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- EMDB-41449: Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41449
タイトルRpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Rpd3S bound to H3K36Cme3 nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
キーワードnucleosome (ヌクレオソーム) / methylation (メチル化) / acetylation (アセチル化) / Rpd3S / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / protein localization to nucleolar rDNA repeats / Rpd3L complex / Rpd3S complex / Rpd3L-Expanded complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation ...nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / protein localization to nucleolar rDNA repeats / Rpd3L complex / Rpd3S complex / Rpd3L-Expanded complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / rDNA chromatin condensation / regulation of RNA stability / nucleophagy / HDACs deacetylate histones / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / NuRD complex / ヒストン脱アセチル化酵素 / SUMOylation of chromatin organization proteins / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / histone deacetylase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of macroautophagy / histone deacetylase complex / histone acetyltransferase complex / nuclear periphery / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via nonhomologous end joining / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / ヌクレオソーム / nucleosome assembly / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / 細胞周期 / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / DNA修復 / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. ...Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / ヒストン脱アセチル化酵素 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Histone H3 signature 1. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
ヒストンH3 / ヒストンH4 / Histone H2B 1.1 / Transcriptional regulatory protein SIN3 / Histone deacetylase RPD3 / Transcriptional regulatory protein RCO1 / Chromatin modification-related protein EAF3 / ヒストンH2A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Markert JW / Vos SM / Farnung L
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2-GM146254 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2-ES036404 米国
Richard and Susan Smith Family Foundation 米国
Rita Allen Foundation 米国
Damon Runyon Cancer Research Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of the complete Saccharomyces cerevisiae Rpd3S-nucleosome complex.
著者: Jonathan W Markert / Seychelle M Vos / Lucas Farnung /
要旨: Acetylation of histones is a key post-translational modification that guides gene expression regulation. In yeast, the class I histone deacetylase containing Rpd3S complex plays a critical role in ...Acetylation of histones is a key post-translational modification that guides gene expression regulation. In yeast, the class I histone deacetylase containing Rpd3S complex plays a critical role in the suppression of spurious transcription by removing histone acetylation from actively transcribed genes. The S. cerevisiae Rpd3S complex has five subunits (Rpd3, Sin3, Rco1, Eaf3, and Ume1) but its subunit stoichiometry and how the complex engages nucleosomes to achieve substrate specificity remains elusive. Here we report the cryo-EM structure of the complete Rpd3S complex bound to a nucleosome. Sin3 and two copies of subunits Rco1 and Eaf3 encircle the deacetylase subunit Rpd3 and coordinate the positioning of Ume1. The Rpd3S complex binds both trimethylated H3 tails at position lysine 36 and makes multiple additional contacts with the nucleosomal DNA and the H2A-H2B acidic patch. Direct regulation via the Sin3 subunit coordinates binding of the acetylated histone substrate to achieve substrate specificity.
履歴
登録2023年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月17日-
マップ公開2024年1月17日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41449.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07768
最小 - 最大-0.2777077 - 0.6135498
平均 (標準偏差)0.000039132625 (±0.013739069)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 369.90002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

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試料の構成要素

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全体 : Rpd3S bound to H3K36Cme3 nucleosome

全体名称: Rpd3S bound to H3K36Cme3 nucleosome
要素
  • 複合体: Rpd3S bound to H3K36Cme3 nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SIN3
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase RPD3
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF3
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein RCO1
    • タンパク質・ペプチド: Rco1
    • DNA: DNA (176-MER)
    • DNA: DNA (176-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2AヒストンH2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • タンパク質・ペプチド: histone N-terminal tail
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Rpd3S bound to H3K36Cme3 nucleosome

超分子名称: Rpd3S bound to H3K36Cme3 nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12

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分子 #1: Transcriptional regulatory protein SIN3

分子名称: Transcriptional regulatory protein SIN3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 175.047266 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSQVWHNSNS QSNDVATSND ATGSNERNEK EPSLQGNKPG FVQQQQRITL PSLSALSTKE EDRRDSNGQQ ALTSHAAHIL GYPPPHSNA MPSIATDSAL KQPHEYHPRP KSSSSSPSIN ASLMNAGPAP LPTVGAASFS LSRFDNPLPI KAPVHTEEPK S YNGLQEEE ...文字列:
MSQVWHNSNS QSNDVATSND ATGSNERNEK EPSLQGNKPG FVQQQQRITL PSLSALSTKE EDRRDSNGQQ ALTSHAAHIL GYPPPHSNA MPSIATDSAL KQPHEYHPRP KSSSSSPSIN ASLMNAGPAP LPTVGAASFS LSRFDNPLPI KAPVHTEEPK S YNGLQEEE KATQRPQDCK EVPAGVQPAD APDPSSNHAD ANDDNNNNEN SHDEDADYRP LNVKDALSYL EQVKFQFSSR PD IYNLFLD IMKDFKSQAI DTPGVIERVS TLFRGYPILI QGFNTFLPQG YRIECSSNPD DPIRVTTPMG TTTVNNNISP SGR GTTDAQ ELGSFPESDG NGVQQPSNVP MVPSSVYQSE QNQDQQQSLP LLATSSGLPS IQQPEMPAHR QIPQSQSLVP QEDA KKNVD VEFSQAISYV NKIKTRFADQ PDIYKHFLEI LQTYQREQKP INEVYAQVTH LFQNAPDLLE DFKKFLPDSS ASANQ QVQH AQQHAQQQHE AQMHAQAQAQ AQAQAQVEQQ KQQQQFLYPA SGYYGHPSNR GIPQQNLPPI GSFSPPTNGS TVHEAY QDQ QHMQPPHFMP LPSIVQHGPN MVHQGIANEN PPLSDLRTSL TEQYAPSSIQ HQQQHPQSIS PIANTQYGDI PVRPEID LD PSIVPVVPEP TEPIENNISL NEEVTFFEKA KRYIGNKHLY TEFLKILNLY SQDILDLDDL VEKVDFYLGS NKELFTWF K NFVGYQEKTK CIENIVHEKH RLDLDLCEAF GPSYKRLPKS DTFMPCSGRD DMCWEVLNDE WVGHPVWASE DSGFIAHRK NQYEETLFKI EEERHEYDFY IESNLRTIQC LETIVNKIEN MTENEKANFK LPPGLGHTSM TIYKKVIRKV YDKERGFEII DALHEHPAV TAPVVLKRLK QKDEEWRRAQ REWNKVWREL EQKVFFKSLD HLGLTFKQAD KKLLTTKQLI SEISSIKVDQ T NKKIHWLT PKPKSQLDFD FPDKNIFYDI LCLADTFITH TTAYSNPDKE RLKDLLKYFI SLFFSISFEK IEESLYSHKQ NV SESSGSD DGSSIASRKR PYQQEMSLLD ILHRSRYQKL KRSNDEDGKV PQLSEPPEEE PNTIEEEELI DEEAKNPWLT GNL VEEANS QGIIQNRSIF NLFANTNIYI FFRHWTTIYE RLLEIKQMNE RVTKEINTRS TVTFAKDLDL LSSQLSEMGL DFVG EDAYK QVLRLSRRLI NGDLEHQWFE ESLRQAYNNK AFKLYTIDKV TQSLVKHAHT LMTDAKTAEI MALFVKDRNA STTSA KDQI IYRLQVRSHM SNTENMFRIE FDKRTLHVSI QYIALDDLTL KEPKADEDKW KYYVTSYALP HPTEGIPHEK LKIPFL ERL IEFGQDIDGT EVDEEFSPEG ISVSTLKIKI QPITYQLHIE NGSYDVFTRK ATNKYPTIAN DNTQKGMVSQ KKELISK FL DCAVGLRNNL DEAQKLSMQK KWENLKDSIA KTSAGNQGIE SETEKGKITK QEQSDNLDSS TASVLPASIT TVPQDDNI E TTGNTESSDK GAKIQ

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein SIN3

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分子 #2: Histone deacetylase RPD3

分子名称: Histone deacetylase RPD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヒストン脱アセチル化酵素
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 48.961957 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVYEATPFDP ITVKPSDKRR VAYFYDADVG NYAYGAGHPM KPHRIRMAHS LIMNYGLYKK MEIYRAKPAT KQEMCQFHTD EYIDFLSRV TPDNLEMFKR ESVKFNVGDD CPVFDGLYEY CSISGGGSME GAARLNRGKC DVAVNYAGGL HHAKKSEASG F CYLNDIVL ...文字列:
MVYEATPFDP ITVKPSDKRR VAYFYDADVG NYAYGAGHPM KPHRIRMAHS LIMNYGLYKK MEIYRAKPAT KQEMCQFHTD EYIDFLSRV TPDNLEMFKR ESVKFNVGDD CPVFDGLYEY CSISGGGSME GAARLNRGKC DVAVNYAGGL HHAKKSEASG F CYLNDIVL GIIELLRYHP RVLYIDIDVH HGDGVEEAFY TTDRVMTCSF HKYGEFFPGT GELRDIGVGA GKNYAVNVPL RD GIDDATY RSVFEPVIKK IMEWYQPSAV VLQCGGDSLS GDRLGCFNLS MEGHANCVNY VKSFGIPMMV VGGGGYTMRN VAR TWCFET GLLNNVVLDK DLPYNEYYEY YGPDYKLSVR PSNMFNVNTP EYLDKVMTNI FANLENTKYA PSVQLNHTPR DAED LGDVE EDSAEAKDTK GGSQYARDLH VEHDNEFY

UniProtKB: Histone deacetylase RPD3

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分子 #3: Chromatin modification-related protein EAF3

分子名称: Chromatin modification-related protein EAF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 45.266406 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVDLEQEFAL GGRCLAFHGP LMYEAKILKI WDPSSKMYTS IPNDKPGGSS QATKEIKPQK LGEDESIPEE IINGKCFFIH YQGWKSSWD EWVGYDRIRA YNEENIAMKK RLANEAKEAK KSLLEQQKKK KLSTSLGGPS NGGKRKGDSR SNASISKSTS Q SFLTSSVS ...文字列:
MVDLEQEFAL GGRCLAFHGP LMYEAKILKI WDPSSKMYTS IPNDKPGGSS QATKEIKPQK LGEDESIPEE IINGKCFFIH YQGWKSSWD EWVGYDRIRA YNEENIAMKK RLANEAKEAK KSLLEQQKKK KLSTSLGGPS NGGKRKGDSR SNASISKSTS Q SFLTSSVS GRKSGRSSAN SLHPGSSLRS SSDQNGNDDR RRSSSLSPNM LHHIAGYPTP KISLQIPIKL KSVLVDDWEY VT KDKKICR LPADVTVEMV LNKYEHEVSQ ELESPGSQSQ LSEYCAGLKL YFDKCLGNML LYRLERLQYD ELLKKSSKDQ KPL VPIRIY GAIHLLRLIS VLPELISSTT MDLQSCQLLI KQTEDFLVWL LMHVDEYFND KDPNRSDDAL YVNTSSQYEG VALG M

UniProtKB: Chromatin modification-related protein EAF3

+
分子 #4: Transcriptional regulatory protein RCO1

分子名称: Transcriptional regulatory protein RCO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 78.951305 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDTSKKDTTR SPSHSNSSSP SSSSLSSSSS KEKKRPKRLS SQNVNYDLKR RKIITSEGIE RSFKNEHSNL AVEDNIPEEE PKELLEKDS KGNIIKLNEP STISEDSKVS VTGLPLNKGP SEKIKRESLW NYRKNLGGQS NNSEMTLVPS KRFTQVPKNF Q DLNRNDLK ...文字列:
MDTSKKDTTR SPSHSNSSSP SSSSLSSSSS KEKKRPKRLS SQNVNYDLKR RKIITSEGIE RSFKNEHSNL AVEDNIPEEE PKELLEKDS KGNIIKLNEP STISEDSKVS VTGLPLNKGP SEKIKRESLW NYRKNLGGQS NNSEMTLVPS KRFTQVPKNF Q DLNRNDLK TFLTENMTEE SNIRSTIGWN GDIINRTRDR EPESDRDNKK LSNIRTKIIL STNATYDSKS KLFGQNSIKS TS NASEKIF RDKNNSTIDF ENEDFCSACN QSGSFLCCDT CPKSFHFLCL DPPIDPNNLP KGDWHCNECK FKIFINNSMA TLK KIESNF IKQNNNVKIF AKLLFNIDSH NPKQFQLPNY IKETFPAVKT GSRGQYSDEN DKIPLTDRQL FNTSYGQSIT KLDS YNPDT HIDSNSGKFL ICYKCNQTRL GSWSHPENSR LIMTCDYCQT PWHLDCVPRA SFKNLGSKWK CPLHSPTKVY KKIHH CQED NSVNYKVWKK QRLINKKNQL YYEPLQKIGY QNNGNIQIIP TTSHTDYDFN QDFKITQIDE NSIKYDFFDK IYKSKM VQK RKLFQFQESL IDKLVSNGSQ NGNSEDNMVK DIASLIYFQV SNNDKSSNNK SASKSNNLRK LWDLKELTNV VVPNELD SI QFNDFSSDEI KHLLYLKKII ESKPKEELLK FLNIENPENQ SE

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein RCO1

+
分子 #5: Rco1

分子名称: Rco1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 515.628 Da
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)R(UNK)(UNK)

+
分子 #8: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.495247 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGV(ML3)KPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIA QDF KTDLRFQSSA VMALQEASEA YLVALFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: ヒストンH3

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分子 #9: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: ヒストンH4

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分子 #10: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 14.109436 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQSVLLPK KTESSKSAKS K

UniProtKB: ヒストンH2A

+
分子 #11: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.655948 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKSAPAPKK GSKKAVTKTQ KKDGKKRRKT RKESYAIYVY KVLKQVHPDT GISSKAMSIM NSFVNDVFER IAGEASRLAH YNKRSTITS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTKY TSAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

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分子 #12: histone N-terminal tail

分子名称: histone N-terminal tail / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 657.824 Da
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)K(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #6: DNA (176-MER)

分子名称: DNA (176-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 63.93159 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG) (DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG) (DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG) (DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT) (DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)

+
分子 #7: DNA (176-MER)

分子名称: DNA (176-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 66.097227 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA) (DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG) ...文字列:
(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA) (DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC) (DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG) (DC) (DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DT)(DG)(DA)(DT)

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分子 #13: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.1 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 484141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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