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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4443 | |||||||||
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タイトル | Structure of left-handed protein cage consisting of 24 eleven-membered ring proteins held together by gold (I) bridges. | |||||||||
マップデータ | map of the left-handed protein cage | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Transcription attenuation protein MtrB / Tryptophan RNA-binding attenuator protein domain / Tryptophan RNA-binding attenuator protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein-like domain superfamily / DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding / Transcription attenuation protein MtrB 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Malay AD / Miyazaki N / Biela AP / Iwasaki K / Heddle JG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: An ultra-stable gold-coordinated protein cage displaying reversible assembly. 著者: Ali D Malay / Naoyuki Miyazaki / Artur Biela / Soumyananda Chakraborti / Karolina Majsterkiewicz / Izabela Stupka / Craig S Kaplan / Agnieszka Kowalczyk / Bernard M A G Piette / Georg K A ...著者: Ali D Malay / Naoyuki Miyazaki / Artur Biela / Soumyananda Chakraborti / Karolina Majsterkiewicz / Izabela Stupka / Craig S Kaplan / Agnieszka Kowalczyk / Bernard M A G Piette / Georg K A Hochberg / Di Wu / Tomasz P Wrobel / Adam Fineberg / Manish S Kushwah / Mitja Kelemen / Primož Vavpetič / Primož Pelicon / Philipp Kukura / Justin L P Benesch / Kenji Iwasaki / Jonathan G Heddle / 要旨: Symmetrical protein cages have evolved to fulfil diverse roles in nature, including compartmentalization and cargo delivery, and have inspired synthetic biologists to create novel protein assemblies ...Symmetrical protein cages have evolved to fulfil diverse roles in nature, including compartmentalization and cargo delivery, and have inspired synthetic biologists to create novel protein assemblies via the precise manipulation of protein-protein interfaces. Despite the impressive array of protein cages produced in the laboratory, the design of inducible assemblies remains challenging. Here we demonstrate an ultra-stable artificial protein cage, the assembly and disassembly of which can be controlled by metal coordination at the protein-protein interfaces. The addition of a gold (I)-triphenylphosphine compound to a cysteine-substituted, 11-mer protein ring triggers supramolecular self-assembly, which generates monodisperse cage structures with masses greater than 2 MDa. The geometry of these structures is based on the Archimedean snub cube and is, to our knowledge, unprecedented. Cryo-electron microscopy confirms that the assemblies are held together by 120 S-Au-S staples between the protein oligomers, and exist in two chiral forms. The cage shows extreme chemical and thermal stability, yet it readily disassembles upon exposure to reducing agents. As well as gold, mercury(II) is also found to enable formation of the protein cage. This work establishes an approach for linking protein components into robust, higher-order structures, and expands the design space available for supramolecular assemblies to include previously unexplored geometries. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4443.map.gz | 9.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4443-v30.xml emd-4443.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4443_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4443.png | 100 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4443 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4443 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4443_validation.pdf.gz | 272.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4443_full_validation.pdf.gz | 271.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4443_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4443 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4443 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4443.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | map of the left-handed protein cage | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.74 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Designed protein cage consisting of C11-symmetric TRAP proteins c...
全体 | 名称: Designed protein cage consisting of C11-symmetric TRAP proteins coordinated by Au+1 ions |
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要素 |
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-超分子 #1: Designed protein cage consisting of C11-symmetric TRAP proteins c...
超分子 | 名称: Designed protein cage consisting of C11-symmetric TRAP proteins coordinated by Au+1 ions タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pET21b |
分子量 | 実験値: 2.2 MDa |
-分子 #1: Transcription attenuation protein MtrB
分子 | 名称: Transcription attenuation protein MtrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 264 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 8.161224 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MYTNSDFVVI KALEDGVNVI GLTRGADTRF HHSECLDKGE VLIAQFTEHT SAIKVRGKAY IQTSHGVIES EGKK |
-分子 #2: GOLD ION
分子 | 名称: GOLD ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 120 / 式: AU |
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分子量 | 理論値: 196.967 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.89 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3.0 s blotting time. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER 当てはまり具合の基準: gradient-driven minimization of combined map and restraints target | ||||||||||||||||||||||||
得られたモデル | PDB-6rvv: |