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万見
- EMDB-42066: Cryo-EM density map of a double-ring of human RAD52 in the presen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42066
タイトルCryo-EM density map of a double-ring of human RAD52 in the presence of fork DNA
マップデータunshrapenned map from cryoSPARC's homogeneous refinement job
試料
  • 複合体: Cryo-EM density of full length human RAD52 DNA repair protein on a fork DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD52 double ring on a fork DNA
キーワードDNA repiar protein / Recombination
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.32 Å
データ登録者Razzaghi M / Schnicker NJ / Spies M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA232425-05 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131704-05 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A double-ring of human RAD52 remodels replication forks restricting fork reversal
著者: Honda M / Razzaghi M
履歴
登録2023年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42066.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42066.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unshrapenned map from cryoSPARC's homogeneous refinement job
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 320 pix.
= 306.88 Å		0.96 Å/pix.
x 320 pix.
= 306.88 Å		0.96 Å/pix.
x 320 pix.
= 306.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.959 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.08267888 - 0.20334184
平均 (標準偏差)0.0023378837 (±0.0131631065)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 306.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: The half map A downloaded from cryoSPARC's homogeneous refinement job...

ファイルemd_42066_half_map_1.map
注釈The half_map_A downloaded from cryoSPARC's homogeneous refinement job and is noisy. The guassian filtering applied using chimerax command as: vop gaussian #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The half map B downloaded from cryoSPARC's homogeneous refinement job...

ファイルemd_42066_half_map_2.map
注釈The half_map_B downloaded from cryoSPARC's homogeneous refinement job and is noisy. The guassian filtering applied using chimerax command as: vop gaussian #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM density of full length human RAD52 DNA repair protein on ...

全体名称: Cryo-EM density of full length human RAD52 DNA repair protein on a fork DNA
要素
  • 複合体: Cryo-EM density of full length human RAD52 DNA repair protein on a fork DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD52 double ring on a fork DNA

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超分子 #1: Cryo-EM density of full length human RAD52 DNA repair protein on ...

超分子名称: Cryo-EM density of full length human RAD52 DNA repair protein on a fork DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: RAD52 makes a double ring structure in the presence of fork DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA repair protein RAD52 double ring on a fork DNA

分子名称: DNA repair protein RAD52 double ring on a fork DNA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Cryo-EM density map of full length human RAD52 double ring on a fork DNA
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MSGTEEAILG GRDSHPAAGG GSVLCFGQCQ YTAEEYQAIQ KALRQRLGPE YISSRMAGGG QKVCYIEGHR VINLANEMFG YNGWAHSITQ QNVDFVDLNN GKFYVGVCAF VRVQLKDGSY HEDVGYGVSE GLKSKALSLE KARKEAVTDG ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MSGTEEAILG GRDSHPAAGG GSVLCFGQCQ YTAEEYQAIQ KALRQRLGPE YISSRMAGGG QKVCYIEGHR VINLANEMFG YNGWAHSITQ QNVDFVDLNN GKFYVGVCAF VRVQLKDGSY HEDVGYGVSE GLKSKALSLE KARKEAVTDG LKRALRSFGN ALGNCILDKD YLRSLNKLPR QLPLEVDLTK AKRQDLEPSV EEARYNSCRP NMALGHPQLQ QVTSPSRPSH AVIPADQDCS SRSLSSSAVE SEATHQRKLR QKQLQQQFRE RMEKQQVRVS TPSAEKSEAA PPAPPVTHST PVTVSEPLLE KDFLAGVTQE LIKTLEDNSE KWAVTPDAGD GVVKPSSRAD PAQTSDTLAL NNQMVTQNRT PHSVCHQKPQ AKSGSWDLQT YSADQRTTGN WESHRKSQDM KKRKYDPS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.26 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
30.0 mMTris
75.0 mMKCl
5.0 mMMgCl2
1.0 mMDTT

詳細: 30 mM TrisHCl pH 7.5, 75 mM KCl, 5 mM MgCl2, 1 mM DTT
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: -15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細sample was made from frozen protein and prepared fork DNA

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6093 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: The images recorded from 2 grids.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1755381
詳細: 2D classes containing double-rings used as a template for Template-based extraction of particles from 2 grids
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 80665
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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