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- EMDB-43488: Cryo-EM structure of human invariant chain in complex with HLA-DR15 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43488
タイトルCryo-EM structure of human invariant chain in complex with HLA-DR15
マップデータSharpen map after cryoSPRARC DeepEhancer
試料
  • 複合体: Trimeric complex of invariant chain associated with HLA-DRA1 and HLA-DRB1
    • タンパク質・ペプチド: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: HLA class II histocompatibility antigen gamma chain
キーワードAntigen presentation / membrane protein / trimeric complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization ...negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / T cell activation involved in immune response / autolysosome membrane / positive regulation of type 2 immune response / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of T-helper cell differentiation / T cell selection / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / negative thymic T cell selection / negative regulation of viral entry into host cell / MHC class II receptor activity / MHC class II protein binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of memory T cell differentiation / positive thymic T cell selection / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of kinase activity / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of neutrophil chemotaxis / cytokine receptor activity / vacuole / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of T cell differentiation / prostaglandin biosynthetic process / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / regulation of macrophage activation / polysaccharide binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / transport vesicle membrane / nitric-oxide synthase binding / cytokine binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to type II interferon / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / antigen processing and presentation / macrophage differentiation / chaperone cofactor-dependent protein refolding / humoral immune response / negative regulation of type II interferon production / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / epidermis development / immunoglobulin mediated immune response / PD-1 signaling / trans-Golgi network membrane / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / detection of bacterium / positive regulation of chemokine production / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / protein folding chaperone / MHC class II antigen presentation / multivesicular body / lysosomal lumen / negative regulation of cell migration / cognition / positive regulation of interleukin-8 production / intracellular protein transport / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of interleukin-6 production / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / endocytic vesicle membrane / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of T cell activation
類似検索 - 分子機能
MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 ...MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Wang N / Caveney NA / Jude KM / Garcia KC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH R01 AI103867 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structural insights into human MHC-II association with invariant chain.
著者: Nan Wang / Deepa Waghray / Nathanael A Caveney / Kevin M Jude / K Christopher Garcia /
要旨: The loading of processed peptides on to major histocompatibility complex II (MHC-II) molecules for recognition by T cells is vital to cell-mediated adaptive immunity. As part of this process, MHC-II ...The loading of processed peptides on to major histocompatibility complex II (MHC-II) molecules for recognition by T cells is vital to cell-mediated adaptive immunity. As part of this process, MHC-II associates with the invariant chain (Ii) during biosynthesis in the endoplasmic reticulum to prevent premature peptide loading and to serve as a scaffold for subsequent proteolytic processing into MHC-II-CLIP. Cryo-electron microscopy structures of full-length Human Leukocyte Antigen-DR (HLA-DR) and HLA-DQ complexes associated with Ii, resolved at 3.0 to 3.1 Å, elucidate the trimeric assembly of the HLA/Ii complex and define atomic-level interactions between HLA, Ii transmembrane domains, loop domains, and class II-associated invariant chain peptides (CLIP). Together with previous structures of MHC-II peptide loading intermediates DO and DM, our findings complete the structural path governing class II antigen presentation.
履歴
登録2024年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43488.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43488.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpen map after cryoSPRARC DeepEhancer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 448 pix.
= 292.544 Å		0.65 Å/pix.
x 448 pix.
= 292.544 Å		0.65 Å/pix.
x 448 pix.
= 292.544 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.653 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00315
最小 - 最大-0.023776274 - 2.5544782
平均 (標準偏差)0.0009704265 (±0.021012973)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 292.544 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43488_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43488_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43488_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric complex of invariant chain associated with HLA-DRA1 and ...

全体名称: Trimeric complex of invariant chain associated with HLA-DRA1 and HLA-DRB1
要素
  • 複合体: Trimeric complex of invariant chain associated with HLA-DRA1 and HLA-DRB1
    • タンパク質・ペプチド: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: HLA class II histocompatibility antigen gamma chain

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超分子 #1: Trimeric complex of invariant chain associated with HLA-DRA1 and ...

超分子名称: Trimeric complex of invariant chain associated with HLA-DRA1 and HLA-DRB1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 330 KDa

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分子 #1: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

分子名称: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.418971 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: MAISGVPVLG FFIIAVLMSA QESWAIKEEH VIIQAEFYLN PDQSGEFMFD FDGDEIFHVD MAKKETVWRL EEFGRFASFE AQGALANIA VDKANLEIMT KRSNYTPITN VPPEVTVLTN SPVELREPNV LICFIDKFTP PVVNVTWLRN GKPVTTGVSE T VFLPREDH ...文字列:
MAISGVPVLG FFIIAVLMSA QESWAIKEEH VIIQAEFYLN PDQSGEFMFD FDGDEIFHVD MAKKETVWRL EEFGRFASFE AQGALANIA VDKANLEIMT KRSNYTPITN VPPEVTVLTN SPVELREPNV LICFIDKFTP PVVNVTWLRN GKPVTTGVSE T VFLPREDH LFRKFHYLPF LPSTEDVYDC RVEHWGLDEP LLKHWEFDAP SPLPETTENV VCALGLTVGL VGIIIGTIFI IK GLRKSNA AERRGPLAAA LEVLFQGPGA AEDQVDPRLI DGKHHHHHHH H

UniProtKB: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

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分子 #2: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain

分子名称: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.768199 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: MVCLKLPGGS CMTALTVTLM VLSSPLALSG DTRPRFLWQP KRECHFFNGT ERVRFLDRYF YNQEESVRFD SDVGEFRAVT ELGRPDAEY WNSQKDILEQ ARAAVDTYCR HNYGVVESFT VQRRVQPKVT VYPSKTQPLQ HHNLLVCSVS GFYPGSIEVR W FLNGQEEK ...文字列:
MVCLKLPGGS CMTALTVTLM VLSSPLALSG DTRPRFLWQP KRECHFFNGT ERVRFLDRYF YNQEESVRFD SDVGEFRAVT ELGRPDAEY WNSQKDILEQ ARAAVDTYCR HNYGVVESFT VQRRVQPKVT VYPSKTQPLQ HHNLLVCSVS GFYPGSIEVR W FLNGQEEK AGMVSTGLIQ NGDWTFQTLV MLETVPRSGE VYTCQVEHPS VTSPLTVEWR ARSESAQSKM LSGVGGFVLG LL FLGAGLF IYFRNQKGHS GLQPTGFLSA AALEVLFQGP GAAEDQVDPR LIDGKHHHHH HHH

UniProtKB: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain

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分子 #3: HLA class II histocompatibility antigen gamma chain

分子名称: HLA class II histocompatibility antigen gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.901906 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: MDYKDDDDAG TSRHRRRSRS CREDQKPVMD DQRDLISNNE QLPMLGRRPG APESKCSRGA LYTGFSILVT LLLAGQATTA YFLYQQQGR LDKLTVTSQN LQLENLRMKL PKPPKPVSKM RMATPLLMQA LPMGALPQGP MQNATKYGNM TEDHVMHLLQ N ADPLKVYP ...文字列:
MDYKDDDDAG TSRHRRRSRS CREDQKPVMD DQRDLISNNE QLPMLGRRPG APESKCSRGA LYTGFSILVT LLLAGQATTA YFLYQQQGR LDKLTVTSQN LQLENLRMKL PKPPKPVSKM RMATPLLMQA LPMGALPQGP MQNATKYGNM TEDHVMHLLQ N ADPLKVYP PLKGSFPENL RHLKNTMETI DWKVFESWMH HWLLFEMSRH SLEQKPTDAP PKVLTKCQEE VSHIPAVHPG SF RPKCDEN GNYLPLQCYG SIGYCWCVFP NGTEVPNTRS RGHHNCSESL ELEDPSSGLG VTKQDLGPVP M

UniProtKB: HLA class II histocompatibility antigen gamma chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3pdo

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 391922
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8vrw:
Cryo-EM structure of human invariant chain in complex with HLA-DR15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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