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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zhv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD, post-decarboxylation intermediate from pyruvate (2-hydroxyethyl-ThDP) | ||||||
要素 | MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / E1O | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / thiamine pyrophosphate binding / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Wagner, T. / Barilone, N. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014 タイトル: A Dual Conformation of the Post-Decarboxylation Intermediate is Associated with Distinct Enzyme States in Mycobacterial Alpha-Ketoglutarate Decarboxylase (Kgd). 著者: Wagner, T. / Barilone, N. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zhv.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zhv.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zhv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zhv_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3zhv_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3zhv_validation.xml.gz | 113.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zhv_validation.cif.gz | 163.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97166.648 Da / 分子数: 4 / 断片: SUCA-LIKE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 361-1227 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) 株: MC2_155 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: A0R2B1, 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase, 2-oxoglutarate decarboxylase, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-TDW / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TER FIRST GLYCINE RESIDUE IS A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 59% MPD, 22.5 MM NA ACETATE PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月5日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→41.86 Å / Num. obs: 172580 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 46.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2YIC 解像度: 2.3→41.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9326 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9144 / SU R Cruickshank DPI: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.277 / SU Rfree Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.212
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原子変位パラメータ | Biso mean: 50.37 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.331 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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