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万見
- EMDB-41367: Structure of the IL-5 Signaling Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41367
タイトルStructure of the IL-5 Signaling Complex
マップデータ
試料
  • 複合体: IL-5 Receptor Complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-5
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-5 receptor subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードIL-5 / cytokine / receptor / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-5 receptor activity / regulation of interleukin-5 production / positive regulation of eosinophil differentiation / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / interleukin-5 receptor binding / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway ...interleukin-5 receptor activity / regulation of interleukin-5 production / positive regulation of eosinophil differentiation / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / interleukin-5 receptor binding / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / cytokine receptor activity / positive regulation of immunoglobulin production / cytokine binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of B cell proliferation / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / response to lipopolysaccharide / receptor complex / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-5 / Interleukin 5 / : / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding ...Interleukin-5 / Interleukin 5 / : / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-5 / Cytokine receptor common subunit beta / Interleukin-5 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Caveney NA / Garcia KC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Organizing structural principles of common beta family signaling
著者: Caveney NA / Rodriguez GE / Pollmann C / Householder KD / Saxton RA / Piehler J / Garcia KC
履歴
登録2023年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41367.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41367.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.306 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.126
最小 - 最大-0.023213824 - 2.277234
平均 (標準偏差)0.0013444866 (±0.026384734)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ176176176
Spacing176176176
セルA=B=C: 229.856 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41367_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41367_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41367_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IL-5 Receptor Complex

全体名称: IL-5 Receptor Complex
要素
  • 複合体: IL-5 Receptor Complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-5
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-5 receptor subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: IL-5 Receptor Complex

超分子名称: IL-5 Receptor Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cytokine receptor common subunit beta

分子名称: Cytokine receptor common subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.07875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKMV SKGEELFTGV VPILVELDGD VNGHKFSVSG EGEGDATYGK LTLKFICTTG KLPVPWPTLV TTLTYGVQCF SRYPDHMKQ HDFFKSAMPE GYVQERTIFF KDDGNYKTRA EVKFEGDTLV NRIELKGIDF KEDGNILGHK LEYNYNSHNV Y IMADKQKN ...文字列:
DYKDDDDKMV SKGEELFTGV VPILVELDGD VNGHKFSVSG EGEGDATYGK LTLKFICTTG KLPVPWPTLV TTLTYGVQCF SRYPDHMKQ HDFFKSAMPE GYVQERTIFF KDDGNYKTRA EVKFEGDTLV NRIELKGIDF KEDGNILGHK LEYNYNSHNV Y IMADKQKN GIKVNFKIRH NIEDGSVQLA DHYQQNTPIG DGPVLLPDNH YLSTQSALSK DPNEKRDHMV LLEFVTAAGI TL GMDELYK LEVLFQGPGS GAEETIPLQT LRCYNDYTSH ITCRWADTQD AQRLVNVTLI RRVNEDLLEP VSCDLSDDMP WSA CPHPRC VPRRCVIPCQ SFVVTDVDYF SFQPDRPLGT RLTVTLTQHV QPPEPRDLQI STDQDHFLLT WSVALGSPQS HWLS PGDLE FEVVYKRLQD SWEDAAILLS NTSQATLGPE HLMPSSTYVA RVRTRLAPGS RLSGRPSKWS PEVCWDSQPG DEAQP QNLE CFFDGAAVLS CSWEVRKEVA SSVSFGLFYK PSPDAGEEEC SPVLREGLGS LHTRHHCQIP VPDPATHGQY IVSVQP RRA EKHIKSSVNI QMAPPSLNVT KDGDSYSLRW ETMKMRYEHI DHTFEIQYRK DTATWKDSKT ETLQNAHSMA LPALEPS TR YWARVRVRTS RTGYNGIWSE WSEARSWDTE SVLPMGGGGS TTAPSAQLEK ELQALEKENA QLEWELQALE KELAQ

UniProtKB: Cytokine receptor common subunit beta

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分子 #2: Interleukin-5

分子名称: Interleukin-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.836051 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DYKDDDDKIP TEIPTSALVK ETLALLSTHR TLLIANETLR IPVPVHKNHQ LCTEEIFQGI GTLESQTVQG GTVERLFKNL SLIKKYIDG QKKKCGEERR RVNQFLDYLQ EFLGVMNTEW IIESGAAEDQ VDPRLIDGKH HHHHHHH

UniProtKB: Interleukin-5

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分子 #3: Interleukin-5 receptor subunit alpha

分子名称: Interleukin-5 receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.590176 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKDL LPDEKISLLP PVNFTIKVTG LAQVLLQWKP NPDQEQRNVN LEYQVKINAP KEDDYETRIT ESKCVTILHK GFSASVRTI LQNDHSLLAS SWASAELHAP PGSPGTSIVN LTCTTNTTED NYSRLRSYQV SLHCTWLVGT DAPEDTQYFL Y YRYGSWTE ...文字列:
DYKDDDDKDL LPDEKISLLP PVNFTIKVTG LAQVLLQWKP NPDQEQRNVN LEYQVKINAP KEDDYETRIT ESKCVTILHK GFSASVRTI LQNDHSLLAS SWASAELHAP PGSPGTSIVN LTCTTNTTED NYSRLRSYQV SLHCTWLVGT DAPEDTQYFL Y YRYGSWTE ECQEYSKDTL GRNIACWFPR TFILSKGRDW LAVLVNGSSK HSAIRPFDQL FALHAIDQIN PPLNVTAEIE GT RLSIQWE KPVSAFPIHC FDYEVKIHNT RNGYLQIEKL MTNAFISIID DLSKYDVQVR AAVSSMCREA GLWSEWSQPI YVG NDEHKP LREGGGGSTT APSAQLKKKL QALKKKNAQL KWKLQALKKK LAQGAAEDQV DPRLIDGKHH HHHHHH

UniProtKB: Interleukin-5 receptor subunit alpha

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 59.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 418819
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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