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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Hemagglutinin-neuraminidase from Human parainfluenza virus type 3: complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs | |||||||||
![]() | DeepEMhancer output map | |||||||||
![]() |
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![]() | Immune system / viral neutralization / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å | |||||||||
![]() | Otrelo-Cardoso AR / Jardetzky TS | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Functional and structural characteristics of human monoclonal antibodies that potently neutralize human parainfluenza virus type 3 著者: Suryadevara N / Otrelo-Cardoso AR / Kose N / Hu YX / Binshtein E / Wolters R / Drew-Bear J / Handal LS / Carnahan RH / Moscona A / Jardetzky TS / Crowe Jr JE | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 51.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 594.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 903.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 903.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tqiMC ![]() 8tqkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | DeepEMhancer output map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41505_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41505_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : HPIV3 HN in complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs
全体 | 名称: HPIV3 HN in complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs |
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要素 |
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-超分子 #1: HPIV3 HN in complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs
超分子 | 名称: HPIV3 HN in complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: Hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein
超分子 | 名称: Hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Recombinant rPIV3-28 Fab
超分子 | 名称: Recombinant rPIV3-28 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #4: Recombinant rPIV3-23 Fab
超分子 | 名称: Recombinant rPIV3-23 Fab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Hemagglutinin-neuraminidase
分子 | 名称: Hemagglutinin-neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 50.774414 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EVPPQRITHD VGIKPLNPDD FWRCTSGLPS LMKTPKIRLM PGPGLLAMPT TVDGCVRTPS LVINDLIYAY TSNLITRGCQ DIGKSYQVL QIGIITVNSD LVPDLNPRIS HTFNINDNRK SCSLALLNTD VYQLCSTPKV DERSDYASSG IEDIVLDIVN H DGSISTTR ...文字列: EVPPQRITHD VGIKPLNPDD FWRCTSGLPS LMKTPKIRLM PGPGLLAMPT TVDGCVRTPS LVINDLIYAY TSNLITRGCQ DIGKSYQVL QIGIITVNSD LVPDLNPRIS HTFNINDNRK SCSLALLNTD VYQLCSTPKV DERSDYASSG IEDIVLDIVN H DGSISTTR FKNNNISFDQ PYAALYPSVG PGIYYKGKII FLGYGGLEHP INENAICNTT GCPGKTQRDC NQASHSPWFS DR RMVNSII VVDKGLNSIP KLKVWTISMR QNYWGSEGRL LLLGNKIYIY TRSTSWHSKL QLGIIDITDY SDIRIKWTWH NVL SRPGNN ECPWGHSCPD GCITGVYTDA YPLNPTGSIV SSVILDSQKS RVNPVITYST STERVNELAI RNKTLSAGYT TTSC ITHYN KGYCFHIVEI NHKSLDTFQP MLFKTEIPKS CSGSENLYFQ GGSHHHHHH UniProtKB: Hemagglutinin-neuraminidase |
-分子 #2: Heavy chain Fab rPIV3-28
分子 | 名称: Heavy chain Fab rPIV3-28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.344152 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EVKLLESGGG LIQPGDSLRL SCAASGFTFS TFAMSWVRQA PGKGLEWVSV ITSTGSSADY ADSVKGRFTM SRDNSKNTVY LQMDSLRAD DTAVYFCAKQ GATILSSFES WGQGSLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列: EVKLLESGGG LIQPGDSLRL SCAASGFTFS TFAMSWVRQA PGKGLEWVSV ITSTGSSADY ADSVKGRFTM SRDNSKNTVY LQMDSLRAD DTAVYFCAKQ GATILSSFES WGQGSLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSC |
-分子 #3: Light chain Fab rPIV3-28
分子 | 名称: Light chain Fab rPIV3-28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.592119 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASIGDRVT ITCQASQDID KYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNFETGVPS RFSGSGSGTY FTFTISSLQA EDIATYYCQ QYDDLPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIQMTQSPSS LSASIGDRVT ITCQASQDID KYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNFETGVPS RFSGSGSGTY FTFTISSLQA EDIATYYCQ QYDDLPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLRSPVTKS FNRGEC |
-分子 #4: Heavy chain Fab rPIV3-23
分子 | 名称: Heavy chain Fab rPIV3-23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.95298 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVRPSQTLSL TCSVSGASIT DDLNRWSWIR QHPGKGLECV GYISYSGTTY YNPSLQGRLS ISLDTSRNQV SLKLTSVTA ADTAVYFCAR APIIMSSPSW GLYDQDYVPM DVWGQGTTVF VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列: QVQLQESGPG LVRPSQTLSL TCSVSGASIT DDLNRWSWIR QHPGKGLECV GYISYSGTTY YNPSLQGRLS ISLDTSRNQV SLKLTSVTA ADTAVYFCAR APIIMSSPSW GLYDQDYVPM DVWGQGTTVF VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSC |
-分子 #5: Light chain Fab rPIV3-23
分子 | 名称: Light chain Fab rPIV3-23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.309943 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DIVMTQSPAT LSVSPGERVT LSCRASQSVG SDLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGVPA KFSGSGSGTE FTLTISGLQS EDFALYYCH QYNNWWTFGL GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列: DIVMTQSPAT LSVSPGERVT LSCRASQSVG SDLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGVPA KFSGSGSGTE FTLTISGLQS EDFALYYCH QYNNWWTFGL GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLRSPVTKSF NRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |