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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40596 | |||||||||
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タイトル | Focused map of the cytoplasmic domains of rat TRPM5, conformation high-1 | |||||||||
マップデータ | Focused map of the rat TRPM5 cytoplasmic domain, conformation high-1, sharpened | |||||||||
試料 |
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キーワード | ion channel / Transient Receptor Potential / TRP / Transient Receptor Potential Melastatin 5 / TRPM5 / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Karuppan S / Schrag LG / Jara-Oseguera A / Zubcevic L | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Structural dynamics at cytosolic interprotomer interfaces control gating of a mammalian TRPM5 channel. 著者: Sebastian Karuppan / Lynn Goss Schrag / Caroline M Pastrano / Andrés Jara-Oseguera / Lejla Zubcevic / 要旨: The transient receptor potential melastatin (TRPM) tetrameric cation channels are involved in a wide range of biological functions, from temperature sensing and taste transduction to regulation of ...The transient receptor potential melastatin (TRPM) tetrameric cation channels are involved in a wide range of biological functions, from temperature sensing and taste transduction to regulation of cardiac function, inflammatory pain, and insulin secretion. The structurally conserved TRPM cytoplasmic domains make up >70 % of the total protein. To investigate the mechanism by which the TRPM cytoplasmic domains contribute to gating, we employed electrophysiology and cryo-EM to study TRPM5-a channel that primarily relies on activation via intracellular Ca. Here, we show that activation of mammalian TRPM5 channels is strongly altered by Ca-dependent desensitization. Structures of rat TRPM5 identify a series of conformational transitions triggered by Ca binding, whereby formation and dissolution of cytoplasmic interprotomer interfaces appear to control activation and desensitization of the channel. This study shows the importance of the cytoplasmic assembly in TRPM5 channel function and sets the stage for future investigations of other members of the TRPM family. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40596.map.gz | 167.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40596-v30.xml emd-40596.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40596.png | 54.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40596.cif.gz | 4.5 KB | ||
その他 | emd_40596_additional_1.map.gz emd_40596_half_map_1.map.gz emd_40596_half_map_2.map.gz | 87.8 MB 165.1 MB 165.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40596 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40596 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40596_validation.pdf.gz | 774.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40596_full_validation.pdf.gz | 774 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40596_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40596_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40596 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40596 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Focused map of the rat TRPM5 cytoplasmic domain, conformation high-1, sharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Focused map of the rat TRPM5 cytoplasmic domain,...
ファイル | emd_40596_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused map of the rat TRPM5 cytoplasmic domain, conformation high-1, not sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Focused map of the rat TRPM5 cytoplasmic domain,...
ファイル | emd_40596_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused map of the rat TRPM5 cytoplasmic domain, conformation high-1, half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Focused map of the rat TRPM5 cytoplasmic domain,...
ファイル | emd_40596_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused map of the rat TRPM5 cytoplasmic domain, conformation high-1, half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Transient Receptor Potential Melastatin 5 (TRPM5)
全体 | 名称: Transient Receptor Potential Melastatin 5 (TRPM5) |
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要素 |
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-超分子 #1: Transient Receptor Potential Melastatin 5 (TRPM5)
超分子 | 名称: Transient Receptor Potential Melastatin 5 (TRPM5) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 520 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 296.15 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other / 詳細: model generated in this study |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |