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- EMDB-42792: Acinetobacter baumannii Tse15 Rhs effector -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42792
タイトルAcinetobacter baumannii Tse15 Rhs effector
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Recombinant Tse15
    • タンパク質・ペプチド: Tse15
    • タンパク質・ペプチド: Tse15 toxin peptide (polyUNK)
    • タンパク質・ペプチド: Tse15 toxin peptide (polyUNK)
    • タンパク質・ペプチド: Tse15 toxin peptide (polyUNK)
    • タンパク質・ペプチド: Tse15 toxin peptide (polyUNK)
キーワードRhs-effector / Rhs cargo effector / Type 6 secretion system effector / Acinetobacter baumannii toxin / Type VI secretion system / YD-repeat protein / T6SS. / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
RHS protein / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core / :
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Hayes BK / Venugopal H / McGowan S
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1165036 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1128981 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of a Rhs effector clade domain provides mechanistic insights into type VI secretion system toxin delivery.
著者: Brooke K Hayes / Marina Harper / Hariprasad Venugopal / Jessica M Lewis / Amy Wright / Han-Chung Lee / Joel R Steele / David L Steer / Ralf B Schittenhelm / John D Boyce / Sheena McGowan /
要旨: The type VI secretion system (T6SS) is a molecular machine utilised by many Gram-negative bacteria to deliver antibacterial toxins into adjacent cells. Here we present the structure of Tse15, a T6SS ...The type VI secretion system (T6SS) is a molecular machine utilised by many Gram-negative bacteria to deliver antibacterial toxins into adjacent cells. Here we present the structure of Tse15, a T6SS Rhs effector from the nosocomial pathogen Acinetobacter baumannii. Tse15 forms a triple layered β-cocoon Rhs domain with an N-terminal α-helical clade domain and an unfolded C-terminal toxin domain inside the Rhs cage. Tse15 is cleaved into three domains, through independent auto-cleavage events involving aspartyl protease activity for toxin self-cleavage and a nucleophilic glutamic acid for N-terminal clade cleavage. Proteomic analyses identified that significantly more peptides from the N-terminal clade and toxin domains were secreted than from the Rhs cage, suggesting toxin delivery often occurs without the cage. We propose the clade domain acts as an internal chaperone to mediate toxin tethering to the T6SS machinery. Conservation of the clade domain in other Gram-negative bacteria suggests this may be a common mechanism for delivery.
履歴
登録2023年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42792.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 224 pix.
= 210.56 Å		0.94 Å/pix.
x 224 pix.
= 210.56 Å		0.94 Å/pix.
x 224 pix.
= 210.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.671
最小 - 最大-0.9228442 - 2.6014717
平均 (標準偏差)0.016211482 (±0.10336461)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 210.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42792_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Difference map generated in Chimera after refinement of...

ファイルemd_42792_additional_1.map
注釈Difference map generated in Chimera after refinement of A-chain. Used to guide modelling of unsequenced toxin in chains B, C, D, E.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42792_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42792_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant Tse15

全体名称: Recombinant Tse15
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Recombinant Tse15
    • タンパク質・ペプチド: Tse15
    • タンパク質・ペプチド: Tse15 toxin peptide (polyUNK)
    • タンパク質・ペプチド: Tse15 toxin peptide (polyUNK)
    • タンパク質・ペプチド: Tse15 toxin peptide (polyUNK)
    • タンパク質・ペプチド: Tse15 toxin peptide (polyUNK)

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超分子 #1: Recombinant Tse15

超分子名称: Recombinant Tse15 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)
分子量理論値: 183 KDa

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分子 #1: Tse15

分子名称: Tse15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)
分子量理論値: 182.818422 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MAWSHPQFEK SAAKENTQQK EIKRQPAVEL AVFNLNSVTD VADLQMIASQ VQLYLQVCGN TTLEQIKSKA NITTVANIFA LTGSVLDLM LYATDKKTGD AAVQRGALLA ANLIGLFSEP NNEAHARMAL RPMFGLMAEC LYRENGKIKE TDIKRLGLHL N AMIAGDLE ...文字列:
MAWSHPQFEK SAAKENTQQK EIKRQPAVEL AVFNLNSVTD VADLQMIASQ VQLYLQVCGN TTLEQIKSKA NITTVANIFA LTGSVLDLM LYATDKKTGD AAVQRGALLA ANLIGLFSEP NNEAHARMAL RPMFGLMAEC LYRENGKIKE TDIKRLGLHL N AMIAGDLE NFLKETQAKL SSLLISATTL GVTILQSMAT PATGINAGIT TAAGASAEKR DPKLKFTNWA VPLIDLLGKP SQ ANLTPKI QPNITSRLQQ EATQAIAALS QTLQQQANAG QKYTLAWLLQ ETLKAIQALE NKGNASVPIN QTGEYERHTK GDT LEFVSL QADALNAPPC EGADSQSGKS ISYSIGAERV QHADFYLPKI GFSFIRQYNS QMDEFDQSMV GARWMMPFSN MIQQ NAQGY LFIDSKGRKH QLPVSIIFET YEVPYEGWII KPLKNGELIL DFGGEWRSHF QSFDGGKNYY LVKKMNETSQ EEILL EYLL LDHIAYLKVI NFKLKQAEYE LKFAFNEQVK IIAVFLDDKA EPLARYEYDT QGNLIKAIDQ NGHTRTYEYN QFHQLT RYT DRTGRGQNIR YESTEAKAKA IEEWADDGSF HTKLKWHPRL RQVAVYDAYD VPTYYYFDLD GFTYRTRLAD GRESWYS RD GKKRITRQID FDGRETQQEY NDQDQLVKIV QPNGGIIRFA YNKQGNLVEI KDPEGSIWKR EYDENRNVSK EINPLGHI T QYKYNNDNQL VEVIDAKGGV KKIQYNELGQ MISYTDCSGK SSTWEYDEDG ALTAEQTANN KVVQYFYSTK GRDKGQLQS IIYPDGLKEY FEHDEEGRLL KHTDTKGLVT EYKYNQVGLL EQRIDANRHS VAYQWDKQGR IQKLINQNQA EYLFGYNPYG YLIREQAFD GEEKHYSYNE NGRLFQIRRP NILTQFDYYA DGQIASKSFT HLHTGQKQTE QFDYNLNSQL SRASNEVSQI D LYRNALGQ LVREHQHYKI PELKPLTAVL HYEYDELGNL IKTIRPDGHT LNHLVYGSGH IYAIGLNNQE VVSFQRDDLH RE TTRLLAN GLMQTKQYND VGLLSSQFIQ PEQETQDYLQ YQAHRKYHYD KNYLLSQVED SRLGKLNYQY DPIGRLIAAQ SLH KTESFN FDPAGNLIDS ESVLSPAQIK NNLIKSYKGK HYQYDVQGNV TEIIQAGKNL KLTWDNQNRL IRSDNNGLVT EYGY DVFGR RLYKKTAKEL TLFGWDGDLM IWESFKSAQT NYTKHYIYEP DSFVPLLQAG YKDFIQLIET PDYQEYQTKP YSIYK DPVW NRNLGKERTA LEQFTFYHCD QVGTPQTMTN IRGECVWEIL QDTWGAVSQI KALNQDNPFE QNNLRFQGQY YDRETE LHY NRYRYYEPHS ARYVSKDPIG LEGGMNTSSY VSDPNQWIDP KGLNSFNYGE MFGIPASAQS GLAYQGQRNY ECYAETG EL CKIKVPPLFD YVACSGGGLG IGVGFVKNQW TGEYYISGSK DSLLIPVAKS VAQNKQFSAK DLAGASCVGG NIHNIPSY T KTTMTMGEIT NEFVSGASVT VGGGAYGAVA NVVVPLVSKS SPVKGTWASE LGVGTPGFNV GVSGTVSVDT ILDAVKPSK KHHHHHH

UniProtKB: Tse15

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分子 #2: Tse15 toxin peptide (polyUNK)

分子名称: Tse15 toxin peptide (polyUNK) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)
分子量理論値: 2.486056 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #3: Tse15 toxin peptide (polyUNK)

分子名称: Tse15 toxin peptide (polyUNK) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)
分子量理論値: 954.168 Da
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

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分子 #4: Tse15 toxin peptide (polyUNK)

分子名称: Tse15 toxin peptide (polyUNK) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)
分子量理論値: 3.762629 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #5: Tse15 toxin peptide (polyUNK)

分子名称: Tse15 toxin peptide (polyUNK) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)
分子量理論値: 2.060531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Hepes pH 8.0; 300 mM NaCl
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 455508
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8xut

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 132696
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial fitting with done using UCSF Chimera using fit map.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8uy4:
Acinetobacter baumannii Tse15 Rhs effector

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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