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万見
- EMDB-40838: Negative stain EM map 6 of polyclonal serum from rabbit immunized... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40838
タイトルNegative stain EM map 6 of polyclonal serum from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5 in complex with MI15 HA-foldon
マップデータNegative stain EM map of polyclonal serum from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5 in complex with MI15 HA-foldon.
試料
  • 複合体: polyclonal serum cleaved to Fabs from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5 in complex with MI15 HA-foldon
    • 複合体: polyclonal serum cleaved to Fabs from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5
    • 複合体: MI15 HA-foldon
キーワードFab / Serum / Influenza Hemagglutinin / Immune Complex / IMMUNE SYSTEM
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.9 Å
データ登録者Dosey A / King NP
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Open Philanthropy68-0683 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Combinatorial immune refocusing within the influenza hemagglutinin RBD improves cross-neutralizing antibody responses.
著者: Annie Dosey / Daniel Ellis / Seyhan Boyoglu-Barnum / Hubza Syeda / Mason Saunders / Michael J Watson / John C Kraft / Minh N Pham / Miklos Guttman / Kelly K Lee / Masaru Kanekiyo / Neil P King /
要旨: The receptor-binding domain (RBD) of influenza virus hemagglutinin (HA) elicits potently neutralizing yet mostly strain-specific antibodies. Here, we evaluate the ability of several immunofocusing ...The receptor-binding domain (RBD) of influenza virus hemagglutinin (HA) elicits potently neutralizing yet mostly strain-specific antibodies. Here, we evaluate the ability of several immunofocusing techniques to enhance the functional breadth of vaccine-elicited immune responses against the HA RBD. We present a series of "trihead" nanoparticle immunogens that display native-like closed trimeric RBDs from the HAs of several H1N1 influenza viruses. The series includes hyperglycosylated and hypervariable variants that incorporate natural and designed sequence diversity at key positions in the receptor-binding site periphery. Nanoparticle immunogens displaying triheads or hyperglycosylated triheads elicit higher hemagglutination inhibition (HAI) and neutralizing activity than the corresponding immunogens lacking either trimer-stabilizing mutations or hyperglycosylation. By contrast, mosaic nanoparticle display and antigen hypervariation do not significantly alter the magnitude or breadth of vaccine-elicited antibodies. Our results yield important insights into antibody responses against the RBD and the ability of several structure-based immunofocusing techniques to influence vaccine-elicited antibody responses.
履歴
登録2023年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40838.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40838.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of polyclonal serum from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5 in complex with MI15 HA-foldon.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.49 Å/pix.
x 192 pix.
= 478.08 Å		2.49 Å/pix.
x 192 pix.
= 478.08 Å		2.49 Å/pix.
x 192 pix.
= 478.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.49 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-0.6097439 - 4.797508
平均 (標準偏差)0.0036733265 (±0.19163626)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 478.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Negative stain EM map of polyclonal serum from...

ファイルemd_40838_half_map_1.map
注釈Negative stain EM map of polyclonal serum from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5 in complex with MI15 HA-foldon.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain EM map of polyclonal serum from...

ファイルemd_40838_half_map_2.map
注釈Negative stain EM map of polyclonal serum from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5 in complex with MI15 HA-foldon.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : polyclonal serum cleaved to Fabs from rabbit immunized with Trihe...

全体名称: polyclonal serum cleaved to Fabs from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5 in complex with MI15 HA-foldon
要素
  • 複合体: polyclonal serum cleaved to Fabs from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5 in complex with MI15 HA-foldon
    • 複合体: polyclonal serum cleaved to Fabs from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5
    • 複合体: MI15 HA-foldon

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超分子 #1: polyclonal serum cleaved to Fabs from rabbit immunized with Trihe...

超分子名称: polyclonal serum cleaved to Fabs from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5 in complex with MI15 HA-foldon
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: polyclonal serum cleaved to Fabs from rabbit immunized with Trihe...

超分子名称: polyclonal serum cleaved to Fabs from rabbit immunized with Trihead-Hypervariable-Mosaic-I53_dn5
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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超分子 #3: MI15 HA-foldon

超分子名称: MI15 HA-foldon / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: MI15

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS L120C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Talos L120C / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab Initio model generation
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 3000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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