[日本語] English
万見
- EMDB-43260: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43260
タイトルSARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, local refinement
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: SC27 Fab
      • タンパク質・ペプチド: SC27 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: SC27 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV-2 / coronavirus / S / spike / BA.1 / omicron / RBD / COVID-19 / antibody / SC27 / Fab / virus / viral protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Byrne PO / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI127521 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement
著者: Byrne PO / McLellan JS
履歴
登録2024年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_43260.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 432 pix.
= 406.08 Å		0.94 Å/pix.
x 432 pix.
= 406.08 Å		0.94 Å/pix.
x 432 pix.
= 406.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-2.4872823 - 3.14145
平均 (標準偏差)-0.00075648946 (±0.02696319)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 406.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: #1

ファイルemd_43260_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_43260_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_43260_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with...

全体名称: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: SC27 Fab
      • タンパク質・ペプチド: SC27 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: SC27 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with...

超分子名称: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain trimer in complex with SC27 Fab, global refinement
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

-
超分子 #2: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain

超分子名称: SARS-CoV-2 spike omicron (BA.1) ectodomain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
超分子 #3: SC27 Fab

超分子名称: SC27 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: SC27 Fab heavy chain

分子名称: SC27 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.120829 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VTLKESGPVL LKPTETLTLT CTVSGFSLSN VGMGVSWIRQ PPGKALEWLA DIFSNDEKSY STSLKSRLTI SRDTSKSQVV LSMTNMDPV DTATYYCARL ANYDFWSGYS RFSAQFDNWG QGTLVTVSS

-
分子 #2: SC27 Fab light chain

分子名称: SC27 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.742804 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI YDNNNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSFDSSSLT GSRVFGGGTK LTVL

-
分子 #3: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: omicron (BA.1) variant / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 144.927859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHVI SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASIEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF L DHKNNKSW ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHVI SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASIEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF L DHKNNKSW MESEFRVYSS ANNCTFEYVS QPFLMDLEGK QGNFKNLREF VFKNIDGYFK IYSKHTPIIV REPEDLPQGF SA LEPLVDL PIGINITRFQ TLLALHRSYL TPGDSSSGWT AGAAAYYVGY LQPRTFLLKY NENGTITDAV DCALDPLSET KCT LKSFTV EKGIYQTSNF RVQPTESIVR FPNITNLCPF DEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNLAPFFTFK CYGV SPTKL NDLCFTNVYA DSFVIRGDEV RQIAPGQTGN IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNKLDSKVSG NYNYLYRLFR KSNLK PFER DISTEIYQAG NKPCNGVAGF NCYFPLRSYS FRPTYGVGHQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNFN FNG LKGTGVLTES NKKFLPFQQF GRDIADTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQGV NCTEVPV AI HADQLTPTWR VYSTGSNVFQ TRAGCLIGAE YVNNSYECDI PIGAGICASY QTQTKSHGSA SSVASQSIIA YTMSLGAE N SVAYSNNSIA IPTNFTISVT TEILPVSMTK TSVDCTMYIC GDSTECSNLL LQYGSFCTQL KRALTGIAVE QDKNTQEVF AQVKQIYKTP PIKYFGGFNF SQILPDPSKP SKRSPIEDLL FNKVTLADAG FIKQYGDCLG DIAARDLICA QKFKGLTVLP PLLTDEMIA QYTSALLAGT ITSGWTFGAG PALQIPFPMQ MAYRFNGIGV TQNVLYENQK LIANQFNSAI GKIQDSLSST P SALGKLQD VVNHNAQALN TLVKQLSSKF GAISSVLNDI FSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SA NLAATKM SECVLGQSKR VDFCGKGYHL MSFPQSAPHG VVFLHVTYVP AQEKNFTTAP AICHDGKAHF PREGVFVSNG THW FVTQRN FYEPQIITTD NTFVSGNCDV VIGIVNNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKE IDRLN EVAKNLNESL IDLQELGKYE QGSGYIPEAP RDGQAYVRKD GEWVLLSTFL GRSLEVLFQG PGHHHHHHHH SAWSH PQFE KGGGSGGGGS GGSAWSHPQF EK

UniProtKB: Spike glycoprotein

-
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
2.0 mMTris
200.0 mMsodium chloride
0.02 percent (w/v)sodium azide
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3282579
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 888338
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る