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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41449 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | nucleosome / methylation / acetylation / Rpd3S / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / Rpd3L complex / protein localization to nucleolar rDNA repeats / Rpd3L-Expanded complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3S complex ...nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / Rpd3L complex / protein localization to nucleolar rDNA repeats / Rpd3L-Expanded complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3S complex / regulation of RNA stability / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / HDACs deacetylate histones / DNA replication-dependent chromatin assembly / histone deacetylase / cellular response to nitrogen starvation / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleosome disassembly / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / histone deacetylase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / Estrogen-dependent gene expression / histone deacetylase complex / positive regulation of macroautophagy / histone acetyltransferase complex / methylated histone binding / nuclear periphery / meiotic cell cycle / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / G1/S transition of mitotic cell cycle / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / nucleosome / nucleosome assembly / cellular response to heat / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Markert JW / Vos SM / Farnung L | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure of the complete Saccharomyces cerevisiae Rpd3S-nucleosome complex. 著者: Jonathan W Markert / Seychelle M Vos / Lucas Farnung / 要旨: Acetylation of histones is a key post-translational modification that guides gene expression regulation. In yeast, the class I histone deacetylase containing Rpd3S complex plays a critical role in ...Acetylation of histones is a key post-translational modification that guides gene expression regulation. In yeast, the class I histone deacetylase containing Rpd3S complex plays a critical role in the suppression of spurious transcription by removing histone acetylation from actively transcribed genes. The S. cerevisiae Rpd3S complex has five subunits (Rpd3, Sin3, Rco1, Eaf3, and Ume1) but its subunit stoichiometry and how the complex engages nucleosomes to achieve substrate specificity remains elusive. Here we report the cryo-EM structure of the complete Rpd3S complex bound to a nucleosome. Sin3 and two copies of subunits Rco1 and Eaf3 encircle the deacetylase subunit Rpd3 and coordinate the positioning of Ume1. The Rpd3S complex binds both trimethylated H3 tails at position lysine 36 and makes multiple additional contacts with the nucleosomal DNA and the H2A-H2B acidic patch. Direct regulation via the Sin3 subunit coordinates binding of the acetylated histone substrate to achieve substrate specificity. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41449_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41449_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41449_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41449_validation.cif.gz | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41449 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41449 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tofMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41449.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
+マスク #1
+追加マップ: #1
+追加マップ: #10
+追加マップ: #11
+追加マップ: #12
+追加マップ: #13
+追加マップ: #14
+追加マップ: #15
+追加マップ: #16
+追加マップ: #17
+追加マップ: #18
+追加マップ: #19
+追加マップ: #2
+追加マップ: #20
+追加マップ: #21
+追加マップ: #22
+追加マップ: #23
+追加マップ: #24
+追加マップ: #25
+追加マップ: #26
+追加マップ: #27
+追加マップ: #28
+追加マップ: #3
+追加マップ: #4
+追加マップ: #5
+追加マップ: #6
+追加マップ: #7
+追加マップ: #8
+追加マップ: #9
+ハーフマップ: #1
+ハーフマップ: #2
-試料の構成要素
+全体 : Rpd3S bound to H3K36Cme3 nucleosome
+超分子 #1: Rpd3S bound to H3K36Cme3 nucleosome
+分子 #1: Transcriptional regulatory protein SIN3
+分子 #2: Histone deacetylase RPD3
+分子 #3: Chromatin modification-related protein EAF3
+分子 #4: Transcriptional regulatory protein RCO1
+分子 #5: Rco1
+分子 #8: Histone H3
+分子 #9: Histone H4
+分子 #10: Histone H2A
+分子 #11: Histone H2B 1.1
+分子 #12: histone N-terminal tail
+分子 #6: DNA (176-MER)
+分子 #7: DNA (176-MER)
+分子 #13: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 51.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 484141 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |