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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a69 | ||||||
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タイトル | Atomic model of the bacterial flagellar hook based on docking an X-ray derived structure and terminal two alpha-helices into an 7.1 angstrom resolution cryoEM map | ||||||
要素 | Flagellar hook protein flgE | ||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN / the bacterial flagellar motor / universal joint / Bacterial flagellum | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | ||||||
データ登録者 | Fujii, T. / Kato, T. / Namba, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2009 タイトル: Specific arrangement of alpha-helical coiled coils in the core domain of the bacterial flagellar hook for the universal joint function. 著者: Takashi Fujii / Takayuki Kato / Keiichi Namba / 要旨: The bacterial flagellar hook is a short, highly curved tubular structure connecting the rotary motor to the filament acting as a helical propeller. The bending flexibility of the hook allows it to ...The bacterial flagellar hook is a short, highly curved tubular structure connecting the rotary motor to the filament acting as a helical propeller. The bending flexibility of the hook allows it to work as a universal joint. A partial atomic model of the hook revealed a sliding intersubunit domain interaction along the protofilament to produce bending flexibility. However, it remained unclear how the tightly packed inner core domains can still permit axial extension and compression. We report advances in cryoEM image analysis for high-resolution, high-throughput structural analysis and a density map of the hook that reveals most of the secondary structures, including the terminal alpha helices forming a coiled coil. The orientations and axial packing interactions of these two alpha helices are distinctly different from those of the filament, allowing them to have a room for axial compression and extension for bending flexibility without impairing the mechanical stability of the hook. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a69.cif.gz | 72.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3a69.ent.gz | 53.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a69.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3a69_validation.pdf.gz | 809.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3a69_full_validation.pdf.gz | 817.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3a69_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3a69_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/3a69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/3a69 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 11
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 11 / Rise per n subunits: 4.123 Å / Rotation per n subunits: 64.786 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42101.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: SJW880 / 参照: UniProt: P0A1J1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: bacterial flagellar hook / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl / pH: 7 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: HELIUM / 湿度: 90 % |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC / 日付: 2008年2月20日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 89285 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 1.6 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: JEOL 資料ホルダタイプ: Top entry liquid helium-cooled cryo specimen holder 温度: 50 K |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター 上限: 10 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
CTF補正 | 詳細: each images | ||||||||||||
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3次元再構成 | 手法: IHRSR / 解像度: 7.1 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.68 Å / 倍率補正: TMV images 詳細: a modified version of SPIDER program was used for the reconstruction 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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