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- EMDB-40852: Structure of the C-terminal protease CtpA-LbcA complex of Pseudom... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40852
タイトルStructure of the C-terminal protease CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa
マップデータ
試料
  • 複合体: CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa
    • タンパク質・ペプチド: Carboxyl-terminal protease
    • タンパク質・ペプチド: TPR repeat-containing protein PA4667
    • タンパク質・ペプチド: unidentified peptide
キーワードCtpA / LbcA / C-terminal protease / Pseudomonas aeruginosa / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


C-terminal processing peptidase / serine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
C-terminal-processing peptidase S41A / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / PDZ domain 6 / PDZ domain / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / ClpP/crotonase-like domain superfamily / TPR repeat region circular profile. ...C-terminal-processing peptidase S41A / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / PDZ domain 6 / PDZ domain / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / ClpP/crotonase-like domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxy-terminal processing protease CtpB / TPR repeat-containing protein PA4667
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Hsu H-C / Li H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI136901 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: P. aeruginosa CtpA protease adopts a novel activation mechanism to initiate the proteolytic process.
著者: Hao-Chi Hsu / Michelle Wang / Amanda Kovach / Andrew J Darwin / Huilin Li /
要旨: During bacterial cell growth, hydrolases cleave peptide cross-links between strands of the peptidoglycan sacculus to allow new strand insertion. The Pseudomonas aeruginosa carboxyl-terminal ...During bacterial cell growth, hydrolases cleave peptide cross-links between strands of the peptidoglycan sacculus to allow new strand insertion. The Pseudomonas aeruginosa carboxyl-terminal processing protease (CTP) CtpA regulates some of these hydrolases by degrading them. CtpA assembles as an inactive hexamer composed of a trimer-of-dimers, but its lipoprotein binding partner LbcA activates CtpA by an unknown mechanism. Here, we report the cryo-EM structures of the CtpA-LbcA complex. LbcA has an N-terminal adaptor domain that binds to CtpA, and a C-terminal superhelical tetratricopeptide repeat domain. One LbcA molecule attaches to each of the three vertices of a CtpA hexamer. LbcA triggers relocation of the CtpA PDZ domain, remodeling of the substrate binding pocket, and realignment of the catalytic residues. Surprisingly, only one CtpA molecule in a CtpA dimer is activated upon LbcA binding. Also, a long loop from one CtpA dimer inserts into a neighboring dimer to facilitate the proteolytic activity. This work has revealed an activation mechanism for a bacterial CTP that is strikingly different from other CTPs that have been characterized structurally.
履歴
登録2023年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40852.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40852.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.242 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.9341416 - 3.0479808
平均 (標準偏差)0.0008490718 (±0.04997741)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 397.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40852_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40852_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40852_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa

全体名称: CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa
要素
  • 複合体: CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa
    • タンパク質・ペプチド: Carboxyl-terminal protease
    • タンパク質・ペプチド: TPR repeat-containing protein PA4667
    • タンパク質・ペプチド: unidentified peptide

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超分子 #1: CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa

超分子名称: CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 420 KDa

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分子 #1: Carboxyl-terminal protease

分子名称: Carboxyl-terminal protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 42.920438 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSHMSAPLPL DELRTFAEVL DRVKAAYVEP VDDKTLLENA IKGMLSNLDP HSAYLGPEDF AELQESTSGE FGGLGIEVGS EDGFIKVVS PIDDTPAARA GIQPGDLIVQ IDGKPTKGQS MTEAVDSMRG KAGSPITLTI VRDGGRPFDV ELKRAIIKVK S VKSQVLEP ...文字列:
GSHMSAPLPL DELRTFAEVL DRVKAAYVEP VDDKTLLENA IKGMLSNLDP HSAYLGPEDF AELQESTSGE FGGLGIEVGS EDGFIKVVS PIDDTPAARA GIQPGDLIVQ IDGKPTKGQS MTEAVDSMRG KAGSPITLTI VRDGGRPFDV ELKRAIIKVK S VKSQVLEP GYAYLRITQF QVNTGEEVVK ALNQLRKDNK GRLKGLVLDL RNNPGGVLQS AVEVADAFLT KGLIVYTKGR IA NSELRFS ADPADPSDKV PLVVLINGGS AAAAEIVAGA LQDQKRAILM GTDSFGKGSV QTVLPLNNDR ALKLTTALYY TPN GRSIQA QGIVPDIEVG RAKVTQERSS FEGFKEADLQ GHLANGNGGA DRPTGKRAAP SERPQDSDYQ LSQALSLLKG LSVT RGN

UniProtKB: Carboxy-terminal processing protease CtpB

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分子 #2: TPR repeat-containing protein PA4667

分子名称: TPR repeat-containing protein PA4667 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 61.742066 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEDTAVETKA KPEKYGSFSE DSLYSLLVAE LAGQRNRFDI ALSNYVVQAQ KTRDPGVSER AFRIAEYLGA DQEALDTSLL WARSAPDNL DAQRAAAIQL ARAGRYEESM VYMEKVLNGQ GDTHFDFLAL SAAETDPDTR AGLLQSFDHL LKKYPNNGQL L FGKALLLQ ...文字列:
MEDTAVETKA KPEKYGSFSE DSLYSLLVAE LAGQRNRFDI ALSNYVVQAQ KTRDPGVSER AFRIAEYLGA DQEALDTSLL WARSAPDNL DAQRAAAIQL ARAGRYEESM VYMEKVLNGQ GDTHFDFLAL SAAETDPDTR AGLLQSFDHL LKKYPNNGQL L FGKALLLQ QDGRPDEALT LLEDNSASRH EVAPLLLRSR LLQSMKRSDE ALPLLKAGIK EHPDDKRVRL AYARLLVEQN RL DDAKAEF AGLVQQFPDD DDLRFSLALV CLEAQAWDEA RIYLEELVER DSHVDAAHFN LGRLAEEQKD TARALDEYAQ VGP GNDFLP AQLRQTDVLL KAGRVDEAAQ RLDKARSEQP DYAIQLYLIE AEALSNNDQQ EKAWQAIQEG LKQYPEDLNL LYTR SMLAE KRNDLAQMEK DLRFVIAREP DNAMALNALG YTLADRTTRY GEARELILKA HKLNPDDPAI LDSMGWINYR QGKLA DAER YLRQALQRYP DHEVAAHLGE VLWAQGRQGD ARAIWREYLD KQPDSDVLRR TIKRLTGAET P

UniProtKB: TPR repeat-containing protein PA4667

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分子 #3: unidentified peptide

分子名称: unidentified peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 613.749 Da
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris
100.0 mMKClKCl
5.0 mMMgCl2MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 26257 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2090314
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7rqh

最終 再構成使用したクラス数: 4 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.8) / 使用した粒子像数: 1185591
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.8)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.8)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7rqh

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7rqf

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 196.3
得られたモデル

PDB-8sxh:
Structure of the C-terminal protease CtpA-LbcA complex of Pseudomonas aeruginosa

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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