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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43128 | |||||||||
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タイトル | Structure of a membrane transport protein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Transport / Membrane / Inhibitor / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective SLC6A3 causes Parkinsonism-dystonia infantile (PKDYS) / Defective SLC6A3 causes Parkinsonism-dystonia infantile (PKDYS) / Dopamine clearance from the synaptic cleft / amine binding / adenohypophysis development / dopamine uptake / hyaloid vascular plexus regression / dopamine binding / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity ...Defective SLC6A3 causes Parkinsonism-dystonia infantile (PKDYS) / Defective SLC6A3 causes Parkinsonism-dystonia infantile (PKDYS) / Dopamine clearance from the synaptic cleft / amine binding / adenohypophysis development / dopamine uptake / hyaloid vascular plexus regression / dopamine binding / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / regulation of dopamine metabolic process / dopaminergic synapse / neurotransmitter transmembrane transporter activity / dopamine transport / flotillin complex / monoamine transmembrane transporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / monoamine transport / dopamine catabolic process / positive regulation of multicellular organism growth / neurotransmitter transport / response to iron ion / dopamine biosynthetic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / heterocyclic compound binding / neuronal cell body membrane / sodium ion transmembrane transport / prepulse inhibition / axon terminus / response to cAMP / lactation / protein phosphatase 2A binding / response to cocaine / locomotory behavior / response to nicotine / cognition / sensory perception of smell / presynaptic membrane / protease binding / postsynaptic membrane / response to ethanol / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / axon / signaling receptor binding / neuronal cell body / protein-containing complex binding / cell surface / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | |||||||||
データ登録者 | Srivastava DK / Gouaux E | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Structure of the human dopamine transporter and mechanisms of inhibition 著者: Srivastava DK / Navratna V / Tosh DK / Chinn A / Sk MF / Tajkhorshid E / Jacobson KA / Gouaux E | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43128.map.gz | 203.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43128-v30.xml emd-43128.xml | 20.4 KB 20.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43128_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43128.png | 59.9 KB | ||
マスクデータ | emd_43128_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-43128.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_43128_half_map_1.map.gz emd_43128_half_map_2.map.gz | 200.5 MB 200.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43128 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43128 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43128_validation.pdf.gz | 972.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43128_full_validation.pdf.gz | 972.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43128_validation.xml.gz | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43128_validation.cif.gz | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43128 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43128 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8vbyMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.743 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_43128_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43128_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43128_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Sodium dependent dopamine transporter in complex with inhibitor
+超分子 #1: Sodium dependent dopamine transporter in complex with inhibitor
+分子 #1: Sodium-dependent dopamine transporter
+分子 #2: methyl (1R,2S,3S,5S)-3-(4-fluorophenyl)-8-methyl-8-azabicyclo[3.2...
+分子 #3: methyl (1S,2R,3S,4R,5R)-4-{2-[(5-chlorothiophen-2-yl)ethynyl]-6-(...
+分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
+分子 #6: DECANE
+分子 #7: PENTANE
+分子 #8: HEPTANE
+分子 #9: ZINC ION
+分子 #10: SODIUM ION
+分子 #11: DODECANE
+分子 #12: PENTADECANE
+分子 #13: N-OCTANE
+分子 #14: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7.0 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | monodisperse sample |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 6 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 165000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |