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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40480 | ||||||||||||
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タイトル | TUBB4B and TUBA1A Heterodimer from Human Respiratory Doublet Microtubules | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Cilia / Axoneme / Microtubule / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Post-chaperonin tubulin folding pathway / axonemal microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / neuron projection arborization ...Post-chaperonin tubulin folding pathway / axonemal microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / neuron projection arborization / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / cerebellar cortex morphogenesis / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly / dentate gyrus development / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / pyramidal neuron differentiation / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Kinesins / centrosome cycle / natural killer cell mediated cytotoxicity / motor behavior / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / response to L-glutamate / smoothened signaling pathway / intercellular bridge / regulation of synapse organization / startle response / MHC class I protein binding / locomotory exploration behavior / microtubule polymerization / Recycling pathway of L1 / microtubule-based process / RHO GTPases activate IQGAPs / response to tumor necrosis factor / Hedgehog 'off' state / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / response to mechanical stimulus / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / cellular response to calcium ion / MHC class II antigen presentation / AURKA Activation by TPX2 / adult locomotory behavior / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / synapse organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / intracellular protein transport / neuron migration / visual learning / neuromuscular junction / PKR-mediated signaling / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / memory / cerebral cortex development / Aggrephagy / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / azurophil granule lumen / double-stranded RNA binding / extracellular vesicle / unfolded protein binding / mitotic cell cycle / gene expression / neuron apoptotic process / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Anderson JR / Gui M / Brown A | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: TUBB4B variants specifically impact ciliary function, causing a ciliopathic spectrum 著者: Anderson JR / Gui M / Brown A | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40480.map.gz | 16.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40480-v30.xml emd-40480.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40480_fsc.xml | 17.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40480.png | 54.9 KB | ||
マスクデータ | emd_40480_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-40480.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_40480_half_map_1.map.gz emd_40480_half_map_2.map.gz | 408 MB 408.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40480 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40480 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40480_validation.pdf.gz | 723.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40480_full_validation.pdf.gz | 722.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40480_validation.xml.gz | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40480_validation.cif.gz | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40480 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40480 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8sh7MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_40480_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40480_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40480_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TUBB4B and TUBA1A Heterodimer from Human Respiratory Doublet Micr...
全体 | 名称: TUBB4B and TUBA1A Heterodimer from Human Respiratory Doublet Microtubules |
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要素 |
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-超分子 #1: TUBB4B and TUBA1A Heterodimer from Human Respiratory Doublet Micr...
超分子 | 名称: TUBB4B and TUBA1A Heterodimer from Human Respiratory Doublet Microtubules タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 99.6 KDa |
-分子 #1: Tubulin alpha-1A chain
分子 | 名称: Tubulin alpha-1A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 50.188441 KDa |
配列 | 文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain |
-分子 #2: Tubulin beta-4B chain
分子 | 名称: Tubulin beta-4B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.877824 KDa |
配列 | 文字列: MREIVHLQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY YNEATGGKYV PRAVLVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列: MREIVHLQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY YNEATGGKYV PRAVLVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATAEEEGE FEEEAEEEVA UniProtKB: Tubulin beta-4B chain |
-分子 #3: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GDP |
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分子量 | 理論値: 443.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-GDP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.3 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |