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- EMDB-41089: Cryo-EM structure of RSV preF in complex with Fab 2.4K -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41089
タイトルCryo-EM structure of RSV preF in complex with Fab 2.4K
マップデータSharpened map of of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM) complexed with the antigen binding fragment (Fab) from a member of the RSV F public clonotype 2 (2.4K Fab). Sharpened by DeepEMhancer
試料
  • 複合体: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus in complex with Fab 2.4K
    • 複合体: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F2
    • 複合体: Fab 2.4K
      • タンパク質・ペプチド: 2.4K Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 2.4K Fab Light Chain
  • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードComplex / antibody / fusion protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者McCool RS / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-0003-19620604 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2023
タイトル: Vaccination with prefusion-stabilized respiratory syncytial virus fusion protein elicits antibodies targeting a membrane-proximal epitope.
著者: Ryan S McCool / Maryam Musayev / Sabrina M Bush / Alexandrine Derrien-Colemyn / Cory M Acreman / Daniel Wrapp / Tracy J Ruckwardt / Barney S Graham / John R Mascola / Jason S McLellan /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading cause of bronchiolitis and pneumonia in infants, infecting all children by age 5. RSV also causes substantial morbidity and mortality in older adults, ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading cause of bronchiolitis and pneumonia in infants, infecting all children by age 5. RSV also causes substantial morbidity and mortality in older adults, and a vaccine for older adults based on a prefusion-stabilized form of the viral F glycoprotein was recently approved by the FDA. Here, we investigate a set of antibodies that belong to the same public clonotype and were isolated from individuals vaccinated with a prefusion-stabilized RSV F protein. Our results reveal that these antibodies are highly potent and recognize a previously uncharacterized antigenic site on the prefusion F protein. Vaccination with prefusion RSV F proteins appears to boost the elicitation of these neutralizing antibodies, which are not commonly elicited by natural infection.
履歴
登録2023年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41089.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41089.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM) complexed with the antigen binding fragment (Fab) from a member of the RSV F public clonotype 2 (2.4K Fab). Sharpened by DeepEMhancer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.324
最小 - 最大-2.330073 - 2.9766572
平均 (標準偏差)-0.000029696808 (±0.049129527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 360.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41089_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map of of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM)...

ファイルemd_41089_additional_1.map
注釈Unsharpened map of of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM) complexed with the antigen binding fragment (Fab) from a member of the RSV F public clonotype 2 (2.4K Fab).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM)...

ファイルemd_41089_half_map_1.map
注釈Half map A of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM) complexed with the antigen binding fragment (Fab) from a member of the RSV F public clonotype 2 (2.4K Fab).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM)...

ファイルemd_41089_half_map_2.map
注釈Half map B of prefusion-stabilized RSV F (PR-DM) complexed with the antigen binding fragment (Fab) from a member of the RSV F public clonotype 2 (2.4K Fab).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus in complex with ...

全体名称: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus in complex with Fab 2.4K
要素
  • 複合体: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus in complex with Fab 2.4K
    • 複合体: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F2
    • 複合体: Fab 2.4K
      • タンパク質・ペプチド: 2.4K Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 2.4K Fab Light Chain
  • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus in complex with ...

超分子名称: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus in complex with Fab 2.4K
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4

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超分子 #2: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus

超分子名称: Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)

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超分子 #3: Fab 2.4K

超分子名称: Fab 2.4K / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F2

分子名称: Fusion glycoprotein F2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス) / 株: A2
分子量理論値: 9.498826 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QNITEEFYQS TCSAVSKGYL SALRTGWYTS VITIELSNIK EIKCNGTDAK VKLIKQELDK YKNAVTELQL LMQSTPAANN RARR

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: Fusion glycoprotein F1

分子名称: Fusion glycoprotein F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス) / 株: A2
分子量理論値: 48.295859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FLGFLLGVGS AIASGVAVSK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTSKVLDLK NYIDKQLLPI VNKQSCSIPN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS NNVQIVRQQS YSIMSIIKEE V LAYVVQLP ...文字列:
FLGFLLGVGS AIASGVAVSK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTSKVLDLK NYIDKQLLPI VNKQSCSIPN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS NNVQIVRQQS YSIMSIIKEE V LAYVVQLP LYGVIDTPCW KLHTSPLCTT NTKEGSNICL TRTDRGWYCD NAGSVSFFPQ AETCKVQSNR VFCDTMNSLT LP SEVNLCN VDIFNPKYDC KIMTSKTDVS SSVITSLGAI VSCYGKTKCT ASNKNRGIIK TFSNGCDYVS NKGVDTVSVG NTL YYVNKQ EGKSLYVKGE PIINFYDPLV FPSDEFDASI SQVNEKINQS LAFIRKSDEL LGSGYIPEAP RDGQAYVRKD GEWV LLSTF LGRSLEVLFQ GPGHHHHHHH HSAWSHPQFE K

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #3: 2.4K Fab Heavy Chain

分子名称: 2.4K Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.694181 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGGE VKKPGASVKV SCKASGYTFT YYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISAYNGNTNY EQKFQGRVTM TTDTSTGTAY MELRSLTSD DTAVYYCARD RIVVVTAANY YGLDVWGQGT TVTVSS

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分子 #4: 2.4K Fab Light Chain

分子名称: 2.4K Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.447853 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQLTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL YRPNNKNFLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR QSGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYHT TPLTFGGGTK VDIK

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
2.0 mMTris base
200.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

詳細Prefusion-stabilized respiratory syncytial virus in complex with Fab 2.4K
粒子像選択選択した数: 918432
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5c69

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 268139
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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