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- EMDB-43715: HTT in complex with HAP40 in the apo state. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43715
タイトルHTT in complex with HAP40 in the apo state.
マップデータ
試料
  • 複合体: HTT and HAP40 complex
    • タンパク質・ペプチド: Huntingtinハンチンチン
    • タンパク質・ペプチド: 40-kDa huntingtin-associated protein
キーワードHuntington's Disease (ハンチントン病) / neurodegenerative disease (神経変性疾患) / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle cytoskeletal trafficking / regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / regulation of phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / microtubule-based transport / vocal learning / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of mitophagy / profilin binding ...vesicle cytoskeletal trafficking / regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / regulation of phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / microtubule-based transport / vocal learning / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of mitophagy / profilin binding / vesicle transport along microtubule / positive regulation of cilium assembly / presynaptic cytosol / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / positive regulation of aggrephagy / postsynaptic cytosol / positive regulation of lipophagy / dynein intermediate chain binding / beta-tubulin binding / Golgi organization / establishment of mitotic spindle orientation / dynactin binding / Regulation of MECP2 expression and activity / オートファゴソーム / 封入体 / heat shock protein binding / 中心小体 / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / protein destabilization / cytoplasmic vesicle membrane / kinase binding / p53 binding / late endosome / transmembrane transporter binding / エンドソーム / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / 神経繊維 / apoptotic process / 樹状突起 / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Factor VIII intron 22 protein / ハンチンチン / Huntingtin, middle-repeat / Huntingtin family / : / : / : / Huntingtin, N-terminal HEAT / Huntingtin, bridge / Huntingtin, N-terminal HEAT 1 ...Factor VIII intron 22 protein / ハンチンチン / Huntingtin, middle-repeat / Huntingtin family / : / : / : / Huntingtin, N-terminal HEAT / Huntingtin, bridge / Huntingtin, N-terminal HEAT 1 / Huntingtin, C-terminal HEAT / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
40-kDa huntingtin-associated protein / ハンチンチン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Poweleit N / Boudet J / Doherty E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of a Small Molecule Ligand to the Huntingtin/HAP40 complex
著者: Poweleit N / Boudet J / Doherty E
履歴
登録2024年2月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43715.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43715.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.46023434 - 1.1786351
平均 (標準偏差)0.00022835458 (±0.045129005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 265.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43715_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43715_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HTT and HAP40 complex

全体名称: HTT and HAP40 complex
要素
  • 複合体: HTT and HAP40 complex
    • タンパク質・ペプチド: Huntingtinハンチンチン
    • タンパク質・ペプチド: 40-kDa huntingtin-associated protein

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超分子 #1: HTT and HAP40 complex

超分子名称: HTT and HAP40 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Huntingtin

分子名称: Huntingtin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 353.493656 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATLEKLMKA FESLKSFQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQPPPPP PPPPPPQLPQ PPPQAQPLL PQPQPPPPPP PPPPGPAVAE EPLHRPKKEL SATKKDRVNH CLTICENIVA QSVRNSPEFQ KLLGIAMELF L LCSDDAES ...文字列:
MATLEKLMKA FESLKSFQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQPPPPP PPPPPPQLPQ PPPQAQPLL PQPQPPPPPP PPPPGPAVAE EPLHRPKKEL SATKKDRVNH CLTICENIVA QSVRNSPEFQ KLLGIAMELF L LCSDDAES DVRMVADECL NKVIKALMDS NLPRLQLELY KEIKKNGAPR SLRAALWRFA ELAHLVRPQK CRPYLVNLLP CL TRTSKRP EESVQETLAA AVPKIMASFG NFANDNEIKV LLKAFIANLK SSSPTIRRTA AGSAVSICQH SRRTQYFYSW LLN VLLGLL VPVEDEHSTL LILGVLLTLR YLVPLLQQQV KDTSLKGSFG VTRKEMEVSP SAEQLVQVYE LTLHHTQHQD HNVV TGALE LLQQLFRTPP PELLQTLTAV GGIGQLTAAK EESGGRSRSG SIVELIAGGG SSCSPVLSRK QKGKVLLGEE EALED DSES RSDVSSSALT ASVKDEISGE LAASSGVSTP GSAGHDIITE QPRSQHTLQA DSVDLASCDL TSSATDGDEE DILSHS SSQ VSAVPSDPAM DLNDGTQASS PISDSSQTTT EGPDSAVTPS DSSEIVLDGT DNQYLGLQIG QPQDEDEEAT GILPDEA SE AFRNSSMALQ QAHLLKNMSH CRQPSDSSVD KFVLRDEATE PGDQENKPCR IKGDIGQSTD DDSAPLVHCV RLLSASFL L TGGKNVLVPD RDVRVSVKAL ALSCVGAAVA LHPESFFSKL YKVPLDTTEY PEEQYVSDIL NYIDHGDPQV RGATAILCG TLICSILSRS RFHVGDWMGT IRTLTGNTFS LADCIPLLRK TLKDESSVTC KLACTAVRNC VMSLCSSSYS ELGLQLIIDV LTLRNSSYW LVRTELLETL AEIDFRLVSF LEAKAENLHR GAHHYTGLLK LQERVLNNVV IHLLGDEDPR VRHVAAASLI R LVPKLFYK CDQGQADPVV AVARDQSSVY LKLLMHETQP PSHFSVSTIT RIYRGYNLLP SITDVTMENN LSRVIAAVSH EL ITSTTRA LTFGCCEALC LLSTAFPVCI WSLGWHCGVP PLSASDESRK SCTVGMATMI LTLLSSAWFP LDLSAHQDAL ILA GNLLAA SAPKSLRSSW ASEEEANPAA TKQEEVWPAL GDRALVPMVE QLFSHLLKVI NICAHVLDDV APGPAIKAAL PSLT NPPSL SPIRRKGKEK EPGEQASVPL SPKKGSEASA ASRQSDTSGP VTTSKSSSLG SFYHLPSYLK LHDVLKATHA NYKVT LDLQ NSTEKFGGFL RSALDVLSQI LELATLQDIG KCVEEILGYL KSCFSREPMM ATVCVQQLLK TLFGTNLASQ FDGLSS NPS KSQGRAQRLG SSSVRPGLYH YCFMAPYTHF TQALADASLR NMVQAEQEND TSGWFDVLQK VSTQLKTNLT SVTKNRA DK NAIHNHIRLF EPLVIKALKQ YTTTTCVQLQ KQVLDLLAQL VQLRVNYCLL DSDQVFIGFV LKQFEYIEVG QFRESEAI I PNIFFFLVLL SYERYHSKQI IGIPKIIQLC DGIMASGRKA VTHAIPALQP IVHDLFVLRG TNKADAGKEL ETQKEVVVS MLLRLIQYHQ VLEMFILVLQ QCHKENEDKW KRLSRQIADI ILPMLAKQQM HIDSHEALGV LNTLFEILAP SSLRPVDMLL RSMFVTPNT MASVSTVQLW ISGILAILRV LISQSTEDIV LSRIQELSFS PYLISCTVIN RLRDGDSTST LEEHSEGKQI K NLPEETFS RFLLQLVGIL LEDIVTKQLK VEMSEQQHTF YCQELGTLLM CLIHIFKSGM FRRITAAATR LFRSDGCGGS FY TLDSLNL RARSMITTHP ALVLLWCQIL LLVNHTDYRW WAEVQQTPKR HSLSSTKLLS PQMSGEEEDS DLAAKLGMCN REI VRRGAL ILFCDYVCQN LHDSEHLTWL IVNHIQDLIS LSHEPPVQDF ISAVHRNSAA SGLFIQAIQS RCENLSTPTM LKKT LQCLE GIHLSQSGAV LTLYVDRLLC TPFRVLARMV DILACRRVEM LLAANLQSSM AQLPMEELNR IQEYLQSSGL AQRHQ RLYS LLDRFRLSTM QDSLSPSPPV SSHPLDGDGH VSLETVSPDK DWYVHLVKSQ CWTRSDSALL EGAELVNRIP AEDMNA FMM NSEFNLSLLA PCLSLGMSEI SGGQKSALFE AAREVTLARV SGTVQQLPAV HHVFQPELPA EPAAYWSKLN DLFGDAA LY QSLPTLARAL AQYLVVVSKL PSHLHLPPEK EKDIVKFVVA TLEALSWHLI HEQIPLSLDL QAGLDCCCLA LQLPGLWS V VSSTEFVTHA CSLIYCVHFI LEAVAVQPGE QLLSPERRTN TPKAISEEEE EVDPNTQNPK YITAACEMVA EMVESLQSV LALGHKRNSG VPAFLTPLLR NIIISLARLP LVNSYTRVPP LVWKLGWSPK PGGDFGTAFP EIPVEFLQEK EVFKEFIYRI NTLGWTSRT QFEETWATLL GVLVTQPLVM EQEESPPEED TERTQINVLA VQAITSLVLS AMTVPVAGNP AVSCLEQQPR N KPLKALDT RFGRKLSIIR GIVEQEIQAM VSKRENIATH HLYQAWDPVP SLSPATTGAL ISHEKLLLQI NPERELGSMS YK LGQVSIH SVWLGNSITP LREEEWDEEE EEEADAPAPS SPPTSPVNSR KHRAGVDIHS CSQFLLELYS RWILPSSSAR RTP AILISE VVRSLLVVSD LFTERNQFEL MYVTLTELRR VHPSEDEILA QYLVPATCKA AAVLGMDKAV AEPVSRLLES TLRS SHLPS RVGALHGVLY VLECDLLDDT AKQLIPVISD YLLSNLKGIA HCVNIHSQQH VLVMCATAFY LIENYPLDVG PEFSA SIIQ MCGVMLSGSE ESTPSIIYHC ALRGLERLLL SEQLSRLDAE SLVKLSVDRV NVHSPHRAMA ALGLMLTCMY TGKEKV SPG RTSDPNPAAP DSESVIVAME RVSVLFDRIR KGFPCEARVV ARILPQFLDD FFPPQDIMNK VIGEFLSNQQ PYPQFMA TV VYKVFQTLHS TGQSSMVRDW VMLSLSNFTQ RAPVAMATWS LSCFFVSAST SPWVAAILPH VISRMGKLEQ VDVNLFCL V ATDFYRHQIE EELDRRAFQS VLEVVAAPGS PYHRLLTCLR NVHKVTTCAA AENLYFQGDY KDDDDK

UniProtKB: ハンチンチン

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分子 #2: 40-kDa huntingtin-associated protein

分子名称: 40-kDa huntingtin-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.342254 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHSSG RENLYFQGMA AAAAGLGGGG AGPGPEAGDF LARYRLVSNK LKKRFLRKPN VAEAGEQFGQ LGRELRAQEC LPYAAWCQL AVARCQQALF HGPGEALALT EAARLFLRQE RDARQRLVCP AAYGEPLQAA ASALGAAVRL HLELGQPAAA A ALCLELAA ...文字列:
MHHHHHHSSG RENLYFQGMA AAAAGLGGGG AGPGPEAGDF LARYRLVSNK LKKRFLRKPN VAEAGEQFGQ LGRELRAQEC LPYAAWCQL AVARCQQALF HGPGEALALT EAARLFLRQE RDARQRLVCP AAYGEPLQAA ASALGAAVRL HLELGQPAAA A ALCLELAA ALRDLGQPAA AAGHFQRAAQ LQLPQLPLAA LQALGEAASC QLLARDYTGA LAVFTRMQRL AREHGSHPVQ SL PPPPPPA PQPGPGATPA LPAALLPPNS GSAAPSPAAL GAFSDVLVRC EVSRVLLLLL LQPPPAKLLP EHAQTLEKYS WEA FDSHGQ ESSGQLPEEL FLLLQSLVMA THEKDTEAIK SLQVEMWPLL TAEQNHLLHL VLQETISPSG QGV

UniProtKB: 40-kDa huntingtin-associated protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 25 mM Hepes, 300 mM NaCl, 0.025%CHAPS, 1mM DTT, 1% DMSO
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6788 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 50.48 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4700000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 352043

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8w15:
HTT in complex with HAP40 in the apo state.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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