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- EMDB-41357: Cryo-EM structure of human full-length RAD52 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41357
タイトルCryo-EM structure of human full-length RAD52
マップデータSharpened map used for modeling
試料
  • 複合体: Human RAD52 undecameric structure
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD52 homolog
キーワードDNA repair / RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein-DNA complex / double-strand break repair via homologous recombination ...double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein-DNA complex / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA recombination / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein Rad52 / DNA repair protein Rad52/59/22 / Rad52 family / DNA repair protein Rad52/59/22 superfamily / Rad52/22 family double-strand break repair protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD52 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schnicker NJ / Razzaghi M / Spies M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA232425-05 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131704-05 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A double-ring of human RAD52 remodels replication forks restricting fork reversal
著者: Honda M / Razzaghi M
履歴
登録2023年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41357.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41357.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map used for modeling
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.65 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.65 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.65 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8255 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.0017248477 - 1.7862712
平均 (標準偏差)0.0020899153 (±0.033294037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 247.65001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_41357_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_41357_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human RAD52 undecameric structure

全体名称: Human RAD52 undecameric structure
要素
  • 複合体: Human RAD52 undecameric structure
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD52 homolog

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超分子 #1: Human RAD52 undecameric structure

超分子名称: Human RAD52 undecameric structure / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 532 KDa

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分子 #1: DNA repair protein RAD52 homolog

分子名称: DNA repair protein RAD52 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.40402 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MSGTEEAILG GRDSHPAAGG GSVLCFGQCQ YTAEEYQAIQ KALRQRLGPE YISSRMAGGG QKVCYIEGH RVINLANEMF GYNGWAHSIT QQNVDFVDLN NGKFYVGVCA FVRVQLKDGS YHEDVGYGVS EGLKSKALSL E KARKEAVT ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MSGTEEAILG GRDSHPAAGG GSVLCFGQCQ YTAEEYQAIQ KALRQRLGPE YISSRMAGGG QKVCYIEGH RVINLANEMF GYNGWAHSIT QQNVDFVDLN NGKFYVGVCA FVRVQLKDGS YHEDVGYGVS EGLKSKALSL E KARKEAVT DGLKRALRSF GNALGNCILD KDYLRSLNKL PRQLPLEVDL TKAKRQDLEP SVEEARYNSC RPNMALGHPQ LQ QVTSPSR PSHAVIPADQ DCSSRSLSSS AVESEATHQR KLRQKQLQQQ FRERMEKQQV RVSTPSAEKS EAAPPAPPVT HST PVTVSE PLLEKDFLAG VTQELIKTLE DNSEKWAVTP DAGDGVVKPS SRADPAQTSD TLALNNQMVT QNRTPHSVCH QKPQ AKSGS WDLQTYSADQ RTTGNWESHR KSQDMKKRKY DPS

UniProtKB: DNA repair protein RAD52 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 9
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris
200.0 mMPotassium chlorideKCl
1.0 mMDTT

詳細: 20 mM Tris pH 9, 200 mM KCl, 1 mM DTT
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: -15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was made from frozen protein

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
詳細No tilt data and tilted data (30 deg) was collected at the same time and processed together
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 11288 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2261059
詳細: Template based picking from no tilt and 30 deg tilt data to deal with preferred orientation
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1kn0

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C11 (11回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 623559
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1kn0


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Initial fitting was done in Chimera followed by refinement with Namdinator and then PHENIX alone
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 130.2
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8tkq:
Cryo-EM structure of human full-length RAD52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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