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万見
- EMDB-40272: BtCoV-422 in complex with neutralizing antibody JC57-11 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40272
タイトルBtCoV-422 in complex with neutralizing antibody JC57-11
マップデータ
試料
  • 複合体: btCoV-422 in complex with JC57-11 Fab
    • 複合体: btCoV-422 spike
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: JC57-11 Fab
      • タンパク質・ペプチド: JC57-11 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: JC57-11 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードcoronavirus / MERS / neutralizing / antibody / MERS-like / merbecovirus / bat / virus / CDRH3 / RBD / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU4-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU4-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) / Macaca (オナガザル) / unclassified Merbecovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者McFadden E / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates Foundation26-7535-3450 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: A MERS-CoV antibody neutralizes a pre-emerging group 2c bat coronavirus.
著者: Longping V Tse / Yixuan J Hou / Elizabeth McFadden / Rhianna E Lee / Trevor D Scobey / Sarah R Leist / David R Martinez / Rita M Meganck / Alexandra Schäfer / Boyd L Yount / Teresa Mascenik ...著者: Longping V Tse / Yixuan J Hou / Elizabeth McFadden / Rhianna E Lee / Trevor D Scobey / Sarah R Leist / David R Martinez / Rita M Meganck / Alexandra Schäfer / Boyd L Yount / Teresa Mascenik / John M Powers / Scott H Randell / Yi Zhang / Lingshu Wang / John Mascola / Jason S McLellan / Ralph S Baric /
要旨: The repeated emergence of zoonotic human betacoronaviruses (β-CoVs) dictates the need for broad therapeutics and conserved epitope targets for countermeasure design. Middle East respiratory syndrome ...The repeated emergence of zoonotic human betacoronaviruses (β-CoVs) dictates the need for broad therapeutics and conserved epitope targets for countermeasure design. Middle East respiratory syndrome (MERS)-related coronaviruses (CoVs) remain a pressing concern for global health preparedness. Using metagenomic sequence data and CoV reverse genetics, we recovered a full-length wild-type MERS-like BtCoV//GD/2014-422 (BtCoV-422) recombinant virus, as well as two reporter viruses, and evaluated their human emergence potential and susceptibility to currently available countermeasures. Similar to MERS-CoV, BtCoV-422 efficiently used human and other mammalian dipeptidyl peptidase protein 4 (DPP4) proteins as entry receptors and an alternative DPP4-independent infection route in the presence of exogenous proteases. BtCoV-422 also replicated efficiently in primary human airway, lung endothelial, and fibroblast cells, although less efficiently than MERS-CoV. However, BtCoV-422 shows minor signs of infection in 288/330 human DPP4 transgenic mice. Several broad CoV antivirals, including nucleoside analogs and 3C-like/M protease inhibitors, demonstrated potent inhibition against BtCoV-422 in vitro. Serum from mice that received a MERS-CoV mRNA vaccine showed reduced neutralizing activity against BtCoV-422. Although most MERS-CoV-neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) had limited activity, one anti-MERS receptor binding domain mAb, JC57-11, neutralized BtCoV-422 potently. A cryo-electron microscopy structure of JC57-11 in complex with BtCoV-422 spike protein revealed the mechanism of cross-neutralization involving occlusion of the DPP4 binding site, highlighting its potential as a broadly neutralizing mAb for group 2c CoVs that use DPP4 as a receptor. These studies provide critical insights into MERS-like CoVs and provide candidates for countermeasure development.
履歴
登録2023年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月4日-
マップ公開2023年10月4日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40272.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40272.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8332 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 1.0
最小 - 最大-7.3040853 - 158.846830000000011
平均 (標準偏差)0.009841617 (±1.1899344)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 333.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : btCoV-422 in complex with JC57-11 Fab

全体名称: btCoV-422 in complex with JC57-11 Fab
要素
  • 複合体: btCoV-422 in complex with JC57-11 Fab
    • 複合体: btCoV-422 spike
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: JC57-11 Fab
      • タンパク質・ペプチド: JC57-11 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: JC57-11 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: btCoV-422 in complex with JC57-11 Fab

超分子名称: btCoV-422 in complex with JC57-11 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 650 KDa

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超分子 #2: btCoV-422 spike

超分子名称: btCoV-422 spike / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 600 KDa

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超分子 #3: JC57-11 Fab

超分子名称: JC57-11 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 50 KDa

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unclassified Merbecovirus (ウイルス)
分子量理論値: 142.101109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRLSVCLLMF LLTPIKGDVD SGPPSSATSC KEADMRNSSS EFFNKQWPMP INASKADGII YPTGKSYSNI SLTLQGLFPK HGDLGEQYI YSVGHSDSNY DYLGKLFVSD YATKVVPFNN GFVVRIGAAA NATGSVIIST VQKTIKKIYP AFMLGSSVGN F SNGVSGRY ...文字列:
MRLSVCLLMF LLTPIKGDVD SGPPSSATSC KEADMRNSSS EFFNKQWPMP INASKADGII YPTGKSYSNI SLTLQGLFPK HGDLGEQYI YSVGHSDSNY DYLGKLFVSD YATKVVPFNN GFVVRIGAAA NATGSVIIST VQKTIKKIYP AFMLGSSVGN F SNGVSGRY FNHTLLLLPD GCGTRLWALY CVIEPRNGSY CPGNSNYNTF AVFDTPHTDC TSAGYNTNAT LNSFKEYFDL QN CSFIYSF NITEDENAEW FGITQNTQGV HLYSSRKGDL YGSNMFLFAT LPVYDGIKYY TVIPRSIRSK YSERQAWAAF YIY SLHKLT YLLDFSVDGY IRRAVDCGHD DLSQLYCSYE SFDVGSGVYS VSSFEVHSRG QFIEQPNSVE CDFTKLLSGT PPQV YNFNR LVFTNCNYNL TKLLSLFMVN EFSCDGISPD AIARGCYSSL TVDYFAYPLS MKSYMQPGSA GVISQYNYKQ SFANP TCRI FATAPANLTI TKPSSYSFIS KCSRLTGDNS HIETPIVINP GEYSICKNFA PNGFSQDGDY FTRQLSQLEG GGILVG VGS VTPMTDTLQM GFIISVQYGT DTNSVCPMMD LGNSTTITDK LGVCVEYNLY GVSGRGVFIN CTAVGVKQQR FVYDGFD NL IGYYSDDGNY YCVRPCVSVP LSVVYDKTTN SHATIFGSVA CEHITTMLHQ FSRTTQASLR MRDVSNSGPL QTAVGCVI G LVNSSMVVDN CQLPLGQSLC AVPSTTRSSS QLQLATINYT QPQLLSPLNS SGFVVQVPTN FSFGITQEYI QTTIQKVTV DCKQYVCNGF QKCEQLLREY GQFCAKINQA LHGANLMQDE SVANLFSDIK THKSQPLNAG LNGDFNLTLL QVPQVSTSQY SHRSPIEDL LFNKVTIADP GYMQGYDDCM KQGPPSARDL ICAQYVAGYK VLPPLYDPNM EGAYTSSLLG SIAGAGWTAG L SSFAAIPF AQSIFYRMNG IGITQQVLSE NQKLIANKFN QALGAMQTGF TTTNLAFSKV QDAVNANAQA LSKLASELSN TF GAISSSI SDILKRLDPP EQEAQIDRLI NGRLTSLNAF VAQQLVRSET AARSAQLASD KVNECVKSQS KRNGFCGSGT HIV SFVINA PNGFYFFHVG YVPTNHVNVT AAYGLCNTDT PPRCIAPIDG YFVLNNTTTR DVVDQWYYTG SSFFNPEPIT MANA RYVSQ DVKFENLTNQ LPPPLLNNQT DLDFKEELEE FFKNVSSQGP NFQEISKINT TLLDLSTEMK VLNEVVKQLN ESYID LKEL GNYSY

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: JC57-11 Fab heavy chain

分子名称: JC57-11 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 25.0371 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLLESGPG VVRPSETLSL SCAVSGGSIS DSYRWSWIRQ PPGKGLEWVG YIFATGTTTN YNPSLKSRVT ISKDTSKNQF SLKLSSVTA ADTAVYYCAR EPFKYCSGGV CYAHKDNSLD VWGQGVLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
EVQLLESGPG VVRPSETLSL SCAVSGGSIS DSYRWSWIRQ PPGKGLEWVG YIFATGTTTN YNPSLKSRVT ISKDTSKNQF SLKLSSVTA ADTAVYYCAR EPFKYCSGGV CYAHKDNSLD VWGQGVLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKG

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分子 #3: JC57-11 Fab light chain

分子名称: JC57-11 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 23.264717 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VHSEIVMTQS PATLSLSPGE RATLSCRASQ SVSSNLAWYQ QKPGQAPRLL IHSASSRATG IPDRFSGSGS GTEFSLTISS LEAEDVGVY HCYQHSSGYT FGPGTKLDIK RTVAAPSVFI FPPSEDQVKS GTVSVVCLLN NFYPREASVK WKVDGALKTG N SQESVTEQ ...文字列:
VHSEIVMTQS PATLSLSPGE RATLSCRASQ SVSSNLAWYQ QKPGQAPRLL IHSASSRATG IPDRFSGSGS GTEFSLTISS LEAEDVGVY HCYQHSSGYT FGPGTKLDIK RTVAAPSVFI FPPSEDQVKS GTVSVVCLLN NFYPREASVK WKVDGALKTG N SQESVTEQ DSKDNTYSLS STLTLSSTEY QSHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57821
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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