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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42488 | ||||||||||||
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タイトル | Porcine epidemic diarrhea virus complete core polymerase complex | ||||||||||||
マップデータ | Single particle reconstruction of PEDV core polymerase complex | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Coronavirus / nsp12 / RNA polymerase / PEDV / REPLICATION / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell membrane / viral genome replication / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...host cell membrane / viral genome replication / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Anderson TK / Kirchdoerfer RN | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: An alphacoronavirus polymerase structure reveals conserved co-factor functions. 著者: Thomas K Anderson / Peter J Hoferle / Kenneth W Lee / Joshua J Coon / Robert N Kirchdoerfer / 要旨: Coronaviruses are a diverse subfamily of viruses containing pathogens of humans and animals. This subfamily of viruses replicates their RNA genomes using a core polymerase complex composed of viral ...Coronaviruses are a diverse subfamily of viruses containing pathogens of humans and animals. This subfamily of viruses replicates their RNA genomes using a core polymerase complex composed of viral non-structural proteins: nsp7, nsp8 and nsp12. Most of our understanding of coronavirus molecular biology comes from the betacoronaviruses like SARS-CoV and SARS-CoV-2, the latter of which is the causative agent of COVID-19. In contrast, members of the alphacoronavirus genus are relatively understudied despite their importance in human and animal health. Here we have used cryo-electron microscopy to determine the structure of the alphacoronavirus porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) core polymerase complex bound to RNA. Our structure shows an unexpected nsp8 stoichiometry in comparison to other published coronavirus polymerase structures. Biochemical analysis shows that the N-terminal extension of one nsp8 is not required for RNA synthesis for alpha and betacoronaviruses as previously hypothesized. Our work shows the importance of studying diverse coronaviruses to reveal aspects of coronavirus replication while also identifying areas of conservation to be targeted by antiviral drugs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42488.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42488-v30.xml emd-42488.xml | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42488_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42488.png | 41.2 KB | ||
マスクデータ | emd_42488_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-42488.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_42488_half_map_1.map.gz emd_42488_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42488 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42488 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42488_validation.pdf.gz | 935.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42488_full_validation.pdf.gz | 935.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42488_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42488_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42488 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42488 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8urbMC 8g6rC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42488.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single particle reconstruction of PEDV core polymerase complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_42488_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42488_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42488_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Core polymerase complex of the porcine epidemic diarrhea virus co...
全体 | 名称: Core polymerase complex of the porcine epidemic diarrhea virus composed of nsp12, nsp7, nsp8, and a short RNA substrate |
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要素 |
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-超分子 #1: Core polymerase complex of the porcine epidemic diarrhea virus co...
超分子 | 名称: Core polymerase complex of the porcine epidemic diarrhea virus composed of nsp12, nsp7, nsp8, and a short RNA substrate タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) |
分子量 | 理論値: 185 KDa |
-分子 #1: nsp12
分子 | 名称: nsp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) |
分子量 | 理論値: 108.994758 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: STDMAYLNRV RGSSAARLEP CNGTDTQHVY RAFDIYNKDV ACLGKFLKVN CVRLKNLDKH DAFYVVKRCT KSAMEHEQSI YSRLEKCGA VAEHDFFTWK DGRAIYGNVC RKDLTEYTMM DLCYALRNFD ENNCDVLKSI LIKVGACEES YFNNKVWFDP V ENEDIHRV ...文字列: STDMAYLNRV RGSSAARLEP CNGTDTQHVY RAFDIYNKDV ACLGKFLKVN CVRLKNLDKH DAFYVVKRCT KSAMEHEQSI YSRLEKCGA VAEHDFFTWK DGRAIYGNVC RKDLTEYTMM DLCYALRNFD ENNCDVLKSI LIKVGACEES YFNNKVWFDP V ENEDIHRV YALLGTIVSR AMLKCVKFCD AMVEQGIVGV VTLDNQDLNG DFYDFGDFTC SIKGMGIPIC TSYYSYMMPV MG MTNCLAS ECFVKSDIFG EDFKSYDLLE YDFTEHKTAL FNKYFKYWGL QYHPNCVDCS DEQCIVHCAN FNTLFSTTIP ITA FGPLCR KCWIDGVPLV TTAGYHFKQL GIVWNNDLNL HSSRLSINEL LQFCSDPALL IASSPALVDQ RTVCFSVAAL GTGM TNQTV KPGHFNKEFY DFLLEQGFFS EGSELTLKHF FFAQKGDAAV KDFDYYRYNR PTVLDICQAR VVYQIVQRYF DIYEG GCIT AKEVVVTNLN KSAGYPLNKF GKAGLYYESL SYEEQDELYA YTKRNILPTM TQLNLKYAIS GKERARTVGG VSLLST MTT RQYHQKHLKS IVNTRGASVV IGTTKFYGGW DNMLKNLIDG VENPCLMGWD YPKCDRALPN MIRMISAMIL GSKHTTC CS STDRFFRLCN ELAQVLTEVV YSNGGFYLKP GGTTSGDATT AYANSVFNIF QAVSANVNKL LSVDSNVCHN LEVKQLQR K LYECCYRSTT VDDQFVVEYY GYLRKHFSMM ILSDDGVVCY NNDYASLGYV ADLNAFKAVL YYQNNVFMSA SKCWIEPDI NKGPHEFCSQ HTMQIVDKDG TYYLPYPDPS RILSAGVFVD DVVKTDAVVL LERYVSLAID AYPLSKHENP EYKKVFYVLL DWVKHLYKT LNAGVLESFS VTLLEDSTAK FWDESFYANM YEKSAVLQEN LYFQGSWSHP QFEKGGSGSS WSHPQFEK UniProtKB: ORF1ab polyprotein |
-分子 #2: nsp8
分子 | 名称: nsp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.716838 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SVASTYVGLP SYVIYENARQ QYEDAVNNGS PPQLVKQLRH AMNVAKSEFD REASTQRKLD RMAEQAAAQM YKEARAVNRK SKVVSAMHS LLFGMLRRLD MSSVDTILNL AKDGVVPLSV IPAVSATKLN IVTSDIDSYN RIQREGCVHY AGTIWNIIDI K DNDGKVVH ...文字列: SVASTYVGLP SYVIYENARQ QYEDAVNNGS PPQLVKQLRH AMNVAKSEFD REASTQRKLD RMAEQAAAQM YKEARAVNRK SKVVSAMHS LLFGMLRRLD MSSVDTILNL AKDGVVPLSV IPAVSATKLN IVTSDIDSYN RIQREGCVHY AGTIWNIIDI K DNDGKVVH VKEVTAQNAE SLSWPLVLGC ERIVKLQ UniProtKB: ORF1ab polyprotein |
-分子 #3: nsp7
分子 | 名称: nsp7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) |
分子量 | 理論値: 9.230511 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SKLTDIKCSN VVLLGCLSSM NVSANSTEWA YCVDLHNKIN LCNDPEKAQE MLLALLAFFL SKNSAFGLDD LLESYFNDNS MLQ UniProtKB: ORF1ab polyprotein |
-分子 #4: RNA (33-MER)
分子 | 名称: RNA (33-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 10.468266 KDa |
配列 | 文字列: CAUUCUCCUA AGAAGCUAUU AAAAUCACAG AUU |
-分子 #5: RNA (55-MER)
分子 | 名称: RNA (55-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 17.740572 KDa |
配列 | 文字列: CAGUGUCAUG GAAAAACAGA AAAAUCUGUG AUUUUAAUAG CUUCUUAGGA GAAUG |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |