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万見
- EMDB-41805: Cryo-EM structure of murine Thrombopoietin receptor ectodomain in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41805
タイトルCryo-EM structure of murine Thrombopoietin receptor ectodomain in complex with Tpo
マップデータRefinement map from 3Dflex after non-uniform refinement. Sharpened with deepEMhancer
試料
  • 複合体: 2:1 complex of the mouse thrombopoietin receptor ectodomain and mouse thrombopoietin
    • 複合体: mouse thrombopoietin receptor ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Thrombopoietin receptor,GCN4 isoform 1
    • 複合体: mouse thrombopoietin
      • タンパク質・ペプチド: Thrombopoietin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
キーワードReceptor / cytokine / signalling / haematopoiesis / CYTOKINE-RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thrombopoietin receptor activity / basophil homeostasis / regulation of chemokine production / monocyte homeostasis / thrombopoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / regulation of stem cell division / positive regulation of lymphocyte proliferation / megakaryocyte differentiation ...thrombopoietin receptor activity / basophil homeostasis / regulation of chemokine production / monocyte homeostasis / thrombopoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / regulation of stem cell division / positive regulation of lymphocyte proliferation / megakaryocyte differentiation / positive regulation of megakaryocyte differentiation / positive regulation of platelet formation / eosinophil homeostasis / regulation of stem cell proliferation / myeloid cell differentiation / neutrophil homeostasis / definitive hemopoiesis / platelet formation / megakaryocyte development / homeostasis of number of cells / immunoglobulin mediated immune response / cytokine activity / hormone activity / nuclear membrane / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein phosphorylation / DNA-binding transcription factor activity / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoeitin, conserved site / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin / thrombopoeitin signature. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Basic region leucine zipper ...Thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoeitin, conserved site / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin / thrombopoeitin signature. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
GCN4 isoform 1 / Thrombopoietin / Thrombopoietin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Sarson-Lawrence KS / Hardy JM / Leis A / Babon JJ / Kershaw NJ
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008096 オーストラリア
The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of the extracellular domain of murine Thrombopoietin Receptor in complex with Thrombopoietin.
著者: Kaiseal T G Sarson-Lawrence / Joshua M Hardy / Josephine Iaria / Dina Stockwell / Kira Behrens / Tamanna Saiyed / Cyrus Tan / Leila Jebeli / Nichollas E Scott / Toby A Dite / Nicos A Nicola / ...著者: Kaiseal T G Sarson-Lawrence / Joshua M Hardy / Josephine Iaria / Dina Stockwell / Kira Behrens / Tamanna Saiyed / Cyrus Tan / Leila Jebeli / Nichollas E Scott / Toby A Dite / Nicos A Nicola / Andrew P Leis / Jeffrey J Babon / Nadia J Kershaw /
要旨: Thrombopoietin (Tpo) is the primary regulator of megakaryocyte and platelet numbers and is required for haematopoetic stem cell maintenance. Tpo functions by binding its receptor (TpoR, a homodimeric ...Thrombopoietin (Tpo) is the primary regulator of megakaryocyte and platelet numbers and is required for haematopoetic stem cell maintenance. Tpo functions by binding its receptor (TpoR, a homodimeric Class I cytokine receptor) and initiating cell proliferation or differentiation. Here we characterise the murine Tpo:TpoR signalling complex biochemically and structurally, using cryo-electron microscopy. Tpo uses opposing surfaces to recruit two copies of receptor, forming a 1:2 complex. Although it binds to the same, membrane-distal site on both receptor chains, it does so with significantly different affinities and its highly glycosylated C-terminal domain is not required. In one receptor chain, a large insertion, unique to TpoR, forms a partially structured loop that contacts cytokine. Tpo binding induces the juxtaposition of the two receptor chains adjacent to the cell membrane. The therapeutic agent romiplostim also targets the cytokine-binding site and the characterisation presented here supports the future development of improved TpoR agonists.
履歴
登録2023年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41805.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41805.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refinement map from 3Dflex after non-uniform refinement. Sharpened with deepEMhancer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02626 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.46230578 - 2.362889
平均 (標準偏差)0.006190967 (±0.06089593)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 205.25119 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 3DFlex Refinement Map

ファイルemd_41805_additional_1.map
注釈3DFlex Refinement Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 3DFlex Half Map B

ファイルemd_41805_half_map_1.map
注釈3DFlex Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 3DFlex Half Map A

ファイルemd_41805_half_map_2.map
注釈3DFlex Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 2:1 complex of the mouse thrombopoietin receptor ectodomain and m...

全体名称: 2:1 complex of the mouse thrombopoietin receptor ectodomain and mouse thrombopoietin
要素
  • 複合体: 2:1 complex of the mouse thrombopoietin receptor ectodomain and mouse thrombopoietin
    • 複合体: mouse thrombopoietin receptor ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Thrombopoietin receptor,GCN4 isoform 1
    • 複合体: mouse thrombopoietin
      • タンパク質・ペプチド: Thrombopoietin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose

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超分子 #1: 2:1 complex of the mouse thrombopoietin receptor ectodomain and m...

超分子名称: 2:1 complex of the mouse thrombopoietin receptor ectodomain and mouse thrombopoietin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: mTpoR was expressed as a fusion of residues 1-482 of mTPOR, followed by a GCN4 leucine zipper from Saccharomyces cerevisiae, a TEV protease site, the Fc domain of hlgG1, and a C-terminal FLAG ...詳細: mTpoR was expressed as a fusion of residues 1-482 of mTPOR, followed by a GCN4 leucine zipper from Saccharomyces cerevisiae, a TEV protease site, the Fc domain of hlgG1, and a C-terminal FLAG tag. The mTpoR signal peptide (1-25) was cleaved during expression and the Fc tag was cleaved by TEV before complexation. mTPO was expressed as a fusion of the mIL3 secretion signal (cleaved during expression), an N-terminal FLAG-tag followed by residues 22 to 184 of mTPO.
分子量理論値: 131.698 KDa

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超分子 #2: mouse thrombopoietin receptor ectodomain

超分子名称: mouse thrombopoietin receptor ectodomain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: mouse thrombopoietin

超分子名称: mouse thrombopoietin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Thrombopoietin receptor,GCN4 isoform 1

分子名称: Thrombopoietin receptor,GCN4 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 56.559676 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QDVFLLALGT EPLNCFSQTF EDLTCFWDEE EAAPSGTYQL LYAYRGEKPR ACPLYSQSVP TFGTRYVCQF PAQDEVRLFF PLHLWVKNV SLNQTLIQRV LFVDSVGLPA PPRVIKARGG SQPGELQIHW EAPAPEISDF LRHELRYGPT DSSNATAPSV I QLLSTETC ...文字列:
QDVFLLALGT EPLNCFSQTF EDLTCFWDEE EAAPSGTYQL LYAYRGEKPR ACPLYSQSVP TFGTRYVCQF PAQDEVRLFF PLHLWVKNV SLNQTLIQRV LFVDSVGLPA PPRVIKARGG SQPGELQIHW EAPAPEISDF LRHELRYGPT DSSNATAPSV I QLLSTETC CPTLWMPNPV PVLDQPPCVH PTASQPHGPA PFLTVKGGSC LVSGLQAGKS YWLQLRSQPD GVSLRGSWGP WS FPVTVDL PGDAVTIGLQ CFTLDLKMVT CQWQQQDRTS SQGFFRHSRT RCCPTDRDPT WEKCEEEEPR PGSQPALVSR CHF KSRNDS VIHILVEVTT AQGAVHSYLG SPFWIHQAVL LPTPSLHWRE VSSGRLELEW QHQSSWAAQE TCYQLRYTGE GRED WKVLE PSLGARGGTL ELRPRARYSL QLRARLNGPT YQGPWSAWSP PARVSTGSET AWRMKQLEDK VEELLSKNYH LENEV ARLK KLVGERTGTG GAPENLYFQ

UniProtKB: Thrombopoietin receptor, GCN4 isoform 1

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分子 #2: Thrombopoietin

分子名称: Thrombopoietin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 19.611674 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ASISARQDYK DDDDKTRQSP VAPACDPRLL NKLLRDSHLL HSRLSQCPDV DPLSIPVLLP AVDFSLGEWK TQTEQSKAQD ILGAVSLLL EGVMAARGQL EPSCLSSLLG QLSGQVRLLL GALQGLLGTQ LPLQGRTTAH KDPNALFLSL QQLLRGKVRF L LLVEGPTL CVRRTLPTTA VPS

UniProtKB: Thrombopoietin

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.55 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium chloride
50.0 mMTris-HCLtris(hydroxymethyl)aminomethane - hydrochloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot time of 4 s, blot force of 6 and no wait time or drain time..
詳細TpoR1-479-LeuZ and TPON were combined with a molar ratio of 1:1.5 and applied to superdex 200 10/300 increased column equilibrated in TBS pH7.5. The resultant peaks were analysed by SDS-PAGE and SEC-MALS, and those corresponding to the complex were pooled and concentrated to 0.55 mg/ml. CTAB (Hexadecyl-trimethylammonium bromide) was added right before plunge freezing to a concentration of 0.005% (w/v).

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6130 / 平均露光時間: 2.38 sec. / 平均電子線量: 50.57 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Movies were aligned using patch motion correction and defocus values were estimated using patch CTF estimation. Images with significant astigmatism, ice contamination, or drift were removed resulting in 5,297 micrographs.
粒子像選択選択した数: 2353523
詳細: Templates for picking were generated using a gaussian based picking approach, followed by 2D classification and selection of high-quality 2D classes for template picking.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model / 詳細: Ab initio model was generated in CryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 73 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
詳細: Final map was generated using Non-uniform refinement followed by 3DFlex refinement in cryoSPARC. Map was sharpened by deepEMhancer.
使用した粒子像数: 745000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 100 / 平均メンバー数/クラス: 9146 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細: Multimer complex of the complete assembly was produced using AlphaFold2 on Google CoLab
詳細ChimeraX was used to perform rigid-body fitting of domains and modelling was performed using Coot and ISOLDE. Refinement was carried out in PHENIX.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8u18:
Cryo-EM structure of murine Thrombopoietin receptor ectodomain in complex with Tpo

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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