[日本語] English
万見
- EMDB-42155: Representative tomogram of PolyP + 15kb DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42155
タイトルRepresentative tomogram of PolyP + 15kb DNA
マップデータPolyP 15kb
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Polyphosphate
キーワードBacteria / Condensate / Inorganic polymer / Starvation / UNKNOWN FUNCTION
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Racki LR / Deniz AA / Park D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM130375 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2-GM-739-140918 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Reentrant DNA shells tune polyphosphate condensate size.
著者: Ravi Chawla / Jenna K A Tom / Tumara Boyd / Nicholas H Tu / Tanxi Bai / Danielle A Grotjahn / Donghyun Park / Ashok A Deniz / Lisa R Racki /
要旨: The inorganic biopolymer polyphosphate (polyP) occurs in all domains of life and affects myriad cellular processes. A longstanding observation is polyP's frequent proximity to chromatin, and, in many ...The inorganic biopolymer polyphosphate (polyP) occurs in all domains of life and affects myriad cellular processes. A longstanding observation is polyP's frequent proximity to chromatin, and, in many bacteria, its occurrence as magnesium (Mg)-enriched condensates embedded in the nucleoid region, particularly in response to stress. The physical basis of the interaction between polyP, DNA and Mg, and the resulting effects on the organization of the nucleoid and polyP condensates, remain poorly understood. Here, using a minimal system of polyP, Mg, and DNA, we find that DNA can form shells around polyP-Mg condensates. These shells show reentrant behavior, that is, they form within a window of Mg concentrations, representing a tunable architecture with potential relevance in other multicomponent condensates. This surface association tunes condensate size and DNA morphology in a manner dependent on DNA length and concentration, even at DNA concentrations orders of magnitude lower than found in the cell. Our work also highlights the remarkable capacity of two primordial inorganic species to organize DNA.
履歴
登録2023年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42155.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42155.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 182.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PolyP 15kb
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.3 Å/pix.
x 130 pix.
= 1729. Å		13.3 Å/pix.
x 720 pix.
= 9576. Å		13.3 Å/pix.
x 511 pix.
= 6796.3 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-26.306004000000001 - 10.919760999999999
平均 (標準偏差)-0.48509118 (±0.34646314)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720511130
Spacing511720130
セルA: 6796.3003 Å / B: 9576.0 Å / C: 1729.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Polyphosphate

全体名称: Polyphosphate
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Polyphosphate

-
超分子 #1: Polyphosphate

超分子名称: Polyphosphate / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 10 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 35

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る