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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of Allosterically Switchable De Novo Protein sr312, in Open State with Effector Peptide | |||||||||
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![]() | de novo / allosterically switchable de novo protein / sr312 / effector peptide / DE NOVO PROTEIN | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
![]() | Weidle C / Skotheim R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: De novo design of allosterically switchable protein assemblies 著者: Pillai A / Idris A / Philomin A / Weidle C / Skotheim R / Leung PJY / Broerman A / Demakis C / Borst AJ / Praetorius F / Baker D | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | |||
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ヘッダ (付随情報) | ![]() | |||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2375 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Complex is comprised of 4 sr312 proteins, each sr312 protein is b...
全体 | 名称: Complex is comprised of 4 sr312 proteins, each sr312 protein is bound to an effector peptide, putting the protein in an open state. Complex is formed with C4 symmetry. |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex is comprised of 4 sr312 proteins, each sr312 protein is b...
超分子 | 名称: Complex is comprised of 4 sr312 proteins, each sr312 protein is bound to an effector peptide, putting the protein in an open state. Complex is formed with C4 symmetry. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 206.1 KDa |
-超分子 #2: sr312 protein
超分子 | 名称: sr312 protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-超分子 #3: effector peptide
超分子 | 名称: effector peptide / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes |
-分子 #1: sr312
分子 | 名称: sr312 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 47.297691 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SGTVTFDITN IDWETAEWIM KHVYLIAKKE GTDVTFSFKE GELQITVKNL HEEAKREIEK WIRAAQLAQD PDAESKAEAR KILNELITE KAEELREKTK DEEVRELARE AARLALESDD IEVQRVVLKA LLAALKSKDE EVIRLLLLAA VLAAAAARSG S PEEKLEIA ...文字列: SGTVTFDITN IDWETAEWIM KHVYLIAKKE GTDVTFSFKE GELQITVKNL HEEAKREIEK WIRAAQLAQD PDAESKAEAR KILNELITE KAEELREKTK DEEVRELARE AARLALESDD IEVQRVVLKA LLAALKSKDE EVIRLLLLAA VLAAAAARSG S PEEKLEIA KKALELAMKS KDEEVIRLAL LAAVLAARSD DEEVLKKVKE ALEKMERIMD LEDVAREKSG SAEASQAVKE IA DIAEEAL REGLCEVARV ALKRLFKLAK DYPGSDVASL AKKALEKIAE TALRNGCKET AELAKLLLFL LLIIEVVLKM GVR MLTHRG GNAVIVVIEG LHPSQIVQLM QDVIKAAKKL GVTVTITVSG DIVVIMVVVG ASDEEQEEAR RLVQEIARAL QEAK RKGAN EEQLEQLLRE LLERAEREGG SG |
-分子 #2: Effector peptide cs221B
分子 | 名称: Effector peptide cs221B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 3.091635 KDa |
配列 | 文字列: EERKKELAKE VIETAKKLIE KLAKEE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 150 mM NaCl, 40 mM Tris, pH 8.0 | |||||||||
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 40 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 39.0 kPa | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3795 / 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |