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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) bound to DHEA-S in MSP lipid nanodisc | |||||||||
![]() | Output density from cryoSPARC non-uniform refinement. | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Platelet degranulation / Paracetamol ADME / Azathioprine ADME / ABC-family proteins mediated transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pourmal S / Stroud RM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of prostaglandin efflux by MRP4. 著者: Sergei Pourmal / Evan Green / Ruchika Bajaj / Ilan E Chemmama / Giselle M Knudsen / Meghna Gupta / Andrej Sali / Yifan Cheng / Charles S Craik / Deanna L Kroetz / Robert M Stroud / ![]() 要旨: Multidrug resistance protein 4 (MRP4) is a broadly expressed ATP-binding cassette transporter that is unique among the MRP subfamily for transporting prostanoids, a group of signaling molecules ...Multidrug resistance protein 4 (MRP4) is a broadly expressed ATP-binding cassette transporter that is unique among the MRP subfamily for transporting prostanoids, a group of signaling molecules derived from unsaturated fatty acids. To better understand the basis of the substrate selectivity of MRP4, we used cryogenic-electron microscopy to determine six structures of nanodisc-reconstituted MRP4 at various stages throughout its transport cycle. Substrate-bound structures of MRP4 in complex with PGE, PGE and the sulfonated-sterol DHEA-S reveal a common binding site that accommodates a diverse set of organic anions and suggest an allosteric mechanism for substrate-induced enhancement of MRP4 ATPase activity. Our structure of a catalytically compromised MRP4 mutant bound to ATP-Mg is outward-occluded, a conformation previously unobserved in the MRP subfamily and consistent with an alternating-access transport mechanism. Our study provides insights into the endogenous function of this versatile efflux transporter and establishes a basis for MRP4-targeted drug design. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 72.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 90 MB 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Output density from cryoSPARC non-uniform refinement. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.835 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Output density from DeepEMhancer. Inputs are two half...
ファイル | emd_40826_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Output density from DeepEMhancer. Inputs are two half maps from cryoSPARC non-uniform refinement, using the "high resolution" protocol. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A from cryoSPARC non-uniform refinement.
ファイル | emd_40826_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A from cryoSPARC non-uniform refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B from cryoSPARC non-uniform refinement.
ファイル | emd_40826_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B from cryoSPARC non-uniform refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) bound to DHEA-S in M...
全体 | 名称: Bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) bound to DHEA-S in MSP lipid nanodisc |
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要素 |
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-超分子 #1: Bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) bound to DHEA-S in M...
超分子 | 名称: Bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) bound to DHEA-S in MSP lipid nanodisc タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Multidrug resistance-associated protein 4
分子 | 名称: Multidrug resistance-associated protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 149.587297 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MQPVYPEVKP NPLRNANLCS RIFFWWLNPL FKIGHKRRLE EDDMYSVLPE DRSQHLGEEL QGYWDQEVLR AEKDAREPSL TKAIIKCYW KSYVVLGIFT LIEESTRVVQ PIILGKIIGY FENYDPSDSA ALYEAHGYAG VLSACTLVLA ILHHLYFYHV Q CAGMRLRV ...文字列: MQPVYPEVKP NPLRNANLCS RIFFWWLNPL FKIGHKRRLE EDDMYSVLPE DRSQHLGEEL QGYWDQEVLR AEKDAREPSL TKAIIKCYW KSYVVLGIFT LIEESTRVVQ PIILGKIIGY FENYDPSDSA ALYEAHGYAG VLSACTLVLA ILHHLYFYHV Q CAGMRLRV AMCHMIYRKA LRLSNSAMGK TTTGQIVNLL SNDVNKFDQV TIFLHFLWAG PLQAIVVTAL LWMEIGISCL AG MAVLIIL LPLQSCIGKL FSSLRSKTAA FTDTRIRTMN EVITGIRIIK MYAWEKSFAD LITNLRRKEI SKILRSSYLR GMN LASFFV ASKIIVFVTF TTYVFLGNVI TASRVFVAVS LYGAVRLTVT LFFPSAVEKV SEAFVSIRRI KNFLLLDEIT QLHS QLPSD GKMIVNVQDF TAFWDKASDT PTLQSLSFTV RPGELLAVVG PVGAGKSSLL SAVLGELPPN QGQVSVHGRI AYVSQ QPWV FSGTVRSNIL FGKKYEKERY EKVIKACALK KDLQLLEDGD LTMIGDRGTT LSGGQKARVN LARAVYQDAD IYLLDD PLS AVDAEVSRHL FELCICQALH EKIRILVTHQ LQYLKAASQI LILKDGQMVQ KGTYTEFLKS GIDFGSLLKK ENEEAEP SP VPGSPTLRNR TFSESSVWSQ QSSRPSLKEA TPEGQDTENI QVTLTEESRS EGKVGFKAYK NYFTAGAHWF IIIFLILV N LAAQVSYILQ DWWLSYWANQ QSALNVTVNG QGNVTEKLDL NWYLGIYSGL TASTVLFGIV RSLLVFFVLV SSSQTLHNQ MFESILRAPV LFFDRNPIGR ILNRFSKDIG HMDDLLPLTY LDFIQTFLQV IGVVGVAVAV IPWIAIPLVP LGIVFFVLRR YFLETSRDV KRLESTTRSP VFSHLSSSLQ GLWTIRAYKA EQRFQELFDS HQDLHSEAWF LFLTTSRWFA VRLDAICAVF V IVVAFGSL ILAKTLDAGQ VGLALSYALT LMGMFQWCVR QSAEVENMMI SVERVIEYTD LEKEAPWEYQ KRPLPSWPHE GV IIFDNVN FSYSLDGPLV LKHLTALIKS KEKVGIVGRT GAGKSSLIAA LFRLSEPEGK IWIDKILTTE IGLHDLRKKM SII PQEPVL FTGTMRKNLD PFNEHSDEEL WNALEEVQLK EAIEDLPGKM DTELAESGSN FSVGQRQLVC LARAILRKNR ILII DEATA NVDPRTDELI QKKIREKFAH CTVLTIAHRL NTIIDSDKIM VLDSGRLKEY DEPYVLLQNR DSLFYKMVQQ LGKAE AAAL TETAKQVYFK RNYPDITHNG HVVMNASSGQ PSAFTIFETA L UniProtKB: ATP binding cassette subfamily C member 4 |
-分子 #2: 17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate
分子 | 名称: 17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZWY |
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分子量 | 理論値: 368.488 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ZWY: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 200 uM DHEA-S, 2% DMSO |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Multidrug resistance-associated protein (MRP4) in MSP lipid nanodisc |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6875 / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 5330431 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Stochastic gradient descent from particle images |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 360511 |