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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43965 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of a Staphylococcus aureus oleate hydratase (OhyA) assembly of dimers bound to a liposome | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | oleate hydratase / phospholipids / peripheral membrane protein / OhyA / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | oleate hydratase / oleate hydratase activity / Oleate hydratase / MCRA family / FAD binding / fatty acid metabolic process / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Myosin-cross-reactive antigen 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Oldham ML / Qayyum MZ / Radka CD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM reconstruction of oleate hydratase bound to a phospholipid membrane bilayer. 著者: Michael L Oldham / M Zuhaib Qayyum / Ravi C Kalathur / Charles O Rock / Christopher D Radka / 要旨: Oleate hydratase (OhyA) is a bacterial peripheral membrane protein that catalyzes FAD-dependent water addition to membrane bilayer-embedded unsaturated fatty acids. The opportunistic pathogen ...Oleate hydratase (OhyA) is a bacterial peripheral membrane protein that catalyzes FAD-dependent water addition to membrane bilayer-embedded unsaturated fatty acids. The opportunistic pathogen Staphylococcus aureus uses OhyA to counteract the innate immune system and support colonization. Many Gram-positive and Gram-negative bacteria in the microbiome also encode OhyA. OhyA is a dimeric flavoenzyme whose carboxy terminus is identified as the membrane binding domain; however, understanding how OhyA binds to cellular membranes is not complete until the membrane-bound structure has been elucidated. All available OhyA structures depict the solution state of the protein outside its functional environment. Here, we employ liposomes to solve the cryo-electron microscopy structure of the functional unit: the OhyA•membrane complex. The protein maintains its structure upon membrane binding and slightly alters the curvature of the liposome surface. OhyA preferentially associates with 20-30 nm liposomes with multiple copies of OhyA dimers assembling on the liposome surface resulting in the formation of higher-order oligomers. Dimer assembly is cooperative and extends along a formed ridge of the liposome. We also solved an OhyA dimer of dimers structure that recapitulates the intermolecular interactions that stabilize the dimer assembly on the membrane bilayer as well as the crystal contacts in the lattice of the OhyA crystal structure. Our work enables visualization of the molecular trajectory of membrane binding for this important interfacial enzyme. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43965.map.gz | 502.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43965-v30.xml emd-43965.xml | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43965_fsc.xml | 21 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43965.png | 128.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43965.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_43965_additional_1.map.gz emd_43965_half_map_1.map.gz emd_43965_half_map_2.map.gz | 877.1 MB 927.5 MB 927.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43965 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43965 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43965_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43965_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43965_validation.xml.gz | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43965_validation.cif.gz | 39.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43965 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43965 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43965.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.044 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_43965_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43965_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43965_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Assembly of dimers of OhyA bound to a liposome
全体 | 名称: Assembly of dimers of OhyA bound to a liposome |
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要素 |
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-超分子 #1: Assembly of dimers of OhyA bound to a liposome
超分子 | 名称: Assembly of dimers of OhyA bound to a liposome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 977.4 KDa |
-分子 #1: Oleate hydratase
分子 | 名称: Oleate hydratase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 69.892719 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MYYSYGNYEA FARPKKPENV ENKSAYLIGS GLASLAAACF LIRDGQMEGS KIHILEELPK AGGSLDGEN MPLKGYVVRG GREMENHFEC LWDLFRSIPS LEIDNASVLD EFYWLNKEDP NYSRCRVIEK QGQRLVTDGD F TLTKTAIK ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MYYSYGNYEA FARPKKPENV ENKSAYLIGS GLASLAAACF LIRDGQMEGS KIHILEELPK AGGSLDGEN MPLKGYVVRG GREMENHFEC LWDLFRSIPS LEIDNASVLD EFYWLNKEDP NYSRCRVIEK QGQRLVTDGD F TLTKTAIK EILDLCLTNE EDLDDVKITD VFSDDFFNSN FWIYWKTMFA FEPWHSAMEM RRYLMRFVHH ISGLADFSAL KF TKYNQYE SLVLPMVEYL KSHGVQFEYD VKVEDIKIDV TTSQKIAREI LIDRNGNAES IKLTINDLVF VTNGSITESS TYG DNDTPA PPTDELGGSW TLWKNLARQS PEFGNPDKFC QNIPKKSWFV SATSTTNNKE IIDTIESICK RDPLAGKTVT GGII TINDS AWQMSFTINR QQQFKDQPEN EISTWIYALY SDVNGDYIKK PITECSGNEI CQEWLYHLGV STDKIEDLAK HASNT IPVY MPYITSYFMT RAIGDRPLVV PHQSQNLAFI GNFAETERDT VFTTEYSVRT AMEAVYQLLN IDRGIPEVIN SPFDLR VLM DAIYELNDHQ DLREITKDSK MQKLALAGFL KKIKGTYIES LLKEHKLL UniProtKB: Myosin-cross-reactive antigen |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.3 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||
詳細 | 3mg/mL OhyA added to 15mM prepared POPC:POPG liposomes |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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温度 | 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15784 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 79000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |