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- EMDB-41418: Cryo-EM structure of HLA-B*73:01 bound to a 9mer peptide and two Fabs -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HLA-B*73:01 bound to a 9mer peptide and two Fabs | |||||||||
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![]() | HLA / MHC / FAB / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...: / : / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Ross P / Adams EJ / Lodwick J / Zhao M / Slezak T / Kossiakoff A | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of HLA-B*73:01 bound to a 9mer peptide and two Fabs 著者: Ross P / Adams EJ | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | |||
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ヘッダ (付随情報) | ![]() | |||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tnjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of B.1 and B.8 Fabs with single-chain P2R-B2M-HLA...
全体 | 名称: Ternary complex of B.1 and B.8 Fabs with single-chain P2R-B2M-HLA-B*73:01 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of B.1 and B.8 Fabs with single-chain P2R-B2M-HLA...
超分子 | 名称: Ternary complex of B.1 and B.8 Fabs with single-chain P2R-B2M-HLA-B*73:01 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: 9mer peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera
分子 | 名称: 9mer peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 49.165848 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: NRFLGDYVVG GGGSGGGGSG GGGSIQRTPK IQVYSRHPAE NGKSNFLNCY VSGFHPSDIE VDLLKNGERI EKVEHSDLSF SKDWSFYLL YYTEFTPTEK DEYACRVNHV TLSQPKIVKW DRDMGGGGSG GGGSGGGGSG GGGSGSHSMR YFHTSVSRPG R GEPRFITV ...文字列: NRFLGDYVVG GGGSGGGGSG GGGSIQRTPK IQVYSRHPAE NGKSNFLNCY VSGFHPSDIE VDLLKNGERI EKVEHSDLSF SKDWSFYLL YYTEFTPTEK DEYACRVNHV TLSQPKIVKW DRDMGGGGSG GGGSGGGGSG GGGSGSHSMR YFHTSVSRPG R GEPRFITV GYVDDTQFVR FDSDAASPRE EPRAPWIEQE GPEYWDRNTQ ICKAKAQTDR VGLRNLRGYY NQSEDGSHTW QT MYGCDMG PDGRLLRGYN QFAYDGKDYI ALNEDLRSWT AADTAAQITQ RKWEAARVAE QLRAYLEGEC VEWLRRHLEN GKE TLQRAD PPKTHVTHHP ISDHEATLRC WALGFYPAEI TLTWQRDGED QTQDTELVET RPAGDGTFQK WAAVVVPSGQ EQRY TCHVQ HEGLQEPLTL RWKPGGSGLE VLFQGPHHHH HHHH UniProtKB: Beta-2-microglobulin, MHC class I antigen |
-分子 #2: B.8 Fab light chain
分子 | 名称: B.8 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.523064 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSWSAYPFT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSWSAYPFT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-分子 #3: B.8 Fab heavy chain
分子 | 名称: B.8 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.684623 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSSYSIHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARLIFYMWSS AMDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSSYSIHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARLIFYMWSS AMDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD KTHT |
-分子 #4: B.1 Fab heavy chain
分子 | 名称: B.1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.284029 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSYYSIHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYSYGNSWS YDPYYGAMDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSYYSIHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYSYGNSWS YDPYYGAMDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKTHT |
-分子 #5: B.1 Fab light chain
分子 | 名称: B.1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.478066 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYYWAPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYYWAPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
詳細: 10 mM HEPES 150 mM NaCl 0.02% sodium azide pH 7.2 | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: 10 seconds at 20 watts using Solarus 950 Plasma Cleaner System (Gatan) | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | This sample was mono-disperse |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: Masked / 使用した粒子像数: 502247 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 86.65 / 当てはまり具合の基準: EMRinger | ||||||
得られたモデル | ![]() PDB-8tnj: |