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万見
- PDB-3iyo: Cryo-EM model of virion-sized HEV virion-sized capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iyo
タイトルCryo-EM model of virion-sized HEV virion-sized capsid
要素Capsid proteinカプシド
キーワードVIRUS (ウイルス) / Amino Acid Sequence / Capsid (カプシド) / Capsid Proteins (カプシド) / Cryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) / Dimerization / Image Processing (デジタル画像処理) / Computer-Assisted / Molecular Sequence Data / hepatitis E virus / Protein Conformation / Protein Folding (フォールディング) / Protein Structure (タンパク質構造) / Recombinant viral capsid / Virus Assembly (ウイルス) / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


カプシド / host cell surface / host cell cytoplasm / structural molecule activity / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å
データ登録者Xing, L. / Mayazaki, N. / Li, T.C. / Simons, M.N. / Wall, J.S. / Moore, M. / Wang, C.Y. / Takeda, N. / Wakita, T. / Miyamura, T. / Cheng, R.H.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010
タイトル: Structure of hepatitis E virion-sized particle reveals an RNA-dependent viral assembly pathway.
著者: Li Xing / Tian-Cheng Li / Naoyuki Mayazaki / Martha N Simon / Joseph S Wall / Mary Moore / Che-Yen Wang / Naokazu Takeda / Takaji Wakita / Tatsuo Miyamura / R Holland Cheng /
要旨: Hepatitis E virus (HEV) induces acute hepatitis in humans with a high fatality rate in pregnant women. There is a need for anti-HEV research to understand the assembly process of HEV native capsid. ...Hepatitis E virus (HEV) induces acute hepatitis in humans with a high fatality rate in pregnant women. There is a need for anti-HEV research to understand the assembly process of HEV native capsid. Here, we produced a large virion-sized and a small T=1 capsid by expressing the HEV capsid protein in insect cells with and without the N-terminal 111 residues, respectively, for comparative structural analysis. The virion-sized capsid demonstrates a T=3 icosahedral lattice and contains RNA fragment in contrast to the RNA-free T=1 capsid. However, both capsids shared common decameric organization. The in vitro assembly further demonstrated that HEV capsid protein had the intrinsic ability to form decameric intermediate. Our data suggest that RNA binding is the extrinsic factor essential for the assembly of HEV native capsids.
履歴
登録2010年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5173
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5173
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5173
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
D: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,0953
ポリマ－213,0953
非ポリマー00
水0
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
D: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,785,718180
ポリマ－12,785,718180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
B: Capsid protein
D: Capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.07 MDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,065,47615
ポリマ－1,065,47615
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
B: Capsid protein
D: Capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.28 MDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,278,57218
ポリマ－1,278,57218
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein / カプシド / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 71031.766 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: Q1AHV0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hepatitis E capsid / タイプ: VIRUS
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
1111.8 MDaYES
2112.2 MDaNO
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
緩衝液名称: MES-K buffer / pH: 6.2 / 詳細: 20mM MES-K
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 20mM MES-K
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / Temp: 93 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 2100F
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / Cs: 2 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 資料ホルダタイプ: single-tilt / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 10 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Situsモデルフィッティング
2P3DR３次元再構成
CTF補正詳細: each micrograph
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: Polar Fourier Transform (PFT) / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 4348 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--Rigid Body DETAILS--Monomer C were divided into Shell and Spike domains and separately fitted by manual docking using program O and followed by Situs
原子モデル構築PDB-ID: 2ZZQ

2zzq


PDB chain-ID: A / Accession code: 2ZZQ / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1397 0 0 0 1397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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