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- EMDB-43889: Chlamydomonas reinhardtii mastigoneme (constituent map 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43889
タイトルChlamydomonas reinhardtii mastigoneme (constituent map 1)
マップデータChlamydomonas reinhardtii mastigoneme filament (constituent map 1, sharpened)
試料
  • 複合体: Native mastigonemes
キーワードMastigoneme / cilia / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dai J / Ma M / Zhang R / Brown A
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM141109 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM143183 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM138854 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM139856 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131909 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL128370 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Mastigoneme structure reveals insights into the O-linked glycosylation code of native hydroxyproline-rich helices.
著者: Jin Dai / Meisheng Ma / Qingwei Niu / Robyn J Eisert / Xiangli Wang / Poulomi Das / Karl F Lechtreck / Susan K Dutcher / Rui Zhang / Alan Brown /
要旨: Hydroxyproline-rich glycoproteins (HRGPs) are a ubiquitous class of protein in the extracellular matrices and cell walls of plants and algae, yet little is known of their native structures or ...Hydroxyproline-rich glycoproteins (HRGPs) are a ubiquitous class of protein in the extracellular matrices and cell walls of plants and algae, yet little is known of their native structures or interactions. Here, we used electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine the structure of the hydroxyproline-rich mastigoneme, an extracellular filament isolated from the cilia of the alga Chlamydomonas reinhardtii. The structure demonstrates that mastigonemes are formed from two HRGPs (a filament of MST1 wrapped around a single copy of MST3) that both have hyperglycosylated poly(hydroxyproline) helices. Within the helices, O-linked glycosylation of the hydroxyproline residues and O-galactosylation of interspersed serine residues create a carbohydrate casing. Analysis of the associated glycans reveals how the pattern of hydroxyproline repetition determines the type and extent of glycosylation. MST3 possesses a PKD2-like transmembrane domain that forms a heteromeric polycystin-like cation channel with PKD2 and SIP, explaining how mastigonemes are tethered to ciliary membranes.
履歴
登録2024年2月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43889.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43889.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Chlamydomonas reinhardtii mastigoneme filament (constituent map 1, sharpened)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 512 pix.
= 711.68 Å		1.39 Å/pix.
x 512 pix.
= 711.68 Å		1.39 Å/pix.
x 512 pix.
= 711.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.2294121 - 3.1701734
平均 (標準偏差)-0.00044257508 (±0.05468319)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 711.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43889_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Chlamydomonas reinhardtii mastigoneme filament (constituent map 1, unsharpened)...

ファイルemd_43889_additional_1.map
注釈Chlamydomonas reinhardtii mastigoneme filament (constituent map 1, unsharpened)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_43889_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_43889_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native mastigonemes

全体名称: Native mastigonemes
要素
  • 複合体: Native mastigonemes

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超分子 #1: Native mastigonemes

超分子名称: Native mastigonemes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: HMDEKP buffer (30 mM HEPES, 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 0.5 mM EGTA, 25 mM KCl, pH 7.4) containing 1x ProteaseArrest protease inhibitors (G-Biosciences)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 実像数: 19601 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 38.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio by cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.4) / 使用した粒子像数: 687452
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.4)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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