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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40355 | |||||||||
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タイトル | Structure of rat organic anion transporter 1 (OAT1) in complex with probenecid | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | organic anion transporter / OAT / SLC22 / drug transporter / probenecid / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Organic anion transport / renal tubular secretion / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / alpha-ketoglutarate transport / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / prostaglandin transport / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport ...Organic anion transport / renal tubular secretion / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / alpha-ketoglutarate transport / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / prostaglandin transport / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / organic anion transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / monoatomic anion transport / antiporter activity / chloride ion binding / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / basal plasma membrane / caveola / response to organic cyclic compound / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | |||||||||
データ登録者 | Dou T / Jiang J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: The substrate and inhibitor binding mechanism of polyspecific transporter OAT1 revealed by high-resolution cryo-EM. 著者: Tongyi Dou / Tengfei Lian / Shi Shu / Yi He / Jiansen Jiang / 要旨: Organic anion transporters (OATs) of the SLC22 family have crucial roles in the transport of organic anions, including metabolites and therapeutic drugs, and in transporter-mediated drug-drug ...Organic anion transporters (OATs) of the SLC22 family have crucial roles in the transport of organic anions, including metabolites and therapeutic drugs, and in transporter-mediated drug-drug interactions. In the kidneys, OATs facilitate the elimination of metabolic waste products and xenobiotics. However, their transport activities can lead to the accumulation of certain toxic compounds within cells, causing kidney damage. Moreover, OATs are important drug targets, because their inhibition modulates the elimination or retention of substrates linked to diseases. Despite extensive research on OATs, the molecular basis of their substrate and inhibitor binding remains poorly understood. Here we report the cryo-EM structures of rat OAT1 (also known as SLC22A6) and its complexes with para-aminohippuric acid and probenecid at 2.1, 2.8 and 2.9 Å resolution, respectively. Our findings reveal a highly conserved substrate binding mechanism for SLC22 transporters, wherein four aromatic residues form a cage to accommodate the polyspecific binding of diverse compounds. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40355.map.gz | 14.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40355-v30.xml emd-40355.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40355_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40355.png | 81.5 KB | ||
マスクデータ | emd_40355_msk_1.map | 15.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-40355.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_40355_half_map_1.map.gz emd_40355_half_map_2.map.gz | 14.5 MB 14.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40355 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40355 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40355_validation.pdf.gz | 913.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40355_full_validation.pdf.gz | 913 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40355_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40355_validation.cif.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40355 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40355 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8sdzMC 8sduC 8sdyC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_40355_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40355_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40355_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rat OAT1/probenecid complex solubilized in detergent LMNG
全体 | 名称: Rat OAT1/probenecid complex solubilized in detergent LMNG |
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要素 |
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-超分子 #1: Rat OAT1/probenecid complex solubilized in detergent LMNG
超分子 | 名称: Rat OAT1/probenecid complex solubilized in detergent LMNG タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 61 KDa |
-分子 #1: Solute carrier family 22 member 6
分子 | 名称: Solute carrier family 22 member 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 60.816836 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAFNDLLKQV GGVGRFQLIQ VTMVVAPLLL MASHNTLQNF TAAIPPHHCR PPANANLSKD GGLEAWLPLD KQGQPESCLR FTSPQWGPP FYNGTEANGT RVTEPCIDGW VYDNSTFPST IVTEWNLVCS HRAFRQLAQS LYMVGVLLGA MVFGYLADRL G RRKVLILN ...文字列: MAFNDLLKQV GGVGRFQLIQ VTMVVAPLLL MASHNTLQNF TAAIPPHHCR PPANANLSKD GGLEAWLPLD KQGQPESCLR FTSPQWGPP FYNGTEANGT RVTEPCIDGW VYDNSTFPST IVTEWNLVCS HRAFRQLAQS LYMVGVLLGA MVFGYLADRL G RRKVLILN YLQTAVSGTC AAYAPNYTVY CVFRLLSGMS LASIAINCMT LNVEWMPIHT RAYVGTLIGY VYSLGQFLLA GI AYAVPHW RHLQLVVSVP FFIAFIYSWF FIESARWYSS SGRLDLTLRA LQRVARINGK QEEGAKLSIE VLRTSLQKEL TLS KGQASA MELLRCPTLR HLFLCLSMLW FATSFAYYGL VMDLQGFGVS MYLIQVIFGA VDLPAKFVCF LVINSMGRRP AQMA SLLLA GICILVNGII PKSHTIIRTS LAVLGKGCLA SSFNCIFLYT GELYPTVIRQ TGLGMGSTMA RVGSIVSPLV SMTAE FYPS MPLFIFGAVP VVASAVTALL PETLGQPLPD TVQDLKSRSR GKQNQQQQEQ QKQMMPLQAS TQEKNGL UniProtKB: Solute carrier family 22 member 6 |
-分子 #2: 4-(dipropylsulfamoyl)benzoic acid
分子 | 名称: 4-(dipropylsulfamoyl)benzoic acid / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: RTO |
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分子量 | 理論値: 285.359 Da |
Chemical component information | ChemComp-RTO: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 22 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: TBS buffer (20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, pH 8.0) with 0.01% LMNG |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4160 / 平均露光時間: 6.25 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8sdz: |