SDDPRIQQVL FDNLEDASDI STQEEALDYI GRLALPGQPK EYRLRRAEHI IDNNLLPHMG VDPENRRAKA YYL GMMALK VLELSLGLRG EDDKDHYANK RLKLAGDLLK DLFRVAFGQL VKDMQYQMTK TYQRKGERYT FENIQRFVRN SIRP DVLSE RIEHALATGS WPGGRTGVSQ LLDRTNYMST LSHLRRVTSP LSRDQPHFEA RDLHGTHWGR ICPTETPEGP NCGLV KNLA LMSQITTGIP EREVREYLMK MGVVPIEERR PAPGLYRVYL NGVLIGTVED GRKLVERIRA DRRAGKISDV INVALY EDE EVKEVYINSD DGRVRRPLIV VENGKPKLTR EHVEGIKNGT LTWSDLIRMG VIEYLDAEEE ENAYVATWPW EVTEEHT HL ELMPAAILGI PASLVPYPEH NAAPRNTYGA GMAKQSLGLG WANFRIRVDT RGHLMHYPQV PLVNSRIMKA VGFEDRPA G QNFVVAVLSY HGYNMEDAVI INKASIERGL ARSTFFRTYE AEEKRYLGGQ KDNFEVPSPN IQGYLGEKYY RHLDEDGLI FPESKVEGKD VLVGRTSPPR FIEEQSSLGS MVLQGRRETS VTVRPSEKGV VDKVIVTETG DGTKLVKVTV RDLRIPELGD KFASRHGQK GVIGLIVPQE DMPWTESGIV PDLIVNPHGI PSRMTVGQLI EAIGGKVASL TGRRVDGTAF IGEPEEKLRK E LEELGFKH SGREIMYDGI TGRRLEADIF IGVIYYQRLH HMVADKMHAR SRGPVQVLTK QPTEGRAREG GLRFGEMERD VL IGHGAAM LLIERLLEES DKTEVWVCES CGHLALEDKR RGKVYCPVCG EDERISKVEM SYAFKLLLDE LKAMVIRPSL RLK DRV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit A"

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit A" / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 43.72741 KDa
配列文字列: MVAEKTIKSM VSKAELPDNI KEELYAKLIE YNEKYKLKKD EIQAIIDETV REYQKALIEP GEAVGTVAAQ SIGEPSTQMT LNTFHYAGV AEINVTLGLP RIIEIVDARK NPSTPIMTVY LDEEHRYDRD KALEVARRIE GTTLENLARE ETIDILNMEY V VEIDPERL ...文字列:
MVAEKTIKSM VSKAELPDNI KEELYAKLIE YNEKYKLKKD EIQAIIDETV REYQKALIEP GEAVGTVAAQ SIGEPSTQMT LNTFHYAGV AEINVTLGLP RIIEIVDARK NPSTPIMTVY LDEEHRYDRD KALEVARRIE GTTLENLARE ETIDILNMEY V VEIDPERL EKAGLDMEKV VRKLTGSFKS AEFEAEGYTL VVRPKKVTKL SDLRKIAEKV KKHRLKGLSG VGKTIIRKEG DE YVIYTEG SNFKQVLKVP GVDPTRTRTN NIWEIAEVLG IEAARNAIID EIVSTMREQG LEVDVRHIML VADMMTLDGV IRP IGRHGI VGEKASVLAR AAFEITTQHL FAAAERGEVD PLNGVVENVL IGQPVPVGTG IVKLAMSLPL RPKRE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit D

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 29.657955 KDa
配列文字列: MPMVEFKILE KRPDSIKFIV SGVDVPFANA LRRTILSEVP TFAVDEVEFL ENDSALFDEI IAHRLAMIPL TTPHERFSLD ALELDDYTV TLSLEAEGPG MVYSGDLKSS DGDVKPANPN IPIVKLAEGQ RLTFNAYARL GRGKDHAKWQ PGFVYYKYLT K IHVSKDVP ...文字列:
MPMVEFKILE KRPDSIKFIV SGVDVPFANA LRRTILSEVP TFAVDEVEFL ENDSALFDEI IAHRLAMIPL TTPHERFSLD ALELDDYTV TLSLEAEGPG MVYSGDLKSS DGDVKPANPN IPIVKLAEGQ RLTFNAYARL GRGKDHAKWQ PGFVYYKYLT K IHVSKDVP DWEELKELAE RRGLPVEESD EEIVITTIKA FYLPRKFEEH MGKGIREEIV PGSFVFTVET NGELPVEEIV SI ALKILMR KSDRFINELH KLAD

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 株: TS559
分子量理論値: 21.893438 KDa
配列文字列: MYKLLKVKDV VRIPPRMFTM DPKEAAKIVL RETYEGIYDR DEGVVLAILD VEEISEGVIV PGDGATYHEA IFNVLVWEPR NQEVVEGEV VEMMPYGAFI RIGPMDGLVH ISQLMDDYVV FDEKNRQFIG KETNRVLKLG DYVRARIIGV SVKSRVIREN K INMTMRQP ...文字列:
MYKLLKVKDV VRIPPRMFTM DPKEAAKIVL RETYEGIYDR DEGVVLAILD VEEISEGVIV PGDGATYHEA IFNVLVWEPR NQEVVEGEV VEMMPYGAFI RIGPMDGLVH ISQLMDDYVV FDEKNRQFIG KETNRVLKLG DYVRARIIGV SVKSRVIREN K INMTMRQP GLGKFEWIEK EKKKAKEESK GE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit F

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 14.519659 KDa
配列文字列:
MIGRKKLEEH YITIAEAKEL LERRHAEGLA ENPEEPMFYE ARVSLEHAER FAKLKPEQAR ELKEKLMGLF DWINERIAAK LVDILPEDY LDIRVIFAKE EYMPTPEEAE EIIKVIDEYR PLE

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit H

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 9.522031 KDa
配列文字列:
MAAKKEFNIF DHVLVPEHRI LSEEEKEELL KKYRIRISQL PQIKASDPAV VALGAKPGDV IEIKRKSPTA GYYYYYRLVV ED

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase subunit K

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 6.583911 KDa
配列文字列:
MVVVFRYTRF EKARIIGARA LQIAMGAPVL IDVPEGITPL QAALLEFEKG VIPITVIRPS

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit L

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 11.013504 KDa
配列文字列:
MRIEVIRREE NLLEFYLEGE DHTFANLLTE TLHENEHVTF AGYTIEHPIT MARKPRFKVV TDGKITPEKA LEEAAQKIFD RAREVLEAW KAAIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase subunit N

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 7.601975 KDa
配列文字列:
MIVPVRCFTC GKVLADKYYE FKKRVEAGED PGKVLDDLGV ERYCCRRTLL SHVELIDQVM VYKVY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase subunit P

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 5.553708 KDa
配列文字列:
MATAVYRCAK CGKEVELDLA TAREVRCPYC GSKILYKPRP RVARRVKAI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12

+
分子 #12: Transcription elongation factor Spt5

分子名称: Transcription elongation factor Spt5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 16.776396 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAEGKIFTVS VTVGQETTTA NLIYSKAKTY NLPLYAILSP SKVKGYIFIE APNKSAVEEA IRGIRHAKRV LPGEIPFSEI EHFLEEKPA VSGFEPGDIV ELIAGPFKGE KAKVVRVDES KDEIVVELVS SVVPIPVTVR GEYVRLISKR QKE

UniProtKB: Transcription elongation factor Spt5

+
分子 #13: Transcription elongation factor Spt4

分子名称: Transcription elongation factor Spt4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 8.56187 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HHHHHHMAKE RACRHCHYIT TEDRCPVCGS RDLSDDWFDL VIVLDVESRI AKKLRESIPE AAKVPGKYAI RVR

UniProtKB: Transcription elongation factor Spt4

+
分子 #14: Transcription termination factor FttA

分子名称: Transcription termination factor FttA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 73.473719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIRRETFVDD ILKEIREIIV QMVPREAGIT DVEFEGPELV IYVKNPEAMM KDGELIKNLA KVLKKRISVR PDPDILLPPE KAEELIKQL VPPEAEITNI SFDPSVGEVL IEARKPGLVI GKNGETLRLI TQKVHWAPRV VRTPPIQSQT IYSIRSILQT E SKDRRKFL ...文字列:
MIRRETFVDD ILKEIREIIV QMVPREAGIT DVEFEGPELV IYVKNPEAMM KDGELIKNLA KVLKKRISVR PDPDILLPPE KAEELIKQL VPPEAEITNI SFDPSVGEVL IEARKPGLVI GKNGETLRLI TQKVHWAPRV VRTPPIQSQT IYSIRSILQT E SKDRRKFL RQVGRNIYRK SEYKSRWIRI TGLGGFREVG RSALLVQTDE SYVLVDFGVN IAALKDPTKA YPHFDAPEFR YV LDEGLLD AIIITHAALD HSGMLPYLFR YKLFDGPIYT TPPTRDLMTL LQQDFIEIQH MNGVEPLYRP KDIKEVIKHT ITL DYGEVR DIAPDIRLTL HNAGHILGSS IVHLHIGNGL HNIAITGDFK FIPTRLFEPA VSRFPRLETL VMESTYGGSN DYQM PREEA EKRLIEVIHQ TLKRGGKVLI PAMAVGRAQE IMMVLEEYAR VGGIEVPIYL DGMIWEATAI HTAYPEYLSK HIREQ IFHE GYNPFLNPIF KSVANSRERQ DIIDSGEPAI IIATSGMLVG GPSVEYFKQL APDPKNSIIF VSYQAEGTLG RQVQRG LRE IPIVGEDGRT EVINVNMEVH TIDGFSGAAD RRELMSYVAR VRPRPERIIT VHGEAHKCLD LSSSIHKKFG ISTRAPN NL DAIRLK

UniProtKB: Transcription termination factor FttA

+
分子 #15: non-template strand DNA

分子名称: non-template strand DNA / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.096158 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT) (DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)

+
分子 #16: template strand DNA

分子名称: template strand DNA / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.060087 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC)

+
分子 #17: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 17 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.649801 KDa
配列文字列:
UUCUUUUAUC UUAUUUUUUU UCUAUUUUUU CAUUUGCGCC GACC

+
分子 #18: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #19: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 300 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 171269
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9bct:
Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 44 nt RNA

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る