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- EMDB-42149: S1V2-72 Fab bound to EHA2 from influenza B/Malaysia/2506/2004 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42149
タイトルS1V2-72 Fab bound to EHA2 from influenza B/Malaysia/2506/2004
マップデータCryoEM map of S1V2-72 Fab bound to EHA2 from influenza B/Malaysia/2506/2004
試料
  • 複合体: Complex of two S1V2-72 Fabs with postfusion HA2
    • タンパク質・ペプチド: S1V2-72 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: S1V2-72 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
キーワードimmunoglobulin / complex / hemagglutinin / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza B virus (B/Malaysia/2506/2004) (B型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.98 Å
データ登録者Finney J / Kong S / Walsh Jr RM / Harrison SC / Kelsoe G
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI155804 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Protective human antibodies against a conserved epitope in pre- and postfusion influenza hemagglutinin.
著者: Joel Finney / Annie Park Moseman / Susan Kong / Akiko Watanabe / Shengli Song / Richard M Walsh / Masayuki Kuraoka / Ryutaro Kotaki / E Ashley Moseman / Kevin R McCarthy / Dongmei Liao / ...著者: Joel Finney / Annie Park Moseman / Susan Kong / Akiko Watanabe / Shengli Song / Richard M Walsh / Masayuki Kuraoka / Ryutaro Kotaki / E Ashley Moseman / Kevin R McCarthy / Dongmei Liao / Xiaoe Liang / Xiaoyan Nie / Olivia Lavidor / Richard Abbott / Stephen C Harrison / Garnett Kelsoe /
要旨: Phylogenetically and antigenically distinct influenza A and B viruses (IAV and IBV) circulate in human populations, causing widespread morbidity. Antibodies (Abs) that bind epitopes conserved in both ...Phylogenetically and antigenically distinct influenza A and B viruses (IAV and IBV) circulate in human populations, causing widespread morbidity. Antibodies (Abs) that bind epitopes conserved in both IAV and IBV hemagglutinins (HAs) could protect against disease by diverse virus subtypes. Only one reported HA Ab, isolated from a combinatorial display library, protects against both IAV and IBV. Thus, there has been so far no information on the likelihood of finding naturally occurring human Abs that bind HAs of diverse IAV subtypes and IBV lineages. We have now recovered from several unrelated human donors five clonal Abs that bind a conserved epitope preferentially exposed in the postfusion conformation of IAV and IVB HA2. These Abs lack neutralizing activity in vitro but in mice provide strong, IgG subtype-dependent protection against lethal IAV and IBV infections. Strategies to elicit similar Abs routinely might contribute to more effective influenza vaccines.
履歴
登録2023年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42149.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of S1V2-72 Fab bound to EHA2 from influenza B/Malaysia/2506/2004
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.55 Å/pix.
x 256 pix.
= 396. Å		1.55 Å/pix.
x 256 pix.
= 396. Å		1.55 Å/pix.
x 256 pix.
= 396. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.54688 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.679
最小 - 最大-1.9866364 - 3.325243
平均 (標準偏差)-0.0010721007 (±0.07520967)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 396.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: cryoEM Half-map A

ファイルemd_42149_half_map_1.map
注釈cryoEM Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryoEM Half-map B

ファイルemd_42149_half_map_2.map
注釈cryoEM Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of two S1V2-72 Fabs with postfusion HA2

全体名称: Complex of two S1V2-72 Fabs with postfusion HA2
要素
  • 複合体: Complex of two S1V2-72 Fabs with postfusion HA2
    • タンパク質・ペプチド: S1V2-72 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: S1V2-72 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin

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超分子 #1: Complex of two S1V2-72 Fabs with postfusion HA2

超分子名称: Complex of two S1V2-72 Fabs with postfusion HA2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3, #1
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of S1V2-72 IgG
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B/Malaysia/2506/2004) (B型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B/Malaysia/2506/2004) (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 17.16916 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GYTSHGAHGV AVAADLKSTQ EAINKITKNL NSLSELEVKN LQRLSGAMDE IHNEILELDE KVDDLRADTI SSQIELAVLL SNEGIINSE DEHLLALERK LKKMLGPSAV DIGNGCFETK HKCNQTCLDR IAAGTFNAGE FSLPTFDSLN ITAASLNDDG

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: S1V2-72 heavy chain

分子名称: S1V2-72 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.135121 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE LKKPGASVKV SCKASGYTFT GNYIHWMRQV PGQGLEWMGW INPRTGDTHH AQKFQGRVDM TRDTSINTAY LELTRLESD DTALYYCARC VFATSQFDPW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
QVQLVQSGAE LKKPGASVKV SCKASGYTFT GNYIHWMRQV PGQGLEWMGW INPRTGDTHH AQKFQGRVDM TRDTSINTAY LELTRLESD DTALYYCARC VFATSQFDPW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKRVE PKSCDK

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分子 #3: S1V2-72 light chain

分子名称: S1V2-72 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.755045 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTNSDIG SHNLVSWYQQ HPGKAPKVMI YDDSKRPSGV SNRFSGSKSG STASLTISGL QSEDEADYY CCSYAGSSNW VFGGGTKLTL LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTNSDIG SHNLVSWYQQ HPGKAPKVMI YDDSKRPSGV SNRFSGSKSG STASLTISGL QSEDEADYY CCSYAGSSNW VFGGGTKLTL LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 76.12 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 59527
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8udg:
S1V2-72 Fab bound to EHA2 from influenza B/Malaysia/2506/2004

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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