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- EMDB-44046: Cryo-EM structure of Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2 ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44046
タイトルCryo-EM structure of Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2 ternary complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2 ternary complex
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*C)-3')
    • タンパク質・ペプチド: TnpB-like protein L79
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*C)-3')
    • RNA: RNA (117-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードTransposon / Fanzor / cryo-EM / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / DNA recombination / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Probable transposase, IS891/IS1136/IS1341 / Probable transposase / Transposase IS605, OrfB, C-terminal / Putative transposase DNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
TnpB-like protein L79
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Qayyum MZ / Schargel RD / Tanwar AS / Kellogg EH / Kalathur RC
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of Fanzor2 reveals insights into the evolution of the TnpB superfamily.
著者: Richard D Schargel / M Zuhaib Qayyum / Ajay Singh Tanwar / Ravi C Kalathur / Elizabeth H Kellogg /
要旨: RNA-guided endonucleases, once thought to be exclusive to prokaryotes, have been recently identified in eukaryotes and are called Fanzors. They are classified into two clades, Fanzor1 and Fanzor2. ...RNA-guided endonucleases, once thought to be exclusive to prokaryotes, have been recently identified in eukaryotes and are called Fanzors. They are classified into two clades, Fanzor1 and Fanzor2. Here we present the cryo-electron microscopy structure of Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2, revealing its ωRNA architecture, active site and features involved in transposon-adjacent motif recognition. A comparison to Fanzor1 and TnpB structures highlights divergent evolutionary paths, advancing our understanding of RNA-guided endonucleases.
履歴
登録2024年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44046.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44046.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 375.84 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 375.84 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 375.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.044 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.6152247 - 2.911052
平均 (標準偏差)0.0005367135 (±0.02487788)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 375.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44046_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44046_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2 ternary complex

全体名称: Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2 ternary complex
要素
  • 複合体: Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2 ternary complex
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*C)-3')
    • タンパク質・ペプチド: TnpB-like protein L79
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*C)-3')
    • RNA: RNA (117-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2 ternary complex

超分子名称: Acanthamoeba polyphaga mimivirus Fanzor2 ternary complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)

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分子 #1: DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*C)-3') / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
分子量理論値: 3.415222 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG) (DC)

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分子 #3: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
分子量理論値: 1.135795 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DC)(DA)

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分子 #4: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*AP...

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
分子量理論値: 7.083547 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DG)(DT)(DC)

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分子 #2: TnpB-like protein L79

分子名称: TnpB-like protein L79 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
分子量理論値: 60.572387 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKEAVKNVKP KVPAKKRIIT GSKTKKKVFV KKKPPDKKPL KKPVKKTVKT DKPKSIYVPN KDLKISKWIP TPKKEFTEIE TNSWYEHRK FENPNKSPVQ TYNKIVPVVP PESIKQQNLA NKRKKTNRPI VFISSEKIRI YPTKDQQKIL QTWFRLFAYM Y NCTIDYIN ...文字列:
MKEAVKNVKP KVPAKKRIIT GSKTKKKVFV KKKPPDKKPL KKPVKKTVKT DKPKSIYVPN KDLKISKWIP TPKKEFTEIE TNSWYEHRK FENPNKSPVQ TYNKIVPVVP PESIKQQNLA NKRKKTNRPI VFISSEKIRI YPTKDQQKIL QTWFRLFAYM Y NCTIDYIN SKKVVLESGR INVAATRKVC NKISVRKAQK TIRDNLIQST NPSIMTHIID EAIGLACSNY KTCLTNYIER HI KKFDIKP WNMSKRKKII IIEANFFKKG TFCPTVFPKM ESSKPLTMID KTVTLQYDSD TRKYILFVPR VTPKYSVNKE KNS CGIDPG LRDFLTVYSE NETQSICPIE IVVNTTKNEY KKIDKINEII KTKPNLNSKR KKKLNRGLRK YHRRVTNKMK DMHY KVSHE LVNTFDKICI GKLNVKSILS KANTVLKSAL KRKLATLSFY RFTQRLTHMG YKYGTEVVNV NEYLTTKTCS NCGKI KDLG ASKIYECESC GMYADRDENA AKNILKVGLK PWYKQK

UniProtKB: TnpB-like protein L79

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分子 #5: RNA (117-MER)

分子名称: RNA (117-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
分子量理論値: 79.330805 KDa
配列文字列: AAAAAUAGUC UAAUAAAAUC AGGGGUACAU UCCGCUAGUA CUCCACCCUA CGGGUUAAGC AAAUGAGAAU AUCGAAACGG UAUGCACAG GAUUCUUCGA GUGAUAAUCU UAGGAUGACU CACUAAGGAG AUGACUAAAG UGUAUCAUUC AAUAUUGUAU U GAACGGUA ...文字列:
AAAAAUAGUC UAAUAAAAUC AGGGGUACAU UCCGCUAGUA CUCCACCCUA CGGGUUAAGC AAAUGAGAAU AUCGAAACGG UAUGCACAG GAUUCUUCGA GUGAUAAUCU UAGGAUGACU CACUAAGGAG AUGACUAAAG UGUAUCAUUC AAUAUUGUAU U GAACGGUA UUCUUCCAUA GAGAGUUGAU UUUUGGAGUA UCCAAAAAUA UCAACUUUUU AUGAGCGGGC AGCCACCUCC UU GUUAUUG

GENBANK: GENBANK: AY653733.1

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 189912
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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