+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle (composite map) | |||||||||
![]() | Composite map of the Ran-RCC1-NCP complex. The Ran-RCC1 portion was taken from a focus-refined Ran-RCC1 map. The NCP portion was taken from a 1-side bound Ran-RCC1-NCP map. Both local-sharpened. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | GTPase / Guanine nucleotide exchange factor / chromatin-binding / NUCLEAR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / RMTs methylate histone arginines / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression ...HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / RMTs methylate histone arginines / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RNA Polymerase I Promoter Escape / polytene chromosome band / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Ub-specific processing proteases / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / larval somatic muscle development / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / HATs acetylate histones / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / UCH proteinases / polytene chromosome / mitotic nuclear membrane reassembly / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / cellular response to mineralocorticoid stimulus / manchette / sulfate binding / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / GTP metabolic process / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / regulation of mitotic nuclear division / DNA metabolic process / dynein intermediate chain binding / nuclear chromosome / mitotic sister chromatid segregation / spermatid development / heterochromatin organization / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / spindle assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore / nucleosome binding / nucleosomal DNA binding / centriole / viral process / protein export from nucleus / guanyl-nucleotide exchange factor activity / mitotic spindle organization / G protein activity / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / chromosome segregation / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / recycling endosome / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / structural constituent of chromatin / protein import into nucleus / GDP binding / nucleosome / nucleosome assembly / melanosome / positive regulation of protein binding / chromatin organization / nuclear envelope / chromosome / mitotic cell cycle / histone binding / midbody / actin cytoskeleton organization / nucleic acid binding / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex binding / nucleolus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
![]() | Huang SK / Rubinstein JL / Kay LE | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Ran bound to RCC1 and the nucleosome core particle 著者: Huang SK / Rubinstein JL / Kay LE | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 14.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() ![]() | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 64.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 469.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 468.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ux1MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Composite map of the Ran-RCC1-NCP complex. The Ran-RCC1 portion was taken from a focus-refined Ran-RCC1 map. The NCP portion was taken from a 1-side bound Ran-RCC1-NCP map. Both local-sharpened. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Ran-RCC1-NCP complex
全体 | 名称: Ran-RCC1-NCP complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Ran-RCC1-NCP complex
超分子 | 名称: Ran-RCC1-NCP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Histone H3
分子 | 名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 15.405036 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVGLFEDTN LSAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA UniProtKB: Histone H3 |
-分子 #2: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: An extra isoleucine was inserted at the N-terminus following the first residue methionine コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 11.521611 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MITGRGKGGK GLGKGGAKRH RKVLRDNIQG ITKPAIRRLA RRGGVKRISG LIYEETRGVL KVFLENVIRD AVTYTEHAKR KTVTAMDVV YALKRQGRTL YGFGG UniProtKB: Histone H4 |
-分子 #3: Histone H2A
分子 | 名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.388727 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSGRGKGGKV KGKAKSRSNR AGLQFPVGRI HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVMEYLAA EVLELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLSG VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TEKKA UniProtKB: Histone H2A |
-分子 #4: Histone H2B
分子 | 名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 詳細: An extra glycine was left at the N-terminus as a result of TEV cleavage. An extra isoleucine (residue 3) was inserted after the initiation methionine. コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.897275 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GMIPPKTSGK AAKKAGKAQK NITKTDKKKK RKRKESYAIY IYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDIF ERIAAEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK UniProtKB: Histone H2B |
-分子 #7: GTP-binding nuclear protein Ran
分子 | 名称: GTP-binding nuclear protein Ran / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.456105 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAAQGEPQVQ FKLVLVGDGG TGKTTFVKRH LTGEFEKKYV ATLGVEVHPL VFHTNRGPIK FNVWDTAGQE KFGGLRDGYY IQAQCAIIM FDVTSRVTYK NVPNWHRDLV RVCENIPIVL CGNKVDIKDR KVKAKSIVFH RKKNLQYYDI SAKSNYNFEK P FLWLARKL ...文字列: MAAQGEPQVQ FKLVLVGDGG TGKTTFVKRH LTGEFEKKYV ATLGVEVHPL VFHTNRGPIK FNVWDTAGQE KFGGLRDGYY IQAQCAIIM FDVTSRVTYK NVPNWHRDLV RVCENIPIVL CGNKVDIKDR KVKAKSIVFH RKKNLQYYDI SAKSNYNFEK P FLWLARKL IGDPNLEFVA MPALAPPEVV MDPALAAQYE HDLEVAQTTA LPDEDDDL UniProtKB: GTP-binding nuclear protein Ran |
-分子 #8: Regulator of chromosome condensation
分子 | 名称: Regulator of chromosome condensation / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 44.893758 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SPKRIAKRRS PPADAIPKSK KVKVSHRSHS TEPGLVLTLG QGDVGQLGLG ENVMERKKPA LVSIPEDVVQ AEAGGMHTVC LSKSGQVYS FGCNDEGALG RDTSVEGSEM VPGKVELQEK VVQVSAGDSH TAALTDDGRV FLWGSFRDNN GVIGLLEPMK K SMVPVQVQ ...文字列: SPKRIAKRRS PPADAIPKSK KVKVSHRSHS TEPGLVLTLG QGDVGQLGLG ENVMERKKPA LVSIPEDVVQ AEAGGMHTVC LSKSGQVYS FGCNDEGALG RDTSVEGSEM VPGKVELQEK VVQVSAGDSH TAALTDDGRV FLWGSFRDNN GVIGLLEPMK K SMVPVQVQ LDVPVVKVAS GNDHLVMLTA DGDLYTLGCG EQGQLGRVPE LFANRGGRQG LERLLVPKCV MLKSRGSRGH VR FQDAFCG AYFTFAISHE GHVYGFGLSN YHQLGTPGTE SCFIPQNLTS FKNSTKSWVG FSGGQHHTVC MDSEGKAYSL GRA EYGRLG LGEGAEEKSI PTLISRLPAV SSVACGASVG YAVTKDGRVF AWGMGTNYQL GTGQDEDAWS PVEMMGKQLE NRVV LSVSS GGQHTVLLVK DKEQS UniProtKB: Regulator of chromosome condensation |
-分子 #5: 153-bp Widom 601 DNA forward strand
分子 | 名称: 153-bp Widom 601 DNA forward strand / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 47.457234 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) |
-分子 #6: 153-bp Widom 601 DNA reverse strand
分子 | 名称: 153-bp Widom 601 DNA reverse strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 46.998945 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |