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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41711 | |||||||||
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タイトル | Disulfide-stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with PQBP1 Nt | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | capsid / innate immune sensor / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Piacentini J / Pornillos O / Ganser-Pornillos BK | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Molecular Determinants of PQBP1 Binding to the HIV-1 Capsid Lattice. 著者: Juliana Piacentini / Dale S Allen / Barbie K Ganser-Pornillos / Sumit K Chanda / Sunnie M Yoh / Owen Pornillos / 要旨: Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) stimulates innate immune responses upon infection, including cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) signaling that results in type I interferon production. HIV-1- ...Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) stimulates innate immune responses upon infection, including cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) signaling that results in type I interferon production. HIV-1-induced activation of cGAS requires the host cell factor polyglutamine binding protein 1 (PQBP1), an intrinsically disordered protein that bridges capsid recognition and cGAS recruitment. However, the molecular details of PQBP1 interactions with the HIV-1 capsid and their functional implications remain poorly understood. Here, we show that PQBP1 binds to HIV-1 capsids through charge complementing contacts between acidic residues in the N-terminal region of PQBP1 and an arginine ring in the central channel of the HIV-1 CA hexamer that makes up the viral capsid. These studies reveal the molecular details of PQBP1's primary interaction with the HIV-1 capsid and suggest that additional elements are likely to contribute to stable capsid binding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41711.map.gz | 40.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41711-v30.xml emd-41711.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41711_fsc.xml | 7.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41711.png | 163.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41711.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_41711_half_map_1.map.gz emd_41711_half_map_2.map.gz | 39.8 MB 39.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41711 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41711 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41711_validation.pdf.gz | 982 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41711_full_validation.pdf.gz | 981.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41711_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41711_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41711 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41711 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ty6MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41711.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41711_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41711_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 CA hexamer bound to PQBP1 Nt peptide
全体 | 名称: HIV-1 CA hexamer bound to PQBP1 Nt peptide |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 CA hexamer bound to PQBP1 Nt peptide
超分子 | 名称: HIV-1 CA hexamer bound to PQBP1 Nt peptide / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: Capsid protein p24
分子 | 名称: Capsid protein p24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.461271 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: PIVQNLQGQM VHQCISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSCGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSPTS ILDIRQGPKE P FRDYVDRF ...文字列: PIVQNLQGQM VHQCISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSCGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSPTS ILDIRQGPKE P FRDYVDRF YKTLRAEQAS QEVKNAATET LLVQNANPDC KTILKALGPG ATLEEMMTAC QGVGGPGHKA RVL UniProtKB: Gag polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |