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- PDB-3jcu: Cryo-EM structure of spinach PSII-LHCII supercomplex at 3.2 Angst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jcu
タイトルCryo-EM structure of spinach PSII-LHCII supercomplex at 3.2 Angstrom resolution
要素
  • (Chlorophyll A-B Binding protein ...) x 2
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Oxygen-evolving enhancer protein ...) x 3
  • (Photosystem II ...) x 13
  • (Protein Photosystem II reaction center protein ...) x 2
  • Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast photosystem II / photosynthesis, light harvesting / plastoglobule / : / photosystem II assembly / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II ...chloroplast photosystem II / photosynthesis, light harvesting / plastoglobule / : / photosystem II assembly / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / : / ion binding / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / phosphoprotein binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / calcium ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / : / Oxygen-evolving enhancer protein 3 (PsbQ), four-helix up-down bundle / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / PsbP, C-terminal / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / : / Photosystem II PsbW, class 2 ...Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / : / Oxygen-evolving enhancer protein 3 (PsbQ), four-helix up-down bundle / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / PsbP, C-terminal / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / : / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / photosynthetic oxygen evolving center fold / photosynthetic oxygen evolving center domain / Protein Transport Mog1p; Chain A / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Chem-XAT / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein K / Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein Z
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wei, X.P. / Zhang, X.Z. / Su, X.D. / Cao, P. / Liu, X.Y. / Li, M. / Chang, W.R. / Liu, Z.F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of spinach photosystem II-LHCII supercomplex at 3.2 Å resolution.
著者: Xuepeng Wei / Xiaodong Su / Peng Cao / Xiuying Liu / Wenrui Chang / Mei Li / Xinzheng Zhang / Zhenfeng Liu /
要旨: During photosynthesis, the plant photosystem II core complex receives excitation energy from the peripheral light-harvesting complex II (LHCII). The pathways along which excitation energy is ...During photosynthesis, the plant photosystem II core complex receives excitation energy from the peripheral light-harvesting complex II (LHCII). The pathways along which excitation energy is transferred between them, and their assembly mechanisms, remain to be deciphered through high-resolution structural studies. Here we report the structure of a 1.1-megadalton spinach photosystem II-LHCII supercomplex solved at 3.2 Å resolution through single-particle cryo-electron microscopy. The structure reveals a homodimeric supramolecular system in which each monomer contains 25 protein subunits, 105 chlorophylls, 28 carotenoids and other cofactors. Three extrinsic subunits (PsbO, PsbP and PsbQ), which are essential for optimal oxygen-evolving activity of photosystem II, form a triangular crown that shields the Mn4CaO5-binding domains of CP43 and D1. One major trimeric and two minor monomeric LHCIIs associate with each core-complex monomer, and the antenna-core interactions are reinforced by three small intrinsic subunits (PsbW, PsbH and PsbZ). By analysing the closely connected interfacial chlorophylls, we have obtained detailed insights into the energy-transfer pathways between the antenna and core complexes.
履歴
登録2016年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Structure summary
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 1.32019年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: cell / database_2 ...cell / database_2 / database_PDB_caveat / em_image_scans / em_software / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact
Item: _cell.Z_PDB / _cell.length_a ..._cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _em_software.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2
改定 1.42019年12月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6617
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
G: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Protein Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Protein Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
N: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
P: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
Q: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
R: Chlorophyll A-B Binding protein 29 kD (CP29)
S: Chlorophyll A-B Binding protein 26 kD (CP26)
T: Photosystem II Reaction Center protein Tc
U: Photosystem II Reaction Center Tn protein
W: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
X: Photosystem II Reaction Center X protein
Y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
g: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Protein Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Protein Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
n: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
p: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
q: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
r: Chlorophyll A-B Binding protein 29 kD (CP29)
s: Chlorophyll A-B Binding protein 26 kD (CP26)
t: Photosystem II Reaction Center protein Tc
u: Photosystem II Reaction Center Tn protein
w: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
x: Photosystem II Reaction Center X protein
y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,276,895372
ポリマ－1,019,82350
非ポリマー257,072322
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Photosystem II ... , 13種, 26分子 AaBbCcDdHhJjKkMmTtUuWwXxZz

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1


分子量: 38134.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P69560
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein


分子量: 56207.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P04160
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein


分子量: 51880.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06003
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein


分子量: 39535.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06005
#8: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H


分子量: 7735.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P05146
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J


分子量: 4117.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3L2
#11: タンパク質 Photosystem II reaction center protein K


分子量: 6751.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12163
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M


分子量: 3783.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P62112
#19: タンパク質・ペプチド Photosystem II Reaction Center protein Tc


分子量: 3825.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P61840
#20: タンパク質 Photosystem II Reaction Center Tn protein


分子量: 10676.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RHP1
#21: タンパク質 Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic


分子量: 14186.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q41387
#22: タンパク質 Photosystem II Reaction Center X protein


分子量: 11958.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RTU3, UniProt: A0A0K9RHP1*PLUS
#23: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z


分子量: 6541.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3M6

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Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha


分子量: 9393.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P69383
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta


分子量: 4502.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P60128

-
Protein Photosystem II reaction center protein ... , 2種, 4分子 IiLl

#9: タンパク質・ペプチド Protein Photosystem II reaction center protein I


分子量: 4170.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P62103
#12: タンパク質・ペプチド Protein Photosystem II reaction center protein L


分子量: 4498.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P60150

-
Oxygen-evolving enhancer protein ... , 3種, 6分子 OoPpQq

#14: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic


分子量: 35207.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12359
#15: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic


分子量: 28495.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12302
#16: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic


分子量: 24884.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12301

-
Chlorophyll A-B Binding protein ... , 2種, 4分子 RrSs

#17: タンパク質 Chlorophyll A-B Binding protein 29 kD (CP29)


分子量: 26735.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: F2Z293, UniProt: A0A0K9QLX6*PLUS
#18: タンパク質 Chlorophyll A-B Binding protein 26 kD (CP26)


分子量: 31341.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QUQ7

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 14分子 GNYgny

#32: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#7: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 28449.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12333

-
非ポリマー , 16種, 314分子

#24: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#25: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#26: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#27: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#28: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#29: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#30: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#31: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#33: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#34: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#35: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#36: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#37: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#38: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL, LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#39: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#40: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL, 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Membrane protein / タイプ: COMPLEX / 詳細: dimer
分子量値: 1.1 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: HEPES / pH: 7.5 / 詳細: HEPES
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 400 mesh copper grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 100 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年11月20日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN３次元再構成
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each micrograph
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成手法: maximum likelihood / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109042 / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数59354 0 16640 0 75994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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