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- EMDB-41437: Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1d) at t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41437
タイトルEscherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1d) at the lambda PR promoter
マップデータmelting intermediate I1d map filtered by local resolution
試料
  • 複合体: Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1d) at the lambda PR promoter
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
    • DNA: Nontemplate strand of lamdba PR promoter DNA
    • DNA: Template strand of lamdba PR promoter DNA
  • リガンド: (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDNA-dependent RNA polymerase / transcription / intermediate / DNA promoter / DNA unwinding / transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 ...RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase sigma factor RpoD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia phage Lambda (λファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Darst SA / Saecker RM / Mueller AU
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118130 米国
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Early intermediates in bacterial RNA polymerase promoter melting visualized by time-resolved cryo-electron microscopy.
著者: Ruth M Saecker / Andreas U Mueller / Brandon Malone / James Chen / William C Budell / Venkata P Dandey / Kashyap Maruthi / Joshua H Mendez / Nina Molina / Edward T Eng / Laura Y Yen / Clinton ...著者: Ruth M Saecker / Andreas U Mueller / Brandon Malone / James Chen / William C Budell / Venkata P Dandey / Kashyap Maruthi / Joshua H Mendez / Nina Molina / Edward T Eng / Laura Y Yen / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Seth A Darst /
要旨: During formation of the transcription-competent open complex (RPo) by bacterial RNA polymerases (RNAPs), transient intermediates pile up before overcoming a rate-limiting step. Structural ...During formation of the transcription-competent open complex (RPo) by bacterial RNA polymerases (RNAPs), transient intermediates pile up before overcoming a rate-limiting step. Structural descriptions of these interconversions in real time are unavailable. To address this gap, here we use time-resolved cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to capture four intermediates populated 120 ms or 500 ms after mixing Escherichia coli σ-RNAP and the λP promoter. Cryo-EM snapshots revealed that the upstream edge of the transcription bubble unpairs rapidly, followed by stepwise insertion of two conserved nontemplate strand (nt-strand) bases into RNAP pockets. As the nt-strand 'read-out' extends, the RNAP clamp closes, expelling an inhibitory σ domain from the active-site cleft. The template strand is fully unpaired by 120 ms but remains dynamic, indicating that yet unknown conformational changes complete RPo formation in subsequent steps. Given that these events likely describe DNA opening at many bacterial promoters, this study provides insights into how DNA sequence regulates steps of RPo formation.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Early intermediates in bacterial RNA polymerase promoter melting visualized by time-resolved cryo-electron microscopy
著者: Darst SA / Saecker RM / Mueller AU / Malone B / Chen J / Budell WC / Dandey VP / Maruthi K / Mendez JH / Molina N / Eng ET / Yen LY / Potter CS / Carragher B
履歴
登録2023年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_41437.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41437.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈melting intermediate I1d map filtered by local resolution
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 324.096 Å		0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 324.096 Å		0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 324.096 Å

表面

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表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-2.5752518 - 3.3662848
平均 (標準偏差)0.0030118946 (±0.06956747)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 324.096 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: melting intermediate I1d unsharpened map

ファイルemd_41437_additional_1.map
注釈melting intermediate I1d unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: melting intermediate I1d sharpened map

ファイルemd_41437_additional_2.map
注釈melting intermediate I1d sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: melting intermediate I1d half map B

ファイルemd_41437_half_map_1.map
注釈melting intermediate I1d half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: melting intermediate I1d half map A

ファイルemd_41437_half_map_2.map
注釈melting intermediate I1d half map A
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1d) at t...

全体名称: Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1d) at the lambda PR promoter
要素
  • 複合体: Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1d) at the lambda PR promoter
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
    • DNA: Nontemplate strand of lamdba PR promoter DNA
    • DNA: Template strand of lamdba PR promoter DNA
  • リガンド: (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1d) at t...

超分子名称: Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1d) at the lambda PR promoter
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 36.55868 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列:
MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDVR QP EVKEEKP EFDPILLRPV DDLELTVRSA NCLKAEAIHY IGDLVQRTEV ELLKTPNLGK KSLTEIKDVL ASRGLSLGMR LEN WPPASI ADE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 150.820875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列:
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UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 155.366781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA ...文字列:
MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA LEEFGDEFDA KMGAEAIQAL LKSMDLEQEC EQLREELNET NSETKRKKLT KRIKLLEAFV QSGNKPEWMI LT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLKRLLDLAA PDIIVRNEKR MLQEAVDALL DNGRRGRAIT GSN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPYLRLHQC GLPKKMALEL FKPFIYGKLE LRGLATTIKA AKKM VEREE AVVWDILDEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCA AYNADFDGDQ MAVHVPLTLE AQLEA RALM MSTNNILSPA NGEPIIVPSQ DVVLGLYYMT RDCVNAKGEG MVLTGPKEAE RLYRSGLASL HARVKVRITE YEKDAN GEL VAKTSLKDTT VGRAILWMIV PKGLPYSIVN QALGKKAISK MLNTCYRILG LKPTVIFADQ IMYTGFAYAA RSGASVG ID DMVIPEKKHE IISEAEAEVA EIQEQFQSGL VTAGERYNKV IDIWAAANDR VSKAMMDNLQ TETVINRDGQ EEKQVSFN S IYMMADSGAR GSAAQIRQLA GMRGLMAKPD GSIIETPITA NFREGLNVLQ YFISTHGARK GLADTALKTA NSGYLTRRL VDVAQDLVVT EDDCGTHEGI MMTPVIEGGD VKEPLRDRVL GRVTAEDVLK PGTADILVPR NTLLHEQWCD LLEENSVDAV KVRSVVSCD TDFGVCAHCY GRDLARGHII NKGEAIGVIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHIGG AASRAAAESS IQVKNKGSIK L SNVKSVVN SSGKLVITSR NTELKLIDEF GRTKESYKVP YGAVLAKGDG EQVAGGETVA NWDPHTMPVI TEVSGFVRFT DM IDGQTIT RQTDELTGLS SLVVLDSAER TAGGKDLRPA LKIVDAQGND VLIPGTDMPA QYFLPGKAIV QLEDGVQISS GDT LARIPQ ESGGTKDITG GLPRVADLFE ARRPKEPAIL AEISGIVSFG KETKGKRRLV ITPVDGSDPY EEMIPKWRQL NVFE GERVE RGDVISDGPE APHDILRLRG VHAVTRYIVN EVQDVYRLQG VKINDKHIEV IVRQMLRKAT IVNAGSSDFL EGEQV EYSR VKIANRELEA NGKVGATYSR DLLGITKASL ATESFISAAS FQETTRVLTE AAVAGKRDEL RGLKENVIVG RLIPAG TGY AYHQDRMRRR AAGEAPAAPQ VTAEDASASL AELLNAGLGG SDNE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 10.249547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD

分子名称: RNA polymerase sigma factor RpoD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 70.352242 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MEQNPQSQLK LLVTRGKEQG YLTYAEVNDH LPEDIVDSDQ IEDIIQMIND MGIQVMEEAP DADDLMLAEN TADEDAAEAA AQVLSSVES EIGRTTDPVR MYMREMGTVE LLTREGEIDI AKRIEDGINQ VQCSVAEYPE AITYLLEQYD RVEAEEARLS D LITGFVDP ...文字列:
MEQNPQSQLK LLVTRGKEQG YLTYAEVNDH LPEDIVDSDQ IEDIIQMIND MGIQVMEEAP DADDLMLAEN TADEDAAEAA AQVLSSVES EIGRTTDPVR MYMREMGTVE LLTREGEIDI AKRIEDGINQ VQCSVAEYPE AITYLLEQYD RVEAEEARLS D LITGFVDP NAEEDLAPTA THVGSELSQE DLDDDEDEDE EDGDDDSADD DNSIDPELAR EKFAELRAQY VVTRDTIKAK GR SHATAQE EILKLSEVFK QFRLVPKQFD YLVNSMRVMM DRVRTQERLI MKLCVEQCKM PKKNFITLFT GNETSDTWFN AAI AMNKPW SEKLHDVSEE VHRALQKLQQ IEEETGLTIE QVKDINRRMS IGEAKARRAK KEMVEANLRL VISIAKKYTN RGLQ FLDLI QEGNIGLMKA VDKFEYRRGY KFSTYATWWI RQAITRSIAD QARTIRIPVH MIETINKLNR ISRQMLQEMG REPTP EELA ERMLMPEDKI RKVLKIAKEP ISMETPIGDD EDSHLGDFIE DTTLELPLDS ATTESLRAAT HDVLAGLTAR EAKVLR MRF GIDMNTDYTL EEVGKQFDVT RERIRQIEAK ALRKLRHPSR SEVLRSFLDD

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor RpoD

+
分子 #6: Nontemplate strand of lamdba PR promoter DNA

分子名称: Nontemplate strand of lamdba PR promoter DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)
分子量理論値: 32.600814 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA) (DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DT) ...文字列:
(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA) (DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG) (DA)(DG)(DG)(DT) (DT)(DG)(DT)(DC)(DG)

+
分子 #7: Template strand of lamdba PR promoter DNA

分子名称: Template strand of lamdba PR promoter DNA / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)
分子量理論値: 32.183631 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT) (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DG) (DA)(DG)(DG)(DT)(DA) ...文字列:
(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT) (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DG) (DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT) (DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA) (DT)(DC)(DC) (DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DG)

+
分子 #8: (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pent...

分子名称: (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: 4QM
分子量理論値: 378.588 Da
Chemical component information

ChemComp-4QM:
(3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol / 5β-コラン-3α,7α,12α-トリオ-ル

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
40.0 mMTris
120.0 mMKClpotassium chloride
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
10.0 mMDTT1,4-dithiothreitol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 296 K / 装置: SPOTITON
詳細: CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing..
詳細tip 1: 26 or 30 micromolar Es70 RNAP tip 2: 52 or 60 micromolar LPR DNA

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Please see publication for details.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Cryo-EM map from images from multiple data collections, please see publication.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio generated map
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / ソフトウェア - 詳細: NU refinement / 使用した粒子像数: 111510
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / ソフトウェア - 詳細: 3DVA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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