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- EMDB-41911: Mechanically activated ion channel OSCA3.1 in nanodiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41911
タイトルMechanically activated ion channel OSCA3.1 in nanodiscs
マップデータMap postprocessed with LocalDeblur
試料
  • 複合体: OSCA3.1 dimer in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein ERD4
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: [(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propyl] octadecanoate
  • リガンド: PALMITIC ACID
キーワードMechanically activated ion channel / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmodesma / plant-type vacuole / calcium-activated cation channel activity / chloroplast envelope / mRNA binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
CSC1-like protein ERD4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jojoa-Cruz S / Lee WH / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL143297 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structure-guided mutagenesis of OSCAs reveals differential activation to mechanical stimuli.
著者: Sebastian Jojoa-Cruz / Adrienne E Dubin / Wen-Hsin Lee / Andrew B Ward /
要旨: The dimeric two-pore OSCA/TMEM63 family has recently been identified as mechanically activated ion channels. Previously, based on the unique features of the structure of OSCA1.2, we postulated the ...The dimeric two-pore OSCA/TMEM63 family has recently been identified as mechanically activated ion channels. Previously, based on the unique features of the structure of OSCA1.2, we postulated the potential involvement of several structural elements in sensing membrane tension (Jojoa-Cruz et al., 2018). Interestingly, while OSCA1, 2, and 3 clades are activated by membrane stretch in cell-attached patches (i.e. they are stretch-activated channels), they differ in their ability to transduce membrane deformation induced by a blunt probe (poking). Here, in an effort to understand the domains contributing to mechanical signal transduction, we used cryo-electron microscopy to solve the structure of (At) OSCA3.1, which, unlike AtOSCA1.2, only produced stretch- but not poke-activated currents in our initial characterization (Murthy et al., 2018). Mutagenesis and electrophysiological assessment of conserved and divergent putative mechanosensitive features of OSCA1.2 reveal a selective disruption of the macroscopic currents elicited by poking without considerable effects on stretch-activated currents (SAC). Our results support the involvement of the amphipathic helix and lipid-interacting residues in the membrane fenestration in the response to poking. Our findings position these two structural elements as potential sources of functional diversity within the family.
履歴
登録2023年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41911.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map postprocessed with LocalDeblur
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.0036643825 - 0.1660746
平均 (標準偏差)-0.000013690941 (±0.0040864553)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 206.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map postprocessed with DeepEMhance

ファイルemd_41911_additional_1.map
注釈Map postprocessed with DeepEMhance
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_41911_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_41911_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OSCA3.1 dimer in nanodisc

全体名称: OSCA3.1 dimer in nanodisc
要素
  • 複合体: OSCA3.1 dimer in nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein ERD4
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: [(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propyl] octadecanoate
  • リガンド: PALMITIC ACID

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超分子 #1: OSCA3.1 dimer in nanodisc

超分子名称: OSCA3.1 dimer in nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 164 KDa

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分子 #1: CSC1-like protein ERD4

分子名称: CSC1-like protein ERD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The last 10 residues (GTGTLEVLFQ) are leftover of a linker and protease site.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 81.878898 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEFGSFLVSL GTSFVIFVIL MLLFTWLSRK SGNAPIYYPN RILKGLEPWE GTSLTRNPFA WMREALTSSE QDVVNLSGVD TAVHFVFLS TVLGIFACSS LLLLPTLLPL AATDNNIKNT KNATDTTSKG TFSQLDNLSM ANITKKSSRL WAFLGAVYWI S LVTYFFLW ...文字列:
MEFGSFLVSL GTSFVIFVIL MLLFTWLSRK SGNAPIYYPN RILKGLEPWE GTSLTRNPFA WMREALTSSE QDVVNLSGVD TAVHFVFLS TVLGIFACSS LLLLPTLLPL AATDNNIKNT KNATDTTSKG TFSQLDNLSM ANITKKSSRL WAFLGAVYWI S LVTYFFLW KAYKHVSSLR AQALMSADVK PEQFAILVRD MPAPPDGQTQ KEFIDSYFRE IYPETFYRSL VATEN(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)K KKLARAEAIL AATNNRPTN KTGFCGLVGK QVD(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)AE KQQTAAVVFF TTRVAAASAA QSL HCQMVD KWTVTEAPEP RQLLWQNLNI KLFSRIIRQY FIYFFVAVTI LFYMIPIAFV SAITTLKNLQ RIIPFIKPVV EITA IRTVL ESFLPQIALI VFLAMLPKLL LFLSKAEGIP SQSHAIRAAS GKYFYFSVFN VFIGVTLAGT LFNTVKDIAK NPKLD MIIN LLATSLPKSA TFFLTYVALK FFIGYGLELS RIIPLIIFHL KKKYLCKTEA EVKEAWYPGD LSYATRVPGD MLILTI TFC YSVIAPLILI FGITYFGLGW LVLRNQALKV YVPSYESYGR MWPHIHQRIL AALFLFQVVM FGYLGAKTFF YTALVIP LI ITSLIFGYVC RQKFYGGFEH TALEVACREL KQSPDLEEIF RAYIPHSLSS HKPEEHEFKG AMSRYQDFNA IAGVGTGT L EVLFQ

UniProtKB: CSC1-like protein ERD4

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分子 #2: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CPL
分子量理論値: 758.06 Da
Chemical component information

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #3: [(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propyl...

分子名称: [(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propyl] octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: 82T
分子量理論値: 481.603 Da
Chemical component information

ChemComp-82T:
[(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propyl] octadecanoate / ステアロイルリソホスファチジルエタノ-ルアミン

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分子 #4: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 20 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl
25.0 mMTris HCl
1.0 mMDTT
グリッド材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-38 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8375 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Only micrographs with a CTF estimate of 2.6A or better were used for processing
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1913316
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 197944
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6mgv


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: SwissModel / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8u53:
Mechanically activated ion channel OSCA3.1 in nanodiscs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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