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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter SiaQM from Haemophilus influenzae (parallel dimer) | |||||||||
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![]() | Sugar transport / ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | TRAP transporter large membrane protein DctM / TRAP transporter, small membrane protein DctQ / TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit / Tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component / ![]() ![]() ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Davies JS / Currie MC / Dobson RCJ / North RA | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and biophysical analysis of a tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporter. 著者: Michael J Currie / James S Davies / Mariafrancesca Scalise / Ashutosh Gulati / Joshua D Wright / Michael C Newton-Vesty / Gayan S Abeysekera / Ramaswamy Subramanian / Weixiao Y Wahlgren / ...著者: Michael J Currie / James S Davies / Mariafrancesca Scalise / Ashutosh Gulati / Joshua D Wright / Michael C Newton-Vesty / Gayan S Abeysekera / Ramaswamy Subramanian / Weixiao Y Wahlgren / Rosmarie Friemann / Jane R Allison / Peter D Mace / Michael D W Griffin / Borries Demeler / Soichi Wakatsuki / David Drew / Cesare Indiveri / Renwick C J Dobson / Rachel A North / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters are secondary-active transporters that receive their substrates via a soluble-binding protein to move bioorganic acids across bacterial or ...Tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters are secondary-active transporters that receive their substrates via a soluble-binding protein to move bioorganic acids across bacterial or archaeal cell membranes. Recent cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of TRAP transporters provide a broad framework to understand how they work, but the mechanistic details of transport are not yet defined. Here we report the cryo-EM structure of the -acetylneuraminate TRAP transporter (SiaQM) at 2.99 Å resolution (extending to 2.2 Å at the core), revealing new features. The improved resolution (the previous SiaQM structure is 4.7 Å resolution) permits accurate assignment of two Na sites and the architecture of the substrate-binding site, consistent with mutagenic and functional data. Moreover, rather than a monomer, the SiaQM structure is a homodimer. We observe lipids at the dimer interface, as well as a lipid trapped within the fusion that links the SiaQ and SiaM subunits. We show that the affinity () for the complex between the soluble SiaP protein and SiaQM is in the micromolar range and that a related SiaP can bind SiaQM. This work provides key data that enhances our understanding of the 'elevator-with-an-operator' mechanism of TRAP transporters. #1: ![]() タイトル: Structural and biophysical analysis of a Haemophilus influenzae tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporter 著者: Currie MJ / Davies JS / Scalise M / Gulati A / Wright JD / Newton-Vesty MC / Abeysekera GS / Subramanian R / Wahlgren WY / Friemann R / Allison JR / Mace PD / Griffin MDW / Demeler B / ...著者: Currie MJ / Davies JS / Scalise M / Gulati A / Wright JD / Newton-Vesty MC / Abeysekera GS / Subramanian R / Wahlgren WY / Friemann R / Allison JR / Mace PD / Griffin MDW / Demeler B / Wakatsuki S / Drew D / Indiveri C / Dobson RCJ / North RA | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 209 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 116.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 205.2 MB 209.1 MB 209.4 MB 390.9 MB 390.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8thiMC ![]() 8thjC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.664 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Consensus map of dimer made from auxiliary maps...
ファイル | emd_41265_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Consensus map of dimer made from auxiliary maps #1 and #2 using "vop max" command in ChimeraX. Improved resolution at dimer interface compared to primary map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Monomer A focus-refined.
ファイル | emd_41265_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Monomer A focus-refined. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Monomer B focus-refined.
ファイル | emd_41265_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Monomer B focus-refined. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41265_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41265_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : HiSiaQM transporter protein solubilised in amphipol A8-35
全体 | 名称: HiSiaQM transporter protein solubilised in amphipol A8-35 |
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要素 |
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-超分子 #1: HiSiaQM transporter protein solubilised in amphipol A8-35
超分子 | 名称: HiSiaQM transporter protein solubilised in amphipol A8-35 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT
分子 | 名称: Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 72.046812 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDRWGSELEM KYINKLEEWL GGALFIAIFG ILIAQILSRQ VFHSPLIWSE ELAKLLFVY VGMLGISVAV RKQEHVFIDF LTNLMPEKIR KFTNTFVQLL VFICIFLFIH FGIRTFNGAS FPIDALGGIS E KWIFAALP ...文字列: MGGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDRWGSELEM KYINKLEEWL GGALFIAIFG ILIAQILSRQ VFHSPLIWSE ELAKLLFVY VGMLGISVAV RKQEHVFIDF LTNLMPEKIR KFTNTFVQLL VFICIFLFIH FGIRTFNGAS FPIDALGGIS E KWIFAALP VVAILMMFRF IQAQTLNFKT GKSYLPATFF IISAVILFAI LFFAPDWFKV LRISNYIKLG SSSVYVALLV WL IIMFIGV PVGWSLFIAT LLYFSMTRWN VVNAATEKLV YSLDSFPLLA VPFYILTGIL MNTGGITERI FNFAKALLGH YTG GMGHVN IGASLLFSGM SGSALADAGG LGQLEIKAMR DAGYDDDICG GITAASCIIG PLVPPSIAMI IYGVIANESI AKLF IAGFI PGVLITLALM AMNYRIAKKR GYPRTPKATR EQLCSSFKQS FWAILTPLLI IGGIFSGLFS PTESAIVAAA YSVII GKFV YKELTLKSLF NSCIEAMAIT GVVALMIMTV TFFGDMIARE QVAMRVADVF VAVADSPLTV LIMINALLLF LGMFID ALA LQFLVLPMLI PIAMQFNIDL IFFGVMTTLN MMVGILTPPM GMALFVVARV GNMSVSTVTK GVLPFLIPVF VTLVLIT IF PQIITFVPNL LIP UniProtKB: Sialic acid TRAP transporter permease protein SiaT |
-分子 #2: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
分子 | 名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: PGT |
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分子量 | 理論値: 751.023 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PGT: |
-分子 #3: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 73.1 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |