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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41266 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter SiaQM from Haemophilus influenzae (antiparallel dimer) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Sugar transport / sialic acid / TRAP transporter / secondary active transport / ion transporter superfamily / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | TRAP transporter large membrane protein DctM / TRAP transporter, small membrane protein DctQ / TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit / Tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component / Tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctM component / : / transmembrane transporter activity / plasma membrane / Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Davies JS / Currie MC / Dobson RCJ / North RA | |||||||||
資金援助 | ニュージーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2024 タイトル: Structural and biophysical analysis of a tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporter. 著者: Michael J Currie / James S Davies / Mariafrancesca Scalise / Ashutosh Gulati / Joshua D Wright / Michael C Newton-Vesty / Gayan S Abeysekera / Ramaswamy Subramanian / Weixiao Y Wahlgren / ...著者: Michael J Currie / James S Davies / Mariafrancesca Scalise / Ashutosh Gulati / Joshua D Wright / Michael C Newton-Vesty / Gayan S Abeysekera / Ramaswamy Subramanian / Weixiao Y Wahlgren / Rosmarie Friemann / Jane R Allison / Peter D Mace / Michael D W Griffin / Borries Demeler / Soichi Wakatsuki / David Drew / Cesare Indiveri / Renwick C J Dobson / Rachel A North / 要旨: Tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters are secondary-active transporters that receive their substrates via a soluble-binding protein to move bioorganic acids across bacterial or ...Tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters are secondary-active transporters that receive their substrates via a soluble-binding protein to move bioorganic acids across bacterial or archaeal cell membranes. Recent cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of TRAP transporters provide a broad framework to understand how they work, but the mechanistic details of transport are not yet defined. Here we report the cryo-EM structure of the -acetylneuraminate TRAP transporter (SiaQM) at 2.99 Å resolution (extending to 2.2 Å at the core), revealing new features. The improved resolution (the previous SiaQM structure is 4.7 Å resolution) permits accurate assignment of two Na sites and the architecture of the substrate-binding site, consistent with mutagenic and functional data. Moreover, rather than a monomer, the SiaQM structure is a homodimer. We observe lipids at the dimer interface, as well as a lipid trapped within the fusion that links the SiaQ and SiaM subunits. We show that the affinity () for the complex between the soluble SiaP protein and SiaQM is in the micromolar range and that a related SiaP can bind SiaQM. This work provides key data that enhances our understanding of the 'elevator-with-an-operator' mechanism of TRAP transporters. #1: ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Structural and biophysical analysis of a Haemophilus influenzae tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporter 著者: Currie MJ / Davies JS / Scalise M / Gulati A / Wright JD / Newton-Vesty MC / Abeysekera GS / Subramanian R / Wahlgren WY / Friemann R / Allison JR / Mace PD / Griffin MDW / Demeler B / ...著者: Currie MJ / Davies JS / Scalise M / Gulati A / Wright JD / Newton-Vesty MC / Abeysekera GS / Subramanian R / Wahlgren WY / Friemann R / Allison JR / Mace PD / Griffin MDW / Demeler B / Wakatsuki S / Drew D / Indiveri C / Dobson RCJ / North RA | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41266.map.gz | 208.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41266-v30.xml emd-41266.xml | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41266_fsc.xml | 15.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41266.png | 111.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41266.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_41266_half_map_1.map.gz emd_41266_half_map_2.map.gz | 390.6 MB 390.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41266 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41266 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41266_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41266_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41266_validation.xml.gz | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41266_validation.cif.gz | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41266 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41266 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8thjMC 8thiC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41266.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.6645 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41266_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41266_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HiSiaQM transporter protein solubilised in amphipol A8-35
全体 | 名称: HiSiaQM transporter protein solubilised in amphipol A8-35 |
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要素 |
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-超分子 #1: HiSiaQM transporter protein solubilised in amphipol A8-35
超分子 | 名称: HiSiaQM transporter protein solubilised in amphipol A8-35 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) |
-分子 #1: Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT
分子 | 名称: Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) |
分子量 | 理論値: 72.046812 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDRWGSELEM KYINKLEEWL GGALFIAIFG ILIAQILSRQ VFHSPLIWSE ELAKLLFVY VGMLGISVAV RKQEHVFIDF LTNLMPEKIR KFTNTFVQLL VFICIFLFIH FGIRTFNGAS FPIDALGGIS E KWIFAALP ...文字列: MGGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDRWGSELEM KYINKLEEWL GGALFIAIFG ILIAQILSRQ VFHSPLIWSE ELAKLLFVY VGMLGISVAV RKQEHVFIDF LTNLMPEKIR KFTNTFVQLL VFICIFLFIH FGIRTFNGAS FPIDALGGIS E KWIFAALP VVAILMMFRF IQAQTLNFKT GKSYLPATFF IISAVILFAI LFFAPDWFKV LRISNYIKLG SSSVYVALLV WL IIMFIGV PVGWSLFIAT LLYFSMTRWN VVNAATEKLV YSLDSFPLLA VPFYILTGIL MNTGGITERI FNFAKALLGH YTG GMGHVN IGASLLFSGM SGSALADAGG LGQLEIKAMR DAGYDDDICG GITAASCIIG PLVPPSIAMI IYGVIANESI AKLF IAGFI PGVLITLALM AMNYRIAKKR GYPRTPKATR EQLCSSFKQS FWAILTPLLI IGGIFSGLFS PTESAIVAAA YSVII GKFV YKELTLKSLF NSCIEAMAIT GVVALMIMTV TFFGDMIARE QVAMRVADVF VAVADSPLTV LIMINALLLF LGMFID ALA LQFLVLPMLI PIAMQFNIDL IFFGVMTTLN MMVGILTPPM GMALFVVARV GNMSVSTVTK GVLPFLIPVF VTLVLIT IF PQIITFVPNL LIP UniProtKB: Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT |
-分子 #2: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子 | 名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: PTY |
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分子量 | 理論値: 734.039 Da |
Chemical component information | ChemComp-PTY: |
-分子 #4: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
分子 | 名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: PGT |
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分子量 | 理論値: 751.023 Da |
Chemical component information | ChemComp-PGT: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 73.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |