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万見
- PDB-3ixv: Scorpion Hemocyanin resting state pseudo atomic model built based... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ixv
タイトルScorpion Hemocyanin resting state pseudo atomic model built based on cryo-EM density map
要素Hemocyanin AA6 chain
キーワードOXYGEN BINDING / Hemocyanin / Hc / Phenolxoidase activity / Tyrosinase (Ty) / Catecholoxidase (CO) / Enzyme / SDS / cryo-EM / single particle analysis / Copper / Metal-binding / Oxygen transport / Phosphoprotein / Secreted / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride ion binding / oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain ...Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemocyanin AA6 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Androctonus australis (サソリ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Cong, Y. / Zhang, Q. / Woolford, D. / Schweikardt, T. / Khant, H. / Ludtke, S. / Chiu, W. / Decker, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural mechanism of SDS-induced enzyme activity of scorpion hemocyanin revealed by electron cryomicroscopy.
著者: Yao Cong / Qinfen Zhang / David Woolford / Thorsten Schweikardt / Htet Khant / Matthew Dougherty / Steven J Ludtke / Wah Chiu / Heinz Decker /
要旨: Phenoloxidases (POs) occur in all organisms and are involved in skin and hair coloring in mammals, and initiating melanization in wound healing. Mutation or overexpression of PO can cause albinism or ...Phenoloxidases (POs) occur in all organisms and are involved in skin and hair coloring in mammals, and initiating melanization in wound healing. Mutation or overexpression of PO can cause albinism or melanoma, respectively. SDS can convert inactive PO and the oxygen carrier hemocyanin (Hc) into enzymatically active PO. Here we present single-particle cryo-EM maps at subnanometer resolution and pseudoatomic models of the 24-oligomeric Hc from scorpion Pandinus imperator in resting and SDS-activated states. Our structural analyses led to a plausible mechanism of Hc enzyme PO activation: upon SDS activation, the intrinsically flexible Hc domain I twists away from domains II and III in each subunit, exposing the entrance to the active site; this movement is stabilized by enhanced interhexamer and interdodecamer interactions, particularly in the central linker subunits. This mechanism could be applicable to other type 3 copper proteins, as the active site is highly conserved.
履歴
登録2009年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_imaging_optics / em_software
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5100
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemocyanin AA6 chain
C: Hemocyanin AA6 chain
D: Hemocyanin AA6 chain
E: Hemocyanin AA6 chain
F: Hemocyanin AA6 chain
G: Hemocyanin AA6 chain
H: Hemocyanin AA6 chain
I: Hemocyanin AA6 chain
J: Hemocyanin AA6 chain
K: Hemocyanin AA6 chain
L: Hemocyanin AA6 chain
M: Hemocyanin AA6 chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)862,60412
ポリマ－862,60412
非ポリマー00
水00
1
A: Hemocyanin AA6 chain
C: Hemocyanin AA6 chain
D: Hemocyanin AA6 chain
E: Hemocyanin AA6 chain
F: Hemocyanin AA6 chain
G: Hemocyanin AA6 chain
H: Hemocyanin AA6 chain
I: Hemocyanin AA6 chain
J: Hemocyanin AA6 chain
K: Hemocyanin AA6 chain
L: Hemocyanin AA6 chain
M: Hemocyanin AA6 chain

A: Hemocyanin AA6 chain
C: Hemocyanin AA6 chain
D: Hemocyanin AA6 chain
E: Hemocyanin AA6 chain
F: Hemocyanin AA6 chain
G: Hemocyanin AA6 chain
H: Hemocyanin AA6 chain
I: Hemocyanin AA6 chain
J: Hemocyanin AA6 chain
K: Hemocyanin AA6 chain
L: Hemocyanin AA6 chain
M: Hemocyanin AA6 chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,725,20924
ポリマ－1,725,20924
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))

-
要素

#1: タンパク質
Hemocyanin AA6 chain


分子量: 71883.695 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Androctonus australis (サソリ) / 参照: UniProt: P80476

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hemocyanin from scorpion Pandinus imperator / タイプ: COMPLEX / 詳細: 24-mer
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: YES
緩衝液pH: 7.8
詳細: 100 mM TRIS/HCL at pH 7.8, 10 mM CaCl2 and 10 mM MgCl2
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 100 mM TRIS/HCL at pH 7.8, 10 mM CaCl2 and 10 mM MgCl2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / Temp: 101 K / 湿度: 95 % / 手法: two side bloting for 1 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC / 日付: 2007年5月31日 / 詳細: JEOL 3200FSC MDS low dose method
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 4.1 mm / 非点収差: objective lens astigmatism correction / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / 資料ホルダタイプ: Side Entry / 温度: 101 K / 最高温度: 101.2 K / 最低温度: 101 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 18 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MODELLERモデルフィッティング
2Situsモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4EMAN３次元再構成
CTF補正詳細: each micrograph
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成手法: reference-based refinement using 2D matching / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 17500 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.8 Å
詳細: Final refinement using FRM2D (Fast Rotational Matching) image alignment method
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: DETAILS--rigid body fitting followed by flexible fitting using Situs
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数60732 0 0 0 60732

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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