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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of DH270.6-CH848.0526.25 | ||||||||||||
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![]() | HIV-1 / antibody / DH270.6 / CH848.0526.25 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
![]() | Henderson R / Zhou Y / Stalls V / Bartesaghi B / Acharya P | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for breadth development in the HIV-1 V3-glycan targeting DH270 antibody clonal lineage. 著者: Rory Henderson / Ye Zhou / Victoria Stalls / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Kshitij Wagh / Kara Anasti / Maggie Barr / Robert Parks / S Munir Alam / Bette Korber / Barton F Haynes / Alberto ...著者: Rory Henderson / Ye Zhou / Victoria Stalls / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Kshitij Wagh / Kara Anasti / Maggie Barr / Robert Parks / S Munir Alam / Bette Korber / Barton F Haynes / Alberto Bartesaghi / Priyamvada Acharya / ![]() 要旨: Antibody affinity maturation enables adaptive immune responses to a wide range of pathogens. In some individuals broadly neutralizing antibodies develop to recognize rapidly mutating pathogens with ...Antibody affinity maturation enables adaptive immune responses to a wide range of pathogens. In some individuals broadly neutralizing antibodies develop to recognize rapidly mutating pathogens with extensive sequence diversity. Vaccine design for pathogens such as HIV-1 and influenza has therefore focused on recapitulating the natural affinity maturation process. Here, we determine structures of antibodies in complex with HIV-1 Envelope for all observed members and ancestral states of the broadly neutralizing HIV-1 V3-glycan targeting DH270 antibody clonal B cell lineage. These structures track the development of neutralization breadth from the unmutated common ancestor and define affinity maturation at high spatial resolution. By elucidating contacts mediated by key mutations at different stages of antibody development we identified sites on the epitope-paratope interface that are the focus of affinity optimization. Thus, our results identify bottlenecks on the path to natural affinity maturation and reveal solutions for these that will inform immunogen design aimed at eliciting a broadly neutralizing immune response by vaccination. #1: ![]() タイトル: Structural basis for breadth development in a HIV-1 neutralizing antibody 著者: Henderson R / Zhou Y / Stalls V / Wiehe K / Saunders KO / Wagh K / Anasti K / Barr M / Parks R / Alam SM / Korber B / Haynes BF / Bartesaghi A / Acharya P | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 25.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.2 KB 24.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 98.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 27 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 25.1 MB 25.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8saqMC ![]() 8salC ![]() 8sanC ![]() 8sarC ![]() 8sasC ![]() 8satC ![]() 8sauC ![]() 8savC ![]() 8sawC ![]() 8saxC ![]() 8sayC ![]() 8sazC ![]() 8sb0C ![]() 8sb1C ![]() 8sb2C ![]() 8sb3C ![]() 8sb4C ![]() 8sb5C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.066 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40275_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40275_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : DH270.6-CH848.0526.25
全体 | 名称: DH270.6-CH848.0526.25 |
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要素 |
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-超分子 #1: DH270.6-CH848.0526.25
超分子 | 名称: DH270.6-CH848.0526.25 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: CH848.0526.25 gp120
分子 | 名称: CH848.0526.25 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 54.806148 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELFLENVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL ICSNATVNNR TAYDTRSNVN VTSINNTIMG EMKNCSFNTT TEIRDKEKKE YALFYKPDIV P LNETSNTS ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELFLENVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL ICSNATVNNR TAYDTRSNVN VTSINNTIMG EMKNCSFNTT TEIRDKEKKE YALFYKPDIV P LNETSNTS EYRLINCNTS ACTQACPKVT FEPIPIHYCA PAGYAILKCN NETFNGTGPC SNVSTVQCTH GIRPVVSTQL LL NGSLAEK EIVIRSENLT NNAKIIIVHL NTSVEIVCTR PGNNTRKSVR IGPGQTFYAT GDIIGDIRQA HCNISEKQWN ETL QKVGKE LQKHFPNKTI KYERSAGGDM EIATHSFNCG GEFFYCNTSK LFNGTYNGTD INISTNSNST ITLQCRIKQI INMW QGVGR CMYAPPIAGN ITCKSNITGL LLTRDGGTNS NKTEETFRPA GGDMRDNWRS ELYKYKVVKI EPLGVAPTRC KRRVV GRRR RRR |
-分子 #2: CH848.0526.25 gp41
分子 | 名称: CH848.0526.25 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #3: DH270.6 variable heavy chain
分子 | 名称: DH270.6 variable heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 14.25681 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAQ MKNPGASVKV SCAPSGYTFT DFYIHWLRQA PGQGLQWMGW MNPQTGRTNT ARNFQGRVTM TRDTSIGTAY MELRSLTSD DTAIYYCTTG GWISLYYDSS YYPNFDHWGQ GTLLTVSS |
-分子 #4: DH270.6 variable light chain
分子 | 名称: DH270.6 variable light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.510762 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTKYDVG SHDLVSWYQQ YPGKVPKYMI YEVNKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL RAEDEADYY CCSFGGSATV VCGGGTKVTV L |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.1 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 119542 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |