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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41373 | |||||||||
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タイトル | E. coli MraY mutant-T23P | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | peptidoglycan / phosphotransferase / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine:undecaprenyl-phosphate transferase activity / cell wall macromolecule biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Orta AK / Li YE / Clemons WM | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024 タイトル: Synthesis of lipid-linked precursors of the bacterial cell wall is governed by a feedback control mechanism in Pseudomonas aeruginosa. 著者: Lindsey S Marmont / Anna K Orta / Becca W A Baileeves / David Sychantha / Ana Fernández-Galliano / Yancheng E Li / Neil G Greene / Robin A Corey / Phillip J Stansfeld / William M Clemons / ...著者: Lindsey S Marmont / Anna K Orta / Becca W A Baileeves / David Sychantha / Ana Fernández-Galliano / Yancheng E Li / Neil G Greene / Robin A Corey / Phillip J Stansfeld / William M Clemons / Thomas G Bernhardt / 要旨: Many bacterial surface glycans such as the peptidoglycan (PG) cell wall are built from monomeric units linked to a polyprenyl lipid carrier. How this limiting carrier is distributed among competing ...Many bacterial surface glycans such as the peptidoglycan (PG) cell wall are built from monomeric units linked to a polyprenyl lipid carrier. How this limiting carrier is distributed among competing pathways has remained unclear. Here we describe the isolation of hyperactive variants of Pseudomonas aeruginosa MraY, the enzyme that forms the first lipid-linked PG precursor. These variants result in the elevated production of the final PG precursor lipid II in cells and are hyperactive in vitro. The activated MraY variants have substitutions that map to a cavity on the extracellular side of the dimer interface, far from the active site. Our structural and molecular dynamics results suggest that this cavity is a binding site for externalized lipid II. Overall, our results support a model in which excess externalized lipid II allosterically inhibits MraY, providing a feedback mechanism that prevents the sequestration of lipid carrier in the PG biogenesis pathway. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41373.map.gz | 48.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41373-v30.xml emd-41373.xml | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41373_fsc.xml | 11.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41373.png | 103.2 KB | ||
マスクデータ | emd_41373_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-41373.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_41373_additional_1.map.gz emd_41373_half_map_1.map.gz emd_41373_half_map_2.map.gz | 49.6 MB 49 MB 49 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41373 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41373 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41373_validation.pdf.gz | 861.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41373_full_validation.pdf.gz | 860.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41373_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41373_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41373 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41373 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tluMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41373.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41373_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_41373_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41373_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41373_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : E. coli MraY T23P dimer
全体 | 名称: E. coli MraY T23P dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: E. coli MraY T23P dimer
超分子 | 名称: E. coli MraY T23P dimer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 39.875 KDa |
-分子 #1: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
分子 | 名称: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 39.905551 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLVWLAEHLV KYYSGFNVFS YLPFRAIVSL LTALFISLWM GPRMIAHLQK LSFGQVVRND GPESHFSKRG TPTMGGIMIL TAIVISVLL WAYPSNPYVW CVLVVLVGYG VIGFVDDYRK VVRKDTKGLI ARWKYFWMSV IALGVAFALY LAGKDTPATQ L VVPFFKDV ...文字列: MLVWLAEHLV KYYSGFNVFS YLPFRAIVSL LTALFISLWM GPRMIAHLQK LSFGQVVRND GPESHFSKRG TPTMGGIMIL TAIVISVLL WAYPSNPYVW CVLVVLVGYG VIGFVDDYRK VVRKDTKGLI ARWKYFWMSV IALGVAFALY LAGKDTPATQ L VVPFFKDV MPQLGLFYIL LAYFVIVGTG NAVNLTDGLD GLAIMPTVFV AGGFALVAWA TGNMNFASYL HIPYLRHAGE LV IVCTAIV GAGLGFLWFN TYPAQVFMGD VGSLALGGAL GIIAVLLRQE FLLVIMGGVF VVETLSVILQ VGSFKLRGQR IFR MAPIHH HYELKGWPEP RVIVRFWIIS LMLVLIGLAT LKVR UniProtKB: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | MraY was pulled down using the YES complex. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |