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- PDB-3j31: Life in the extremes: atomic structure of Sulfolobus Turreted Ico... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j31
タイトルLife in the extremes: atomic structure of Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus
要素
  • A223 penton base
  • A55 membrane protein
  • C381 turret protein
  • Coat protein
キーワードVIRUS / Virus assembly / Evolution / Archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / C381 turret protein 2nd galactose-binding domain-like / C381 turret protein 1st galactose-binding domain-like / C381 turret protein Nucleoplasmin-like/VP domain / : / A223 penton protein second domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Coat protein / Uncharacterized protein / A223 penton protein C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Veesler, D. / Ng, T.S. / Sendamarai, A.K. / Eilers, B.J. / Lawrence, C.M. / Lok, S.M. / Young, M.J. / Johnson, J.E. / Fu, C.-Y.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: Atomic structure of the 75 MDa extremophile Sulfolobus turreted icosahedral virus determined by CryoEM and X-ray crystallography.
著者: David Veesler / Thiam-Seng Ng / Anoop K Sendamarai / Brian J Eilers / C Martin Lawrence / Shee-Mei Lok / Mark J Young / John E Johnson / Chi-yu Fu /
要旨: Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV) was isolated in acidic hot springs where it infects the archeon Sulfolobus solfataricus. We determined the STIV structure using near-atomic resolution ...Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV) was isolated in acidic hot springs where it infects the archeon Sulfolobus solfataricus. We determined the STIV structure using near-atomic resolution electron microscopy and X-ray crystallography allowing tracing of structural polypeptide chains and visualization of transmembrane proteins embedded in the viral membrane. We propose that the vertex complexes orchestrate virion assembly by coordinating interactions of the membrane and various protein components involved. STIV shares the same coat subunit and penton base protein folds as some eukaryotic and bacterial viruses, suggesting that they derive from a common ancestor predating the divergence of the three kingdoms of life. One architectural motif (β-jelly roll fold) forms virtually the entire capsid (distributed in three different gene products), indicating that a single ancestral protein module may have been at the origin of its evolution.
履歴
登録2013年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5584
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5584
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q: A223 penton base
R: A55 membrane protein
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: C381 turret protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)635,32318
ポリマ－635,32318
非ポリマー00
水00
1
Q: A223 penton base
R: A55 membrane protein
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: C381 turret protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,119,3841080
ポリマ－38,119,3841080
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
Q: A223 penton base
R: A55 membrane protein
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: C381 turret protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.18 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,176,61590
ポリマ－3,176,61590
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
Q: A223 penton base
R: A55 membrane protein
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: C381 turret protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.81 MDa, 108 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,811,938108
ポリマ－3,811,938108
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 A223 penton base


分子量: 24439.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q6Q0L4
#2: タンパク質・ペプチド A55 membrane protein


分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
#3: タンパク質
Coat protein / B345 coat subunit


分子量: 37858.805 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q6Q0J0
#4: タンパク質 C381 turret protein


分子量: 41706.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q6Q0L3
配列の詳細CHAIN R CORRESPONDS TO A PORTION OF THE SEQUENCE ...CHAIN R CORRESPONDS TO A PORTION OF THE SEQUENCE MNIEEIQYEVGQEDQIPPAQTKTVVVQQNPKLFGISVWIWIIIILVLILLVLIIK (UNP Q6Q0M0).

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus / タイプ: VIRUS
分子量値: 75 MDa / 実験値: NO
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / ホストのカテゴリ: ARCHAEA / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Sulfolobus solfataricus
緩衝液名称: 23 mM KH2PO4, 19 mM (NH4)2SO4, 1 mM MgSO4, 2 mM CaCl2
pH: 3.5
詳細: 23 mM KH2PO4, 19 mM (NH4)2SO4, 1 mM MgSO4, 2 mM CaCl2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: glow-discharged C-flat holey carbon grids (CF-2/2-4C, Protochips)
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / Temp: 94 K
詳細: Vitrification carried out at room temperature using liquid ethane and a homemade plunger

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年3月30日 / 詳細: Nanoprobe mode was used.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 102189 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 103000 times magnification
カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
資料ホルダタイプ: Nitrogen cooled / 温度: 90 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 18 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
詳細: Non-backthinned chip
画像スキャンデジタル画像の数: 878
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1CNSモデルフィッティング
2FREALIGN３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: Projection matching / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8903 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.37 Å / 倍率補正: Fitting of atomic coordinates
詳細: The final reconstruction was sharpened with a negative temperature factor of 400A2 (Single particle--Applied symmetry: I) Resolution method was FSC at 0.143 cut-off. The reported resolution ...詳細: The final reconstruction was sharpened with a negative temperature factor of 400A2 (Single particle--Applied symmetry: I) Resolution method was FSC at 0.143 cut-off. The reported resolution is for the entire reconstruction. The resolution of the coat subunit region (B345) is estimated to 3.9 A using the same criterion.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間詳細
1FLEXIBLE FITRECIPROCALREFINEMENT PROTOCOL--positional (xyz) minimization and isotropic B factor refinement DETAILS--Real space refinement was also carried out using Coot.
2FLEXIBLE FITRECIPROCALREFINEMENT PROTOCOL--positional (xyz) minimization and isotropic B factor refinement DETAILS--Real space refinement was also carried out using Coot. Only the N-terminal domain was refined using CNS (residues 3-134). The C-terminal domain (residues 135-222) was only rigid-body fit using Coot and an arbitrary B-factor value of 150 A2 was assigned to it.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
12BBD

2bbd

12BBD1PDBexperimental model
24IL7

4il7

24IL72PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44549 0 0 0 44549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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