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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an Enterobacter GH43 Beta-Xylosidase: EcXyl43 | |||||||||
![]() | deepenhancer map | |||||||||
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![]() | GH43 / Enterobacter / Beta-Xylosidase / EcXyl43 / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | Beta-xylosidase, C-terminal Concanavalin A-like domain / Beta xylosidase C-terminal Concanavalin A-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / carbohydrate metabolic process / Beta-xylosidase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å | |||||||||
![]() | Briganti L / Godoy AS / Capetti CCM / Portugal RV / Polikarpov I | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of an Enterobacter GH43 Beta-Xylosidase: EcXyl43 著者: Briganti L / Godoy AS / Polikarpov I | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 76.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 121 MB 1.7 MB 226.6 MB 226.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 857.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 857.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8uwsMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | deepenhancer map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.67 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: cryosparc refinement map
ファイル | emd_42680_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryosparc refinement map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: mask
ファイル | emd_42680_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | mask | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half B
ファイル | emd_42680_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half A
ファイル | emd_42680_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Tetrameric GH43 structure
全体 | 名称: Tetrameric GH43 structure |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetrameric GH43 structure
超分子 | 名称: Tetrameric GH43 structure / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Beta-xylosidase
分子 | 名称: Beta-xylosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 61.000953 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MEITNPILTG FNPDPSLCRQ GEDYYIATST FEWFPGVRIY HSRDLKNWTL VSTPLDRVSM LDMKGNPDSG GIWAPCLSYA DGKFWLLYT DVKIVDSPWK NGRNFLVTAP SIEGPWSEPI PMGNGGFDPS LFHDDDGRKY YLYRPWGPRH HSNPHNTIVM Q EFDPQTGT ...文字列: MEITNPILTG FNPDPSLCRQ GEDYYIATST FEWFPGVRIY HSRDLKNWTL VSTPLDRVSM LDMKGNPDSG GIWAPCLSYA DGKFWLLYT DVKIVDSPWK NGRNFLVTAP SIEGPWSEPI PMGNGGFDPS LFHDDDGRKY YLYRPWGPRH HSNPHNTIVM Q EFDPQTGT LSPERKTLFT GTPLCYTEGA HLYRHAGWYY LMVAEGGTSY EHAVVVLRAK TIDGPYELHP DVTMMTSWHL PE NPLQKSG HGSLLQTHTG EWYMAYLTSR PLRLPGVPLL ASGGRGYCPL GRETGIARIE WRDGWPYVEG GKHAQLTVKG PQV AEQPAA VQGSWRDDFD GSTLDPELQT LRIPFDDTLG SLTARPGYLR LYGNDSLNST FTQSTVARRW QHFIFRAETR MQFS PVHFQ QSAGLTCYYN SKNWSYCFVD YEEGQGRTIK VIQLDHNVPS WPLHEQPIPV PEQAESVWLR VDVDRLVYRY SYSFD GETW HAVPVTYEAW KLSDDYIGGR GFFTGAFVGL HCEDISGDGC HADFDYFTYE PA UniProtKB: Beta-xylosidase |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |