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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43820 | |||||||||
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タイトル | Human Drosha and DGCR8 in complex with Pri-miR-98 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNAi / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of pre-miRNA processing / regulation of miRNA metabolic process / protein-RNA adaptor activity / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of regulatory T cell differentiation / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / ribonuclease III / miRNA metabolic process / primary miRNA processing ...positive regulation of pre-miRNA processing / regulation of miRNA metabolic process / protein-RNA adaptor activity / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of regulatory T cell differentiation / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / ribonuclease III / miRNA metabolic process / primary miRNA processing / regulation of stem cell proliferation / ribonuclease III activity / microprocessor complex / pre-miRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / SMAD binding / R-SMAD binding / lipopolysaccharide binding / rRNA processing / double-stranded RNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / regulation of inflammatory response / defense response to Gram-negative bacterium / postsynaptic density / nuclear body / defense response to Gram-positive bacterium / glutamatergic synapse / DNA damage response / heme binding / positive regulation of gene expression / nucleolus / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Garg A / Joshua-Tor L | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: RNAi_protein_98 著者: Garg A / Joshua-Tor L | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43820.map.gz | 63 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43820-v30.xml emd-43820.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43820_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43820.png | 44.5 KB | ||
マスクデータ | emd_43820_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-43820.cif.gz | 7.1 KB | ||
その他 | emd_43820_half_map_1.map.gz emd_43820_half_map_2.map.gz | 116.2 MB 116.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43820 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43820 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43820_validation.pdf.gz | 818.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43820_full_validation.pdf.gz | 817.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43820_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43820_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43820 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43820 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9asnMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_43820_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43820_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43820_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RNAi_protein_98
全体 | 名称: RNAi_protein_98 |
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要素 |
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-超分子 #1: RNAi_protein_98
超分子 | 名称: RNAi_protein_98 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: Microprocessor complex subunit DGCR8
分子 | 名称: Microprocessor complex subunit DGCR8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 86.171203 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: METDESPSPL PCGPAGEAVM ESRARPFQAL PREQSPPPPL QTSSGAEVMD VGSGGDGQSE LPAEDPFNFY GASLLSKGSF SKGRLLIDP NCSGHSPRTA RHAPAVRKFS PDLKLLKDVK ISVSFTESCR SKDRKVLYTG AERDVRAECG LLLSPVSGDV H ACPFGGSV ...文字列: METDESPSPL PCGPAGEAVM ESRARPFQAL PREQSPPPPL QTSSGAEVMD VGSGGDGQSE LPAEDPFNFY GASLLSKGSF SKGRLLIDP NCSGHSPRTA RHAPAVRKFS PDLKLLKDVK ISVSFTESCR SKDRKVLYTG AERDVRAECG LLLSPVSGDV H ACPFGGSV GDGVGIGGES ADKKDEENEL DQEKRVEYAV LDELEDFTDN LELDEEGAGG FTAKAIVQRD RVDEEALNFP YE DDFDNDV DALLEEGLCA PKKRRTEEKY GGDSDHPSDG ETSVQPMMTK IKTVLKSRGR PPTEPLPDGW IMTFHNSGVP VYL HRESRV VTWSRPYFLG TGSIRKHDPP LSSIPCLHYK KMKDNEEREQ SSDLTPSGDV SPVKPLSRSA ELEFPLDEPD SMGA DPGPP DEKDPLGAEA APGALGQVKA KVEVCKDESV DLEEFRSYLE KRFDFEQVTV KKFRTWAERR QFNREMKRKQ AESER PILP ANQKLITLSV QDAPTKKEFV INPNGKSEVC ILHEYMQRVL KVRPVYNFFE CENPSEPFGA SVTIDGVTYG SGTASS KKL AKNKAARATL EILIPDFVKQ TSEEKPKDSE ELEYFNHISI EDSRVYELTS KAGLLSPYQI LHECLKRNHG MGDTSIK FE VVPGKNQKSE YVMACGKHTV RGWCKNKRVG KQLASQKILQ LLHPHVKNWG SLLRMYGRES SKMVKQETSD KSVIELQQ Y AKKNKPNLHI LSKLQEEMKR LAEEREETRK KPKMSIVASA QPGGEPLCTV DV UniProtKB: Microprocessor complex subunit DGCR8 |
-分子 #2: Isoform 4 of Drosha
分子 | 名称: Isoform 4 of Drosha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease III |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 155.574297 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MMQGNTCHRM SFHPGRGCPR GRGGHGARPS APSFRPQNLR LLHPQQPPVQ YQYEPPSAPS TTFSNSPAPN FLPPRPDFVP FPPPMPPSA QGPLPPCPIR PPFPNHQMRH PFPVPPCFPP MPPPMPCPNN PPVPGAPPGQ GTFPFMMPPP SMPHPPPPPV M PQQVNYQY ...文字列: MMQGNTCHRM SFHPGRGCPR GRGGHGARPS APSFRPQNLR LLHPQQPPVQ YQYEPPSAPS TTFSNSPAPN FLPPRPDFVP FPPPMPPSA QGPLPPCPIR PPFPNHQMRH PFPVPPCFPP MPPPMPCPNN PPVPGAPPGQ GTFPFMMPPP SMPHPPPPPV M PQQVNYQY PPGYSHHNFP PPSFNSFQNN PSSFLPSANN SSSPHFRHLP PYPLPKAPSE RRSPERLKHY DDHRHRDHSH GR GERHRSL DRRERGRSPD RRRQDSRYRS DYDRGRTPSR HRSYERSRER ERERHRHRDN RRSPSLERSY KKEYKRSGSR SPS REKKRA RWEEEKDRWS DNQSSGKDKN YTSIKEKEPE ETMPDKNEEE EEELLKPVWI RCTHSENYYS SDPMDQVGDS TVVG TSRLR DLYDKFEEEL GSRQEKAKAA RPPWEPPKTK LDEDLESSSE SECESDEDST CSSSSDSEVF DVIAEIKRKK AHPDR LHDE LWYNDPGQMN DGPLCKCSAK ARRTGIRHSI YPGEEAIKPC RPMTNNAGRL FHYRITVSPP TNFLTDRPTV IEYDDH EYI FEGFSMFAHA PLTNIPLCKV IRFNIDYTIH FIEEMMPENF CVKGLELFSL FLFRDILELY DWNLKGPLFE DSPPCCP RF HFMPRFVRFL PDGGKEVLSM HQILLYLLRC SKALVPEEEI ANMLQWEELE WQKYAEECKG MIVTNPGTKP SSVRIDQL D REQFNPDVIT FPIIVHFGIR PAQLSYAGDP QYQKLWKSYV KLRHLLANSP KVKQTDKQKL AQREEALQKI RQKNTMRRE VTVELSSQGF WKTGIRSDVC QHAMMLPVLT HHIRYHQCLM HLDKLIGYTF QDRCLLQLAM THPSHHLNFG MNPDHARNSL SNCGIRQPK YGDRKVHHMH MRKKGINTLI NIMSRLGQDD PTPSRINHNE RLEFLGDAVV EFLTSVHLYY LFPSLEEGGL A TYRTAIVQ NQHLAMLAKK LELDRFMLYA HGPDLCRESD LRHAMANCFE ALIGAVYLEG SLEEAKQLFG RLLFNDPDLR EV WLNYPLH PLQLQEPNTD RQLIETSPVL QKLTEFEEAI GVIFTHVRLL ARAFTLRTVG FNHLTLGHNQ RMEFLGDSIM QLV ATEYLF IHFPDHHEGH LTLLRSSLVN NRTQAKVAEE LGMQEYAITN DKTKRPVALR TKTLADLLES FIAALYIDKD LEYV HTFMN VCFFPRLKEF ILNQDWNDPK SQLQQCCLTL RTEGKEPDIP LYKTLQTVGP SHARTYTVAV YFKGERIGCG KGPSI QQAE MGAAMDALEK YNFPQMAHQK RFIERKYRQE LKEMRWEREH QEREPDETED IKK UniProtKB: Ribonuclease 3 |
-分子 #3: Pri-miR-98
分子 | 名称: Pri-miR-98 / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 39.596309 KDa |
配列 | 文字列: AGGAUUCUGC UCAUGCCAGG GUGAGGUAGU AAGUUGUAUU GUUGUGGGGU AGGGAUAUUA GGCCCCAAUU AGAAGAUAAC UAUACAACU UACUACUUUC CCUGGUGUGU GGCAUAUUCA GCAU GENBANK: GENBANK: AL592046.7 |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 42.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |