[日本語] English
万見- EMDB-42114: Cryo-EM structure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament -
+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42114 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament | |||||||||
マップデータ | structure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | cyclodipeptide oxidase / cyclic dipeptide oxidase / nitroreductase-like / enzyme filament / flavoenzyme / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 albonoursin synthase / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, oxygen as acceptor / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Andreas MP / Giessen TW | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Cyclodipeptide oxidase is an enzyme filament. 著者: Michael P Andreas / Tobias W Giessen / 要旨: Modified cyclic dipeptides represent a widespread class of secondary metabolites with diverse pharmacological activities, including antibacterial, antifungal, and antitumor. Here, we report the ...Modified cyclic dipeptides represent a widespread class of secondary metabolites with diverse pharmacological activities, including antibacterial, antifungal, and antitumor. Here, we report the structural characterization of the Streptomyces noursei enzyme AlbAB, a cyclodipeptide oxidase (CDO) carrying out α,β-dehydrogenations during the biosynthesis of the antibiotic albonoursin. We show that AlbAB is a megadalton heterooligomeric enzyme filament containing covalently bound flavin mononucleotide cofactors. We highlight that AlbAB filaments consist of alternating dimers of AlbA and AlbB and that enzyme activity is crucially dependent on filament formation. We show that AlbA-AlbB interactions are highly conserved suggesting that other CDO-like enzymes are likely enzyme filaments. As CDOs have been employed in the structural diversification of cyclic dipeptides, our results will be useful for future applications of CDOs in biocatalysis and chemoenzymatic synthesis. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42114.map.gz | 167.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-42114-v30.xml emd-42114.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42114_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42114.png | 73.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42114.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_42114_half_map_1.map.gz emd_42114_half_map_2.map.gz | 165.2 MB 165.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42114 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42114 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42114_validation.pdf.gz | 984.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_42114_full_validation.pdf.gz | 984 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42114_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42114_validation.cif.gz | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42114 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42114 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8uc3MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42114.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | structure of the AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8487 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_42114_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_42114_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament
全体 | 名称: AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament
超分子 | 名称: AlbAB cyclodipeptide oxidase enzyme filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア) |
-分子 #1: Albonoursin synthase
分子 | 名称: Albonoursin synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 21.071307 KDa |
組換発現 | 生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) |
配列 | 文字列: MLAHSSSESP PESLPDAWTV LKTRTAVRNY AKEPVDDALI EQLLEAMLAA PTASNRQAWS FMVVRRPAAV RRLRAFSPGV LGTPAFFVV ACVDRSLTDN LSPKLSQKIY DTSKLCVAMA VENLLLAAHA AGLGGCPVGS FRSDIVTSML GIPEHIEPML V VPIGRPAT ...文字列: MLAHSSSESP PESLPDAWTV LKTRTAVRNY AKEPVDDALI EQLLEAMLAA PTASNRQAWS FMVVRRPAAV RRLRAFSPGV LGTPAFFVV ACVDRSLTDN LSPKLSQKIY DTSKLCVAMA VENLLLAAHA AGLGGCPVGS FRSDIVTSML GIPEHIEPML V VPIGRPAT ALVPSQRRAK NEVVNYESWG NRAAAPTA UniProtKB: Albonoursin synthase |
-分子 #2: Protein AlbB
分子 | 名称: Protein AlbB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Streptomyces noursei ATCC 11455 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 11.583143 KDa |
組換発現 | 生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) |
配列 | 文字列: MNPGETVLPP QLREEIALLA VYLLSSGRGL LEEPADYGIY RCTDGARRAL QLLDEHGGST ARLTAVRERL DEVMFAPMGE DRDMGAILD DLCRQMADAL PEIETP UniProtKB: Protein AlbB |
-分子 #3: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子 | 名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: FMN |
---|---|
分子量 | 理論値: 456.344 Da |
Chemical component information | ChemComp-FMN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.75 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 20 mM NaCl, 150 mM Tris pH 7.5 | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: Grid was glow discharged for 60 seconds at 5 mA under vacuum | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Grid was plunge frozen into liquid ethane using the following parameters: blot force- 5, blot time 2 seconds. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3015 / 平均露光時間: 2.03063 sec. / 平均電子線量: 50.12 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
---|---|
詳細 | A model of AlbAB was created using AlphaFold2 using MMseqs2 via ColabFold. The model was then fit into the cryoEM density using ChimeraX. The model was then iteratively refined using Coot v 0.9.8.1 and real-space refinement in Phenix v 1.20.1-4487. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 107.4 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-8uc3: |