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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40522 | |||||||||
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タイトル | Origin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to H4K20me3-nucleosome | |||||||||
マップデータ | unsharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | chromatin binding / ORC binding / nucleosome / REPLICATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / Activation of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / origin recognition complex / establishment of protein localization to chromatin / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / methyl-CpG binding ...Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / Activation of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / origin recognition complex / establishment of protein localization to chromatin / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / methyl-CpG binding / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / heterochromatin / pericentric heterochromatin / methylated histone binding / kinetochore / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein heterodimerization activity / chromatin binding / centrosome / chromatin / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Bleichert F / Ekundayo BE | |||||||||
資金援助 | 米国, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2023 タイトル: A dual role for the chromatin reader ORCA/LRWD1 in targeting the origin recognition complex to chromatin. 著者: Sumon Sahu / Babatunde E Ekundayo / Ashish Kumar / Franziska Bleichert / 要旨: Eukaryotic cells use chromatin marks to regulate the initiation of DNA replication. The origin recognition complex (ORC)-associated protein ORCA plays a critical role in heterochromatin replication ...Eukaryotic cells use chromatin marks to regulate the initiation of DNA replication. The origin recognition complex (ORC)-associated protein ORCA plays a critical role in heterochromatin replication in mammalian cells by recruiting the initiator ORC, but the underlying mechanisms remain unclear. Here, we report crystal and cryo-electron microscopy structures of ORCA in complex with ORC's Orc2 subunit and nucleosomes, establishing that ORCA orchestrates ternary complex assembly by simultaneously recognizing a highly conserved peptide sequence in Orc2, nucleosomal DNA, and repressive histone trimethylation marks through an aromatic cage. Unexpectedly, binding of ORCA to nucleosomes prevents chromatin array compaction in a manner that relies on H4K20 trimethylation, a histone modification critical for heterochromatin replication. We further show that ORCA is necessary and sufficient to specifically recruit ORC into chromatin condensates marked by H4K20 trimethylation, providing a paradigm for studying replication initiation in specific chromatin contexts. Collectively, our findings support a model in which ORCA not only serves as a platform for ORC recruitment to nucleosomes bearing specific histone marks but also helps establish a local chromatin environment conducive to subsequent MCM2-7 loading. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40522.map.gz | 92.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40522-v30.xml emd-40522.xml | 28.5 KB 28.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40522_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40522.png | 94.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40522.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_40522_additional_1.map.gz emd_40522_additional_2.map.gz emd_40522_half_map_1.map.gz emd_40522_half_map_2.map.gz | 91 MB 97.2 MB 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40522 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40522 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40522_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40522_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40522_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40522_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40522 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40522 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8siyMC 8siuC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40522.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: DeepEMhancer map
ファイル | emd_40522_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | DeepEMhancer map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: sharpened map
ファイル | emd_40522_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap
ファイル | emd_40522_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap
ファイル | emd_40522_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : ORCA-nucleosome (H4K20me3) complex
+超分子 #1: ORCA-nucleosome (H4K20me3) complex
+超分子 #2: Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1, Origin re...
+超分子 #3: Histone H3.2, Histone H4, Histone H2A, Histone H2B, Widom 601 DNA
+分子 #1: Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1
+分子 #2: Histone H3.2
+分子 #3: Histone H4
+分子 #4: Histone H2A
+分子 #5: Histone H2B
+分子 #8: Origin recognition complex subunit 2
+分子 #6: Widom 601 DNA
+分子 #7: Widom 601 DNA
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |