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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jae | |||||||||
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タイトル | Structure of alpha-1 glycine receptor by single particle electron cryo-microscopy, glycine-bound state | |||||||||
要素 | Glycine receptor subunit alphaZ1 | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / cys loop receptor / alpha-1 glycine receptor / glycine | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / regulation of neuron differentiation / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / chloride channel complex ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / regulation of neuron differentiation / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / chloride channel complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / response to amino acid / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / central nervous system development / cellular response to amino acid stimulus / transmembrane signaling receptor activity / perikaryon / postsynaptic membrane / neuron projection / dendrite / synapse / zinc ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Du, J. / Lu, W. / Wu, S.P. / Cheng, Y.F. / Gouaux, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Glycine receptor mechanism elucidated by electron cryo-microscopy. 著者: Juan Du / Wei Lü / Shenping Wu / Yifan Cheng / Eric Gouaux / 要旨: The strychnine-sensitive glycine receptor (GlyR) mediates inhibitory synaptic transmission in the spinal cord and brainstem and is linked to neurological disorders, including autism and hyperekplexia. ...The strychnine-sensitive glycine receptor (GlyR) mediates inhibitory synaptic transmission in the spinal cord and brainstem and is linked to neurological disorders, including autism and hyperekplexia. Understanding of molecular mechanisms and pharmacology of glycine receptors has been hindered by a lack of high-resolution structures. Here we report electron cryo-microscopy structures of the zebrafish α1 GlyR with strychnine, glycine, or glycine and ivermectin (glycine/ivermectin). Strychnine arrests the receptor in an antagonist-bound closed ion channel state, glycine stabilizes the receptor in an agonist-bound open channel state, and the glycine/ivermectin complex adopts a potentially desensitized or partially open state. Relative to the glycine-bound state, strychnine expands the agonist-binding pocket via outward movement of the C loop, promotes rearrangement of the extracellular and transmembrane domain 'wrist' interface, and leads to rotation of the transmembrane domain towards the pore axis, occluding the ion conduction pathway. These structures illuminate the GlyR mechanism and define a rubric to interpret structures of Cys-loop receptors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jae.cif.gz | 299 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jae.ent.gz | 241.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3jae.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3jae_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3jae_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3jae_validation.xml.gz | 51 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3jae_validation.cif.gz | 70.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/3jae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/3jae | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39223.539 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: glra1 / 細胞株 (発現宿主): sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O93430*PLUS #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: zebra fish alpha-1 glycine receptor bound with glycine タイプ: COMPLEX / 詳細: pentamer |
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分子量 | 値: 0.2 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | 名称: 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, 1 mM C12M, 10 mM glycine pH: 8 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, 1 mM C12M, 10 mM glycine |
試料 | 濃度: 3.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 200 mesh copper 1.2/1.3 Quantifoil carbon grid |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 % 詳細: Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III). 手法: Blot for 3.5 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2014年12月8日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1500 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 44 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 1460 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: each particle | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58188 / ピクセルサイズ(公称値): 1.2156 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.2156 Å 詳細: Particle picking, 2D classification, 3D classification, refinement, and reconstruction were done using Relion. Movies were aligned using motioncorr. (Single particle--Applied symmetry: C5) 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--The model (3RHW) was fit into the density map using UCSF Chimera. Further de novo model building was done using COOT. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Accession code: 3RHW / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 3RHW / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化 | 解像度: 3.9→49.314 Å / SU ML: 0.97 / σ(F): 10 / 位相誤差: 39.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 214.39 Å2 / Biso mean: 102.788 Å2 / Biso min: 20 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.9→49.314 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Total num. of bins used: 30
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